More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1237 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1302  hypothetical protein  82.32 
 
 		 575 aa  979    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1237  hypothetical protein  100 
 
 		 576 aa  1173    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.752635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1208  hypothetical protein  63.81 
 
 		 591 aa  683    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4453  hypothetical protein  69.35 
 
 		 592 aa  781    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.850017  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1176  hypothetical protein  97.74 
 
 		 576 aa  1123    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.533125 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4890  hypothetical protein  75.23 
 
 		 579 aa  867    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00623806  normal  0.187016 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0273  hypothetical protein  39.1 
 
 		 576 aa  425  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.956314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1156  hypothetical protein  39.06 
 
 		 579 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.606865 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4190  hypothetical protein  37.97 
 
 		 579 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0229  hypothetical protein  38.58 
 
 		 576 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0226  hypothetical protein  38.75 
 
 		 585 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.767872 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0203  hypothetical protein  38.58 
 
 		 576 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.791234  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1343  dipeptidase, putative  38.89 
 
 		 579 aa  405  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.539449  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2691  hypothetical protein  33.4 
 
 		 534 aa  241  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0089028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1928  hypothetical protein  32.79 
 
 		 508 aa  239  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000792391  normal  0.162614 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1363  hypothetical protein  31.58 
 
 		 504 aa  237  4e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1565  hypothetical protein  34.21 
 
 		 525 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2160  hypothetical protein  31.7 
 
 		 578 aa  233  9e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000828835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2371  hypothetical protein  32.33 
 
 		 533 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00101788  normal  0.189183 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2491  hypothetical protein  32.4 
 
 		 533 aa  223  8e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.803199  normal  0.104159 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2301  hypothetical protein  31.91 
 
 		 533 aa  221  3e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186231  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1725  hypothetical protein  33.07 
 
 		 547 aa  221  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0132926  hitchhiker  0.00697252 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2738  hypothetical protein  32.46 
 
 		 547 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00426784  normal  0.452389 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2660  hypothetical protein  31.93 
 
 		 547 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00947468  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08190  Xaa-His dipeptidase  29.43 
 
 		 464 aa  211  3e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2070  dipeptidase PepV  29.92 
 
 		 464 aa  195  2e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000110945  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1291  dipeptidase PepV  32.03 
 
 		 467 aa  194  3e-48  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.901763  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1421  dipeptidase PepV  28.66 
 
 		 465 aa  188  3e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.220018  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0677  dipeptidase  29.5 
 
 		 469 aa  187  5e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1219  dipeptidase PepV  28.42 
 
 		 468 aa  186  1.0000000000000001e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.274288  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1231  dipeptidase PepV  27.41 
 
 		 465 aa  183  6e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00676632  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1525  peptidase V  28.93 
 
 		 471 aa  177  5e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0439  dipeptidase PepV  28.83 
 
 		 465 aa  177  6e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0908  dipeptidase PepV  30.25 
 
 		 472 aa  173  7.999999999999999e-42  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000716409  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1083  dipeptidase PepV  29.42 
 
 		 468 aa  172  1e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.30546  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3367  dipeptidase PepV  27.27 
 
 		 467 aa  169  1e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2770  dipeptidase  26.48 
 
 		 467 aa  169  1e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0101755  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2756  dipeptidase  27.23 
 
 		 470 aa  167  4e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4839  dipeptidase PepV  29.06 
 
 		 468 aa  163  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4816  dipeptidase PepV  29.24 
 
 		 468 aa  162  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.630994  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0420  dipeptidase PepV  28.99 
 
 		 468 aa  160  6e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.93198  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4436  dipeptidase PepV  28.75 
 
 		 468 aa  159  1e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4821  dipeptidase PepV  28.57 
 
 		 468 aa  159  1e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4535  dipeptidase PepV  28.43 
 
 		 468 aa  159  1e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4454  dipeptidase PepV  28.33 
 
 		 468 aa  157  4e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1046  dipeptidase, putative  25.11 
 
 		 464 aa  155  1e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0847  peptidase V  26.95 
 
 		 473 aa  155  2e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.150177  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1434  dipeptidase  25.06 
 
 		 438 aa  153  8e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0146976  normal  0.693592 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4846  dipeptidase PepV  28.01 
 
 		 468 aa  153  8.999999999999999e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0135  dipeptidase  28.1 
 
 		 473 aa  146  1e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.502281 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1723  dipeptidase, putative  24.27 
 
 		 465 aa  143  7e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1063  dipeptidase  25.77 
 
 		 470 aa  143  8e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0431  dipeptidase  23.42 
 
 		 463 aa  141  3e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02210  dipeptidase, putative  28.84 
 
 		 484 aa  139  1e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03630  dipeptidase, putative  26.86 
 
 		 481 aa  136  9.999999999999999e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00297419  normal  0.0181586 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1971  dipeptidase  26.47 
 
 		 476 aa  135  1.9999999999999998e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2623  dipeptidase, putative  39.25 
 
 		 237 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0375  dipeptidase  26.55 
 
 		 481 aa  128  2.0000000000000002e-28  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4600  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.29 
 
 		 345 aa  128  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1310  dipeptidase PepV  25.85 
 
 		 469 aa  123  9e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000129958  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1806  dipeptidase PepV  25.32 
 
 		 469 aa  120  7.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1841  dipeptidase PepV  25.32 
 
 		 469 aa  120  7.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1544  hypothetical protein  24.69 
 
 		 444 aa  116  1.0000000000000001e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0234535  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0420  dipeptidase, putative  26.74 
 
 		 449 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.808057  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf023  acetylornithine deacetylase/succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.43 
 
 		 457 aa  106  1e-21  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl437  arginine catabolism aminotransferase  24.48 
 
 		 450 aa  100  7e-20  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000221366  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0609  dipeptidase  24.42 
 
 		 456 aa  100  9e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.120564  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2626  dipeptidase, putative  31.05 
 
 		 280 aa  92.4  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.357242  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5675  acetylornithine deacetylase  36.62 
 
 		 376 aa  63.9  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0631  peptidase M20  31.61 
 
 		 433 aa  62.4  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0316  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.16 
 
 		 402 aa  62.8  0.00000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1388  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.25 
 
 		 393 aa  62  0.00000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0811726  normal  0.459687 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4262  hypothetical protein  28.45 
 
 		 487 aa  61.6  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  30.16 
 
 		 368 aa  61.6  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6159  peptidase M20  34.21 
 
 		 437 aa  60.5  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.757625  normal  0.774704 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1877  acetylornithine deacetylase  29.67 
 
 		 404 aa  58.9  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1762  acetylornithine deacetylase  37 
 
 		 411 aa  58.5  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1489  peptidase M20  37.84 
 
 		 432 aa  58.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0188879  normal  0.859959 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2332  hypothetical protein  27.23 
 
 		 471 aa  57.8  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0625849  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4976  acetylornithine deacetylase  28.75 
 
 		 376 aa  57.8  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0778383 
 
 
-
 
NC_003296  RS03691  glutamate carboxypeptidase  31.98 
 
 		 394 aa  57.8  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.262776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2115  acetylornithine deacetylase  38.54 
 
 		 422 aa  57  0.0000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.496864  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3819  hypothetical protein  31.33 
 
 		 471 aa  56.6  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0871  hypothetical protein  32.48 
 
 		 471 aa  56.2  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0842  hypothetical protein  32.48 
 
 		 471 aa  56.6  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0954  peptidase dimerisation domain protein  28.47 
 
 		 426 aa  56.6  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2364  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.29 
 
 		 405 aa  56.2  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0094  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.99 
 
 		 433 aa  56.2  0.000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.713156  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0150  acetylornithine deacetylase  31.78 
 
 		 385 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1098  peptidase dimerisation domain-containing protein  27.43 
 
 		 411 aa  56.2  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.975986 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0591  peptidase M20  29.92 
 
 		 390 aa  55.1  0.000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2142  acetylornithine deacetylase  39.58 
 
 		 422 aa  55.1  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0818142  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2080  acetylornithine deacetylase  39.58 
 
 		 422 aa  55.1  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2322  acetylornithine deacetylase  39.58 
 
 		 422 aa  55.1  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2297  acetylornithine deacetylase  39.58 
 
 		 422 aa  55.1  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3656  hypothetical protein  27.27 
 
 		 490 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.989996  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3045  acetylornithine deacetylase  38.54 
 
 		 422 aa  54.7  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1359  acetylornithine deacetylase  34 
 
 		 404 aa  54.7  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1163  diaminopimelate aminotransferase  26.5 
 
 		 396 aa  55.1  0.000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00430339  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1956  acetylornithine deacetylase  34 
 
 		 411 aa  54.7  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000205463  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>