More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0175 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0175  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
254 aa  522  1e-147  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.508003  normal  0.575618 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5012  regulatory protein, LuxR  45.53 
 
 
289 aa  229  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.136049 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2976  LuxR family transcriptional regulator  39.15 
 
 
255 aa  184  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.575225 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2588  LuxR family transcriptional regulator  34.51 
 
 
250 aa  129  3e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2973  LuxR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
257 aa  112  5e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.207347 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2525  LuxR family transcriptional regulator  31.38 
 
 
276 aa  107  3e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.853805  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  30.31 
 
 
245 aa  86.3  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  26.47 
 
 
254 aa  83.2  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
242 aa  77  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  22.5 
 
 
307 aa  75.9  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  23.11 
 
 
248 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  26.74 
 
 
234 aa  75.5  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  29.61 
 
 
253 aa  72  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  25.32 
 
 
243 aa  71.2  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0610  LuxR family transcriptional regulator  23.68 
 
 
234 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.317613 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  25.32 
 
 
243 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  25.34 
 
 
230 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  25.34 
 
 
230 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0260  LuxR family transcriptional regulator  26.98 
 
 
243 aa  70.1  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  25.34 
 
 
230 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  25.34 
 
 
230 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.34 
 
 
230 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  25.34 
 
 
230 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  26.77 
 
 
229 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  26.2 
 
 
321 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  24.69 
 
 
247 aa  68.6  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  24.31 
 
 
230 aa  68.6  0.00000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3193  LuxR family transcriptional regulator  29.53 
 
 
243 aa  68.6  0.00000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.800778  normal 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6408  LuxR family transcriptional regulator  28.4 
 
 
248 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6378  LuxR family transcriptional regulator  28.4 
 
 
248 aa  68.6  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  24.89 
 
 
243 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5809  transcriptional regulator, LuxR family  29.26 
 
 
235 aa  67  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.962539  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
237 aa  67.4  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  27.46 
 
 
244 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  27.98 
 
 
239 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  28.5 
 
 
239 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  25.79 
 
 
247 aa  65.9  0.0000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  23.91 
 
 
241 aa  65.5  0.0000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  26.04 
 
 
234 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  26.64 
 
 
246 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.81 
 
 
238 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.81 
 
 
238 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.81 
 
 
238 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.81 
 
 
238 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.81 
 
 
238 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0797  transcriptional regulator, LuxR family  22.46 
 
 
240 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5387  autoinducer-binding domain-containing protein  27.83 
 
 
320 aa  63.9  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.841269  normal  0.0379322 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9665  two-component transcriptional regulator LuxR family  23.43 
 
 
240 aa  62.4  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.024682  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4435  LuxR family transcriptional regulator  25.22 
 
 
231 aa  62  0.000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  20.76 
 
 
248 aa  61.6  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0918  transcriptional regulator LuxR family  27.59 
 
 
230 aa  61.6  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1153  LuxR family transcriptional regulator  29.31 
 
 
243 aa  61.2  0.00000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.446836 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 
250 aa  61.6  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  24.51 
 
 
243 aa  60.8  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.81 
 
 
394 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  24.7 
 
 
260 aa  60.8  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  23.03 
 
 
236 aa  60.5  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2301  LuxR family transcriptional regulator  24.88 
 
 
267 aa  60.5  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  23.12 
 
 
242 aa  59.7  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
262 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0943  transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 
242 aa  59.7  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  23.89 
 
 
240 aa  59.3  0.00000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  23.89 
 
 
240 aa  59.3  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  23.93 
 
 
242 aa  59.3  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0702  LuxR family transcriptional regulator  23.51 
 
 
245 aa  58.9  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  26.34 
 
 
228 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  26.34 
 
 
228 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  24.23 
 
 
237 aa  58.9  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  24.23 
 
 
237 aa  58.9  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.27 
 
 
425 aa  58.5  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  24.34 
 
 
240 aa  58.5  0.00000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.57 
 
 
240 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  23.95 
 
 
242 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  23.01 
 
 
240 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  25.21 
 
 
244 aa  58.2  0.0000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.57 
 
 
240 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.57 
 
 
240 aa  58.5  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  23.01 
 
 
240 aa  58.2  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  24.68 
 
 
248 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1815  putative transcriptional regulator  25.54 
 
 
265 aa  57.4  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.319475  normal  0.33301 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.64 
 
 
240 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  25.62 
 
 
239 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  23.45 
 
 
240 aa  57.4  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  23.45 
 
 
240 aa  57.4  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.64 
 
 
240 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0440  regulatory protein LuxR  28.24 
 
 
246 aa  57.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0539143 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  22.56 
 
 
250 aa  56.6  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  27.51 
 
 
243 aa  56.6  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4066  transcriptional regulator LuxR family  40.79 
 
 
248 aa  56.2  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.274649  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4428  two component LuxR family transcriptional regulator  29.13 
 
 
231 aa  56.2  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1574  two component LuxR family transcriptional regulator  45 
 
 
219 aa  55.8  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347453 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4396  LuxR family transcriptional regulator  26.88 
 
 
228 aa  55.8  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0127  transcriptional regulator, LuxR family  25.53 
 
 
206 aa  55.8  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6376  transcriptional regulator, LuxR family  27.84 
 
 
258 aa  55.8  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.888984 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6196  transcriptional regulator, LuxR family  27 
 
 
275 aa  55.8  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  27.98 
 
 
240 aa  55.5  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0243  regulatory protein LuxR  30.67 
 
 
245 aa  54.7  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.537224 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  25.89 
 
 
286 aa  55.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  25.13 
 
 
235 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  25.21 
 
 
239 aa  54.7  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>