More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1489 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1489  peptidase M20  100 
 
 
432 aa  888    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0188879  normal  0.859959 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6159  peptidase M20  54.05 
 
 
437 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.757625  normal  0.774704 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2475  acetylornithine deacetylase  27.21 
 
 
420 aa  107  4e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0713768  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0949  peptidase M20  27.99 
 
 
424 aa  102  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0792723  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0346  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.51 
 
 
447 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0940118 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1762  acetylornithine deacetylase  27.79 
 
 
411 aa  97.1  6e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4616  peptidase M20  28.37 
 
 
378 aa  93.6  6e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1854  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.53 
 
 
396 aa  91.7  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000102296  normal  0.0130262 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.44 
 
 
387 aa  90.5  5e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2405  acetylornithine deacetylase  25.9 
 
 
422 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.741155  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2115  acetylornithine deacetylase  25.2 
 
 
422 aa  88.6  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.496864  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  22.97 
 
 
363 aa  88.2  3e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6207  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.43 
 
 
419 aa  87.8  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134371  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2331  acetylornithine deacetylase  24.82 
 
 
422 aa  87.4  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.055832  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1036  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.28 
 
 
426 aa  87.4  4e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.98683  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3045  acetylornithine deacetylase  24.57 
 
 
422 aa  87.4  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3717  acetylornithine deacetylase  26.13 
 
 
407 aa  87.4  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2278  acetylornithine deacetylase  25.9 
 
 
422 aa  87  6e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2142  acetylornithine deacetylase  25.9 
 
 
422 aa  86.7  7e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0818142  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2080  acetylornithine deacetylase  25.9 
 
 
422 aa  86.7  7e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2297  acetylornithine deacetylase  25.9 
 
 
422 aa  86.7  7e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2076  acetylornithine deacetylase  25.62 
 
 
422 aa  85.9  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1163  diaminopimelate aminotransferase  23.62 
 
 
396 aa  85.9  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00430339  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2322  acetylornithine deacetylase  25.62 
 
 
422 aa  85.1  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6376  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.17 
 
 
419 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6609  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.17 
 
 
419 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0785768 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0094  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.13 
 
 
433 aa  84.7  0.000000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.713156  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3265  acetylornithine deacetylase  25.87 
 
 
416 aa  84  0.000000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.366543 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3625  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  26.14 
 
 
417 aa  83.6  0.000000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.209482  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.21 
 
 
398 aa  83.2  0.000000000000008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5606  peptidase M20  25 
 
 
422 aa  83.2  0.000000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.69 
 
 
399 aa  81.6  0.00000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5675  acetylornithine deacetylase  29.01 
 
 
376 aa  82  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01583  acetylornithine deacetylase, hypothetical (Eurofung)  25.87 
 
 
393 aa  81.3  0.00000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0352078 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1865  diaminopimelate aminotransferase  26.23 
 
 
406 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.363137  normal  0.0244826 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1933  diaminopimelate aminotransferase  25.36 
 
 
413 aa  81.6  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0631  peptidase M20  36.53 
 
 
433 aa  81.3  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1125  diaminopimelate aminotransferase  22.28 
 
 
396 aa  80.9  0.00000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000017221  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24 
 
 
398 aa  80.5  0.00000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0166  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.87 
 
 
407 aa  80.1  0.00000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.13 
 
 
375 aa  80.1  0.00000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0497  acetylornithine deacetylase  23.63 
 
 
424 aa  80.1  0.00000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00375868  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2321  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  26.3 
 
 
424 aa  79.7  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.665958  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4731  peptidase M20  32.5 
 
 
416 aa  79.7  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5867  peptidase M20  27.27 
 
 
434 aa  79.3  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.57 
 
 
395 aa  78.2  0.0000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0990  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  22.51 
 
 
365 aa  78.6  0.0000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0548  acetylornithine deacetylase  23.28 
 
 
424 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000707223  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1152  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.37 
 
 
366 aa  78.6  0.0000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135979  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01145  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.34 
 
 
376 aa  78.6  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0346694  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.07 
 
 
376 aa  78.2  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1544  acetylornithine deacetylase  29.75 
 
 
374 aa  78.2  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.88458  normal  0.449301 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2784  peptidase M20  27.18 
 
 
394 aa  77.4  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0260  peptidase  24.25 
 
 
394 aa  77  0.0000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0095  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.52 
 
 
429 aa  77  0.0000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.276055  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1441  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  21.09 
 
 
404 aa  77  0.0000000000005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0025  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.72 
 
 
429 aa  77  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5605  acetylornithine deacetylase  28.46 
 
 
374 aa  77  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227908  normal  0.344951 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0068  diaminopimelate aminotransferase  27.12 
 
 
411 aa  76.6  0.0000000000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0467  acetylornithine deacetylase  23.38 
 
 
426 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0493  acetylornithine deacetylase  23.38 
 
 
426 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3295  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.18 
 
 
409 aa  76.3  0.0000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0410  acetylornithine deacetylase  23.38 
 
 
424 aa  76.6  0.0000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.83 
 
 
392 aa  76.6  0.0000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0548  acetylornithine deacetylase  23.88 
 
 
424 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.166552  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0475  acetylornithine deacetylase  23.13 
 
 
424 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1685  acetylornithine deacetylase  24.27 
 
 
422 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.56308  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1892  diaminopimelate aminotransferase  20.36 
 
 
407 aa  75.1  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2518  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.07 
 
 
382 aa  74.7  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00740773 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.67 
 
 
386 aa  74.7  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4949  peptidase M20  25.15 
 
 
365 aa  74.3  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3501  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.47 
 
 
375 aa  74.7  0.000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0810  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  26.16 
 
 
447 aa  74.3  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.966412 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1704  peptidase M20  26.59 
 
 
369 aa  73.9  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.68 
 
 
378 aa  73.6  0.000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0641  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  23.94 
 
 
411 aa  73.9  0.000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0775  hypothetical protein  24.14 
 
 
409 aa  73.6  0.000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0167319  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0193  diaminopimelate aminotransferase  25.14 
 
 
421 aa  73.6  0.000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000572443  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.64 
 
 
375 aa  73.6  0.000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4825  acetylornithine deacetylase  23.63 
 
 
424 aa  73.6  0.000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0895557  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1500  peptidase  24.86 
 
 
394 aa  73.6  0.000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1103  diaminopimelate aminotransferase  23.66 
 
 
407 aa  73.2  0.000000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4508  acetylornithine deacetylase  25.36 
 
 
374 aa  73.2  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0081  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.83 
 
 
377 aa  73.2  0.000000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1724  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  33.12 
 
 
377 aa  73.2  0.000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0550  diaminopimelate aminotransferase  25.22 
 
 
409 aa  73.2  0.000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000714346 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0406  acetylornithine deacetylase  23.25 
 
 
424 aa  73.2  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4285  acetylornithine deacetylase  25 
 
 
432 aa  72.8  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0115964 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1422  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.21 
 
 
423 aa  72.8  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0030  acetylornithine deacetylase  25 
 
 
446 aa  72.8  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.02 
 
 
383 aa  73.2  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0688  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  22.16 
 
 
365 aa  72.8  0.00000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4522  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25 
 
 
428 aa  72.4  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  21.86 
 
 
365 aa  71.6  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.765563  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1459  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.86 
 
 
383 aa  71.6  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.88 
 
 
383 aa  71.2  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.41 
 
 
378 aa  71.2  0.00000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1994  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.17 
 
 
425 aa  71.2  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0019  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.51 
 
 
428 aa  71.2  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.191094  hitchhiker  0.000354462 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1109  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.71 
 
 
409 aa  71.2  0.00000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330284  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>