More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5348 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5348  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  610  1e-173  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.391246 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2133  RpiR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 292 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80072 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0674  RpiR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 292 aa  178  9e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0998  RpiR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 288 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.962944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2324  RpiR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 288 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.284245  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1605  RpiR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 299 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2636  transcriptional regulator, RpiR family  33.45 
 
 		 290 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.126019  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2896  transcriptional regulator, RpiR family  32.41 
 
 		 290 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1872  RpiR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 291 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199866  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4542  RpiR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2059  RpiR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 284 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3876  RpiR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 276 aa  157  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0684  putative transcriptional regulator  32.62 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.615346  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7853  putative transcriptional regulator, RpiR family  32.97 
 
 		 334 aa  156  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0730  transcriptional regulator, putative  32.26 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2788  RpiR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 285 aa  152  4e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.293627 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6307  hypothetical protein  32.14 
 
 		 285 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.677226  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72650  hypothetical protein  32.14 
 
 		 285 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2922  RpiR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 286 aa  143  4e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0454555 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4489  RpiR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1966  transcriptional regulator, RpiR family  29.5 
 
 		 279 aa  124  2e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.166735  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0225  RpiR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.139658 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0235  RpiR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 287 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0836166  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0245  RpiR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 287 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.612405 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4602  RpiR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0499113  normal  0.0896599 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4138  RpiR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 292 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.115522 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3194  RpiR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 303 aa  113  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5528  RpiR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615969  normal  0.847373 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4755  RpiR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.207638 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3612  RpiR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 292 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0995  RpiR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1915  RpiR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 289 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818484 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 299 aa  97.1  4e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  26.01 
 
 		 282 aa  89.7  5e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 291 aa  88.6  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 291 aa  88.6  1e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 287 aa  84  0.000000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1368  RpiR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 314 aa  76.6  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.53441  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1500  RpiR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 283 aa  76.6  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1321  transcriptional regulator, RpiR family  23.23 
 
 		 287 aa  74.7  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1734  transcriptional regulator, RpiR family  23.93 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5716  RpiR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0748827 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  26.29 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 334 aa  73.2  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1884  RpiR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0567682 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4589  RpiR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.823432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3779  RpiR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1407  RpiR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 280 aa  72.4  0.000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.204474  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2807  RpiR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 287 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1409  RpiR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 294 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 311 aa  71.2  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1431  RpiR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 319 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51372  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4532  RpiR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 313 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.872483  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4575  RpiR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 319 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0949  RpiR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 319 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53677  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1311  RpiR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4066  RpiR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 303 aa  70.5  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23580  transcriptional regulator  26.09 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.539281 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4015  RpiR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  21.94 
 
 		 285 aa  68.6  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1822  RpiR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 309 aa  68.6  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2324  RpiR family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3592  RpiR family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2180  RpiR family transcriptional regulator  22.97 
 
 		 290 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.417228  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  21.94 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6012  transcriptional regulator, RpiR family  25.67 
 
 		 288 aa  67.4  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0931  RpiR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 279 aa  67  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0628212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1330  RpiR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 278 aa  67  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.646985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2805  transcriptional regulator, RpiR family  23.38 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.531351  normal  0.354275 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4477  RpiR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.600704  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 286 aa  66.6  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0160  RpiR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 283 aa  66.2  0.0000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1596  RpiR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  23.6 
 
 		 279 aa  66.2  0.0000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2643  SIS domain-containing protein  22.78 
 
 		 293 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.574546  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0245  hypothetical protein  25.26 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.88341  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1272  hypothetical protein  25.26 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.232861  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0516  hypothetical protein  25.26 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2565  hypothetical protein  25.26 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1394  hypothetical protein  25.26 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.061772  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1052  hypothetical protein  25.26 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1313  hypothetical protein  25.26 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1089  RpiR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 309 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.937606  normal  0.197064 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 289 aa  64.3  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02491  putative rpiR-family transcriptional regulatory protein  24.31 
 
 		 283 aa  63.9  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.232664  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3470  transcriptional regulator, RpiR family  22.8 
 
 		 280 aa  63.2  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  19.92 
 
 		 280 aa  63.2  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3832  RpiR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 294 aa  62.8  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.918154  normal  0.315184 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4002  RpiR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0917  SIS domain-containing protein  22.01 
 
 		 375 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.920257  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1835  SIS domain-containing protein  22.01 
 
 		 303 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3501  transcriptional regulator, RpiR family  22.22 
 
 		 302 aa  62  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.671277  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1681  RpiR family transcriptional regulator  22.01 
 
 		 293 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.738925  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4060  RpiR family transcriptional regulator  22.85 
 
 		 291 aa  62  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0432  RpiR family transcriptional regulator  22.01 
 
 		 293 aa  62  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.292279  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1448  RpiR family transcriptional regulator  22.01 
 
 		 293 aa  62  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3429  RpiR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 274 aa  62  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>