More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0553 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  47.69 
 
 		 845 aa  707    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 874 aa  1731    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  48.98 
 
 		 832 aa  736    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  34.44 
 
 		 866 aa  428  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  37.01 
 
 		 853 aa  413  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  34.28 
 
 		 947 aa  414  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  34.03 
 
 		 909 aa  412  1e-113  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  34.89 
 
 		 909 aa  412  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  32.3 
 
 		 879 aa  394  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  35.08 
 
 		 910 aa  390  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  32.59 
 
 		 867 aa  383  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  34.22 
 
 		 883 aa  382  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  31.91 
 
 		 859 aa  350  4e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2422  MscS Mechanosensitive ion channel  31.1 
 
 		 844 aa  342  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275364 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2163  MscS Mechanosensitive ion channel  31.3 
 
 		 843 aa  342  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.257742  normal  0.626494 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  33.85 
 
 		 860 aa  340  8e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  30.61 
 
 		 825 aa  339  9.999999999999999e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  33.29 
 
 		 840 aa  333  1e-89  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2730  potassium efflux system KEFA  30.04 
 
 		 825 aa  316  9.999999999999999e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.668875  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5470  MscS mechanosensitive ion channel  30.12 
 
 		 835 aa  275  3e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0857  MscS mechanosensitive ion channel  30.54 
 
 		 840 aa  259  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0786  MscS Mechanosensitive ion channel  30.96 
 
 		 840 aa  258  3e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2392  MscS mechanosensitive ion channel  30.98 
 
 		 794 aa  258  4e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.211304  hitchhiker  0.00331512 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3931  hypothetical protein  29.58 
 
 		 806 aa  258  4e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.604151  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3758  MscS Mechanosensitive ion channel  30.01 
 
 		 809 aa  258  4e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.992907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03384  small-conductance mechanosensitive channel  28.91 
 
 		 803 aa  256  1.0000000000000001e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.670806  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4139  MscS Mechanosensitive ion channel  29.4 
 
 		 815 aa  255  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46240  hypothetical protein  29.86 
 
 		 807 aa  256  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.566889  normal  0.0303227 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2215  MscS mechanosensitive ion channel  30.09 
 
 		 820 aa  255  3e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311174 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5267  MscS mechanosensitive ion channel  28.68 
 
 		 820 aa  253  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.269062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3100  MscS mechanosensitive ion channel  28.68 
 
 		 820 aa  253  8.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.416731  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3656  MscS mechanosensitive ion channel  29.56 
 
 		 856 aa  253  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.570339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5006  MscS mechanosensitive ion channel  29.17 
 
 		 814 aa  253  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2528  MscS mechanosensitive ion channel  27.19 
 
 		 817 aa  253  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.290655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3452  MscS mechanosensitive ion channel  28.63 
 
 		 816 aa  251  5e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00203474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0381  MscS mechanosensitive ion channel  28.24 
 
 		 815 aa  249  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1994  MscS mechanosensitive ion channel  42.24 
 
 		 796 aa  249  2e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.952395 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5154  MscS mechanosensitive ion channel  28.17 
 
 		 814 aa  249  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0457644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  30.18 
 
 		 830 aa  248  3e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4629  MscS mechanosensitive ion channel  28.05 
 
 		 832 aa  247  6e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4029  putative mechanosensitive ion channel  28.46 
 
 		 832 aa  245  3e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1852  mechanosensitive ion channel family protein  28.46 
 
 		 804 aa  243  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0601787  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0820  MscS mechanosensitive ion channel  36.75 
 
 		 849 aa  238  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0343003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2148  small conductance mechanosensitive Ion channel  46.76 
 
 		 847 aa  237  6e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.667496  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0741  MscS mechanosensitive ion channel  28.27 
 
 		 803 aa  237  7e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0822  MscS mechanosensitive ion channel  46.76 
 
 		 847 aa  237  8e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0649099  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0707  MscS mechanosensitive ion channel  28.7 
 
 		 855 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4476  MscS mechanosensitive ion channel  26.89 
 
 		 799 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.878237 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0740  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 803 aa  234  6e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3482  MscS mechanosensitive ion channel  28.12 
 
 		 813 aa  233  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144458  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  42.61 
 
 		 752 aa  233  1e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0986  mechanosensitive ion channel family protein  29.2 
 
 		 808 aa  230  7e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.722323  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2125  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  29.53 
 
 		 809 aa  230  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0467602  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2264  mechanosensitive ion channel family protein  29.53 
 
 		 809 aa  230  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3549  MscS mechanosensitive ion channel  28.31 
 
 		 803 aa  228  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.566467  normal  0.27975 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2869  MscS Mechanosensitive ion channel  27.34 
 
 		 815 aa  227  9e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.266209  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1404  MscS Mechanosensitive ion channel  27.01 
 
 		 817 aa  225  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  34.7 
 
 		 868 aa  225  3e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2070  mechanosensitive ion channel family protein  29.09 
 
 		 809 aa  224  4e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.563687  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  42.97 
 
 		 795 aa  224  4.9999999999999996e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2316  mechanosensitive ion channel family protein  28.76 
 
 		 773 aa  220  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1293  MscS Mechanosensitive ion channel  26.44 
 
 		 814 aa  218  4e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  41.2 
 
 		 807 aa  209  1e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  41.41 
 
 		 299 aa  209  1e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  38.08 
 
 		 806 aa  209  2e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  40.28 
 
 		 843 aa  205  3e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  40.82 
 
 		 891 aa  204  4e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  39.79 
 
 		 785 aa  204  4e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  34.2 
 
 		 753 aa  202  1.9999999999999998e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0207  MscS Mechanosensitive ion channel  40.82 
 
 		 981 aa  201  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  35.18 
 
 		 864 aa  199  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1632  MscS mechanosensitive ion channel  36.45 
 
 		 877 aa  198  4.0000000000000005e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.253181  normal  0.172693 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3172  MscS Mechanosensitive ion channel  39.38 
 
 		 784 aa  193  1e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  37.25 
 
 		 685 aa  191  5.999999999999999e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3447  mechanosensitive ion channel family protein  42.33 
 
 		 816 aa  191  7e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.597927  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  40.48 
 
 		 1144 aa  189  1e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1518  hypothetical protein  36.36 
 
 		 732 aa  188  3e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0533  MscS Mechanosensitive ion channel  40.85 
 
 		 472 aa  187  9e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.818253 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  39.16 
 
 		 291 aa  183  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0528  potassium efflux protein KefA  34.65 
 
 		 1120 aa  183  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0538  potassium efflux protein KefA  34.65 
 
 		 1118 aa  183  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0581  potassium efflux protein KefA  34.65 
 
 		 1118 aa  183  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.467495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0522  potassium efflux protein KefA  34.65 
 
 		 1118 aa  183  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.97346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  38.98 
 
 		 636 aa  183  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0519  potassium efflux protein KefA  34.65 
 
 		 1120 aa  183  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  38.98 
 
 		 636 aa  182  2e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0559  potassium efflux protein KefA  35.59 
 
 		 1111 aa  180  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000200237 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0168  potassium efflux protein KefA  40 
 
 		 1110 aa  179  2e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3064  potassium efflux protein KefA  37.74 
 
 		 1120 aa  177  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2883  potassium efflux protein KefA  37.74 
 
 		 1120 aa  177  6e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0991479 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3204  potassium efflux protein KefA  37.74 
 
 		 1120 aa  177  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0501  potassium efflux protein KefA  34.26 
 
 		 1134 aa  177  7e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  39.83 
 
 		 298 aa  177  7e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5024  potassium efflux system protein KefA, putative  34.97 
 
 		 1134 aa  177  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0445  potassium efflux protein KefA  34.94 
 
 		 1117 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0101  putative AefA  38.76 
 
 		 338 aa  176  2.9999999999999996e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.0000000159695  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  35.05 
 
 		 1235 aa  175  3.9999999999999995e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3145  MscS Mechanosensitive ion channel  34.31 
 
 		 1120 aa  173  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.178032  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0555  potassium efflux protein KefA  34.31 
 
 		 1118 aa  173  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.364262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0500  potassium efflux protein KefA  34.31 
 
 		 1120 aa  173  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.527944  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>