More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sterm_3828 on replicon NC_013517
Organism: Sebaldella termitidis ATCC 33386



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013517  Sterm_3828  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
244 aa  496  1e-139  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1444  tRNA pseudouridine synthase A  46.5 
 
 
244 aa  220  1.9999999999999999e-56  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 
244 aa  165  5.9999999999999996e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  38.93 
 
 
244 aa  157  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1523  tRNA pseudouridine synthase A  33.88 
 
 
243 aa  152  5e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000575068  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  34.43 
 
 
244 aa  152  5.9999999999999996e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  37.05 
 
 
248 aa  151  8e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  35.66 
 
 
244 aa  150  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  37.05 
 
 
248 aa  151  1e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  34.43 
 
 
244 aa  150  1e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  37.3 
 
 
258 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0746  tRNA pseudouridine synthase A  35.27 
 
 
247 aa  149  3e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  3.57289e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  31.97 
 
 
252 aa  149  4e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0911  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
250 aa  149  5e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000123783  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  34.84 
 
 
244 aa  149  6e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
271 aa  148  7e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  32.65 
 
 
260 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  34.82 
 
 
261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 
247 aa  145  5e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_002978  WD1068  tRNA pseudouridine synthase A  37.8 
 
 
245 aa  144  1e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0454345  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  36.89 
 
 
248 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  29.92 
 
 
252 aa  144  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 
245 aa  143  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2986  tRNA pseudouridine synthase A  31.33 
 
 
272 aa  143  2e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.130243 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 
245 aa  143  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  34.84 
 
 
246 aa  143  3e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  34.84 
 
 
246 aa  143  3e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 
245 aa  143  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 
245 aa  142  4e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 
245 aa  142  5e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 
245 aa  142  5e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 
245 aa  142  6e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.96 
 
 
244 aa  142  6e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  33.73 
 
 
256 aa  141  7e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 
245 aa  141  8e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2681  tRNA pseudouridine synthase A  33.87 
 
 
262 aa  141  8e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0556679  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  31.43 
 
 
245 aa  141  8e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1380  tRNA pseudouridine synthase A  29.8 
 
 
243 aa  141  9.999999999999999e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3382  tRNA pseudouridine synthase A  31.97 
 
 
244 aa  140  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000753277  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5141  tRNA pseudouridine synthase A  31.15 
 
 
264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11531  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  30.61 
 
 
245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1130  tRNA pseudouridine synthase A  31.71 
 
 
248 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.131343 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2299  pseudouridylate synthase  34.02 
 
 
249 aa  138  7.999999999999999e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000390138  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  31.15 
 
 
271 aa  137  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1013  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 
245 aa  137  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00481076  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0419  tRNA pseudouridine synthase A  34.02 
 
 
245 aa  137  2e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.293905  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0468  tRNA pseudouridine synthase A  35.1 
 
 
271 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000442967  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0056  tRNA pseudouridine synthase A  30.36 
 
 
247 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478074 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0447  tRNA pseudouridine synthase A  32.24 
 
 
249 aa  137  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.801238 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4567  tRNA pseudouridine synthase A  30.61 
 
 
249 aa  136  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1426  tRNA pseudouridine synthase A  32.37 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0400831  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1491  tRNA pseudouridine synthase A  32.37 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.125203  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0223  tRNA pseudouridine synthase A  30.24 
 
 
293 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00472694  normal  0.027676 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0226  tRNA pseudouridine synthase A  30.24 
 
 
293 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1806  tRNA pseudouridine synthase A  29.8 
 
 
266 aa  136  3.0000000000000003e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0717  tRNA pseudouridine synthase A  30.65 
 
 
282 aa  135  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000371927  normal  0.874871 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0605  tRNA pseudouridine synthase A  32.79 
 
 
256 aa  136  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000709788  hitchhiker  0.00819756 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1479  tRNA pseudouridine synthase A  32.37 
 
 
261 aa  135  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0778674  normal  0.668888 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  33.73 
 
 
246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0879  tRNA pseudouridine synthase A  33.73 
 
 
248 aa  135  6.0000000000000005e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2081  pseudouridylate synthase  31.5 
 
 
289 aa  135  7.000000000000001e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.999551 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  34.69 
 
 
247 aa  135  8e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0319  tRNA pseudouridine synthase A  33.74 
 
 
250 aa  135  8e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000352927  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3066  tRNA pseudouridine synthase A  30.2 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.301608  normal  0.564584 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1175  tRNA pseudouridine synthase A  32.52 
 
 
253 aa  134  9.999999999999999e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.261971  normal  0.0900523 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 
252 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  32.79 
 
 
245 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1051  tRNA pseudouridine synthase A  33.08 
 
 
276 aa  134  9.999999999999999e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.238902 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1395  tRNA pseudouridine synthase A  33.61 
 
 
261 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1321  tRNA pseudouridine synthase A  29.96 
 
 
247 aa  133  1.9999999999999998e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  29.66 
 
 
271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  32.13 
 
 
245 aa  133  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  31.58 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  32.23 
 
 
263 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  29.66 
 
 
271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0964  tRNA pseudouridine synthase A  33.06 
 
 
243 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 
252 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 
247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 
247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 
247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 
247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  34.29 
 
 
252 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  31.97 
 
 
245 aa  132  5e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2984  tRNA pseudouridine synthase A  32.22 
 
 
261 aa  132  5e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.427567 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01204  tRNA pseudouridine synthase A  31.15 
 
 
264 aa  132  5e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2877  tRNA pseudouridine synthase A  29.51 
 
 
244 aa  132  6e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00616108  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
261 aa  132  6e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  33.47 
 
 
261 aa  132  6e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3729  tRNA pseudouridine synthase A  31.85 
 
 
306 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  32.39 
 
 
247 aa  131  9e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1985  tRNA pseudouridine synthase A  31.35 
 
 
274 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0770  tRNA pseudouridine synthase A  32.69 
 
 
275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2510  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2719  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.152064  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2598  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.814522  normal  0.68197 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  32.49 
 
 
261 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0622  tRNA pseudouridine synthase A  31.98 
 
 
245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.939748  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3695  tRNA pseudouridine synthase A  30.2 
 
 
245 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.817214  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2556  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2610  tRNA pseudouridine synthase A  32.11 
 
 
270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.422355  normal  0.0539335 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>