More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0111 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0111  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  480  1e-135  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2281  two-component transcriptional regulator  75.97 
 
 		 235 aa  354  5.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.616769  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4014  two component transcriptional regulator  74.15 
 
 		 234 aa  354  6.999999999999999e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0956  two component transcriptional regulator  75.54 
 
 		 235 aa  353  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.357771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2215  two component transcriptional regulator  75.86 
 
 		 235 aa  352  4e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0046  two component transcriptional regulator  73.04 
 
 		 233 aa  337  8e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.214766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0224  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  44.17 
 
 		 243 aa  207  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4261  DNA-binding response regulator  44.07 
 
 		 233 aa  207  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3376  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.55 
 
 		 242 aa  206  3e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2270  two component transcriptional regulator  43.1 
 
 		 244 aa  188  7e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.826925  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3280  two component transcriptional regulator  41.45 
 
 		 246 aa  181  6e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3588  two component transcriptional regulator  42.02 
 
 		 234 aa  176  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  40.95 
 
 		 243 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  41.42 
 
 		 252 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  37.23 
 
 		 243 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0655  two component transcriptional regulator  38.26 
 
 		 242 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.379452 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  38.2 
 
 		 239 aa  158  6e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  36.93 
 
 		 241 aa  158  7e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.49 
 
 		 275 aa  157  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 244 aa  156  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2286  response regulator GltR  36.75 
 
 		 241 aa  156  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.336147  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2223  DNA-binding response regulator  39.82 
 
 		 230 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.375792  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2032  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  39.82 
 
 		 259 aa  156  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1971  two component transcriptional regulator  38.22 
 
 		 232 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.999465  normal  0.0504331 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  35.5 
 
 		 236 aa  156  3e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  39.48 
 
 		 261 aa  155  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5579  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.58 
 
 		 248 aa  155  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00126537  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 261 aa  156  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3326  two component transcriptional regulator  38.22 
 
 		 243 aa  154  9e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236846  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2497  two component transcriptional regulator  34.78 
 
 		 239 aa  154  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  36.55 
 
 		 245 aa  153  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  36.8 
 
 		 242 aa  153  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  38.53 
 
 		 238 aa  152  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2374  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 245 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.348064  normal  0.588953 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65880  putative two-component response regulator  37.39 
 
 		 244 aa  152  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0780512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  34.32 
 
 		 240 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5717  putative two-component response regulator  37.39 
 
 		 245 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2033  two component transcriptional regulator  36.86 
 
 		 238 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.649752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.36 
 
 		 256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2176  two component transcriptional regulator  37.29 
 
 		 238 aa  151  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.120128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  36.05 
 
 		 250 aa  151  8e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  36.84 
 
 		 236 aa  150  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1998  two component transcriptional regulator  36.6 
 
 		 240 aa  150  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0541046  normal  0.0777049 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3373  two component transcriptional regulator  35.71 
 
 		 238 aa  150  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.584151  normal  0.399207 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1255  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.24 
 
 		 246 aa  150  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3730  winged helix family two component transcriptional regulator  36.86 
 
 		 238 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  36.24 
 
 		 241 aa  150  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.24 
 
 		 241 aa  150  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1874  two component transcriptional regulator  38.03 
 
 		 235 aa  149  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.418938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.16 
 
 		 236 aa  149  3e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.31 
 
 		 240 aa  149  4e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  39.26 
 
 		 253 aa  149  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2739  two component transcriptional regulator  34.02 
 
 		 241 aa  148  6e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.107521 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2345  two component transcriptional regulator  36.05 
 
 		 252 aa  148  9e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000474063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  36.52 
 
 		 242 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  37.55 
 
 		 240 aa  147  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04421  two-component system regulatory protein  37.99 
 
 		 230 aa  146  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.8 
 
 		 247 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.61 
 
 		 246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  35.15 
 
 		 241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  38.22 
 
 		 241 aa  146  3e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3286  two component transcriptional regulator  35.78 
 
 		 253 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  36.84 
 
 		 262 aa  145  4.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  35.62 
 
 		 240 aa  145  5e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0531  DNA-binding response regulator  36.02 
 
 		 245 aa  145  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2121  DNA-binding response regulator  36.02 
 
 		 245 aa  145  5e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0885999  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2023  DNA-binding response regulator  36.02 
 
 		 245 aa  145  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485022  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  35.62 
 
 		 240 aa  145  5e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1148  two component transcriptional regulator  35.02 
 
 		 243 aa  145  6e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000285872  normal  0.61114 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.02 
 
 		 239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  37.18 
 
 		 246 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  37.18 
 
 		 246 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6165  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.82 
 
 		 245 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.362427  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  37.18 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.32 
 
 		 251 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0094  two component transcriptional regulator  33.47 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22940  two-component response regulator GltR  36.96 
 
 		 242 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.281067 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2845  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.75 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0207  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.32 
 
 		 262 aa  143  2e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00814931  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  35.17 
 
 		 251 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  36.09 
 
 		 257 aa  143  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0746  DNA-binding response regulator  35.59 
 
 		 245 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.413916  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1111  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  34.89 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.53214 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1936  two-component response regulator GltR  36.96 
 
 		 242 aa  143  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.985974  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2354  two component transcriptional regulator  36.28 
 
 		 235 aa  143  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.402981 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  36.52 
 
 		 246 aa  143  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0713  DNA-binding response regulator  35.59 
 
 		 245 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5277  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.05 
 
 		 246 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  32.19 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3683  two component transcriptional regulator  33.47 
 
 		 246 aa  143  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.801848  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1299  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.08 
 
 		 242 aa  143  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0317425  normal  0.569469 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1669  DNA-binding response regulator  35.59 
 
 		 245 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.501573  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0602  DNA-binding response regulator  35.59 
 
 		 245 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  36.75 
 
 		 246 aa  143  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 246 aa  142  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  35.27 
 
 		 236 aa  142  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0634  two component transcriptional regulator  32.63 
 
 		 255 aa  142  4e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.823943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  37.39 
 
 		 246 aa  142  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>