More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1040 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1040  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 		 382 aa  769    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.098407 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2080  Extracellular ligand-binding receptor  61.08 
 
 		 383 aa  463  1e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1879  putative amino acids-binding transmembrane protein  56.28 
 
 		 383 aa  451  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.399388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  39.83 
 
 		 367 aa  253  3e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2010  Extracellular ligand-binding receptor  40.87 
 
 		 377 aa  253  4.0000000000000004e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.467518  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1693  extracellular ligand-binding receptor  40.87 
 
 		 377 aa  252  9.000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.502178  normal  0.251064 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  40.11 
 
 		 370 aa  247  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3749  extracellular ligand-binding receptor  41.38 
 
 		 374 aa  247  3e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.314564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  40.75 
 
 		 368 aa  246  4e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  40.29 
 
 		 373 aa  246  6.999999999999999e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3030  Extracellular ligand-binding receptor  41.09 
 
 		 374 aa  245  9e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.394704  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  39.22 
 
 		 379 aa  245  9.999999999999999e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  38.18 
 
 		 370 aa  242  7.999999999999999e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  38.94 
 
 		 378 aa  241  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  37.89 
 
 		 370 aa  241  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4703  Extracellular ligand-binding receptor  40.8 
 
 		 368 aa  229  5e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4704  Extracellular ligand-binding receptor  36.66 
 
 		 371 aa  208  2e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  34.15 
 
 		 385 aa  205  9e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  34.15 
 
 		 385 aa  205  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  32.87 
 
 		 385 aa  186  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  32.96 
 
 		 377 aa  182  1e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  31.09 
 
 		 386 aa  179  7e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 		 398 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  32.19 
 
 		 392 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  29.6 
 
 		 382 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  32.86 
 
 		 395 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  31.7 
 
 		 380 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 		 384 aa  164  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  29.68 
 
 		 377 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  31.97 
 
 		 382 aa  156  7e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  30.28 
 
 		 386 aa  153  4e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  32.05 
 
 		 375 aa  153  5.9999999999999996e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0335  Extracellular ligand-binding receptor  32.29 
 
 		 374 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1020  twin-arginine translocation pathway signal  29.41 
 
 		 383 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  29.97 
 
 		 378 aa  147  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 		 408 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 		 403 aa  138  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0299  extracellular ligand-binding receptor  30.19 
 
 		 378 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  29.55 
 
 		 381 aa  136  7.000000000000001e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.54 
 
 		 388 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2993  Extracellular ligand-binding receptor  30.72 
 
 		 363 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3340  Extracellular ligand-binding receptor  30.43 
 
 		 394 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.157564  normal  0.523018 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4371  extracellular ligand-binding receptor  30.41 
 
 		 391 aa  132  7.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  30.68 
 
 		 408 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4409  extracellular ligand-binding receptor  29.04 
 
 		 383 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.154194 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  30.09 
 
 		 385 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 		 388 aa  129  8.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  31.03 
 
 		 411 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  30.81 
 
 		 388 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 		 386 aa  129  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0045  extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 		 385 aa  127  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.406138  normal  0.264074 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0452  extracellular ligand-binding receptor  32.42 
 
 		 382 aa  127  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.128382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  28.37 
 
 		 386 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  30.46 
 
 		 411 aa  126  6e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2392  extracellular ligand-binding receptor  29.44 
 
 		 380 aa  126  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0443  Extracellular ligand-binding receptor  32.14 
 
 		 382 aa  126  8.000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.363055  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0108  Extracellular ligand-binding receptor  29.1 
 
 		 388 aa  125  1e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4388  extracellular ligand-binding receptor  30.38 
 
 		 372 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.861875 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0065  Extracellular ligand-binding receptor  27.47 
 
 		 385 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  33.24 
 
 		 472 aa  122  8e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  32.08 
 
 		 480 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.77 
 
 		 517 aa  119  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0962  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.14 
 
 		 512 aa  119  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0550  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 		 383 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0334765 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  28.78 
 
 		 403 aa  118  1.9999999999999998e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0364  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.86 
 
 		 390 aa  116  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0789  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 		 383 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.394286  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0549  extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 		 384 aa  114  3e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0807314 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0961  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.15 
 
 		 496 aa  113  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.731254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1617  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 		 384 aa  113  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 		 379 aa  113  7.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0681  extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 		 382 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.35117  normal  0.336917 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1431  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.08 
 
 		 380 aa  110  5e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.21554 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  27.08 
 
 		 342 aa  109  7.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1014  putative substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  27.55 
 
 		 370 aa  109  9.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0676014 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  32.34 
 
 		 423 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  28.22 
 
 		 393 aa  107  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3869  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  26.92 
 
 		 519 aa  107  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.222307 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0707  extracellular ligand-binding receptor  24.29 
 
 		 382 aa  105  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2079  Extracellular ligand-binding receptor  26.27 
 
 		 386 aa  102  8e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 386 aa  102  9e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1690  extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 		 382 aa  100  6e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.783096  normal  0.235233 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3128  Extracellular ligand-binding receptor  26.99 
 
 		 387 aa  99.8  8e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  27.22 
 
 		 497 aa  97.8  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 		 380 aa  97.4  4e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1828  hypothetical protein  25.44 
 
 		 539 aa  95.9  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00860183  normal  0.522901 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1033  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 		 416 aa  93.2  7e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.344987  hitchhiker  0.000487812 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1004  Extracellular ligand-binding receptor  24.68 
 
 		 416 aa  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.24 
 
 		 425 aa  91.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  28.96 
 
 		 425 aa  91.3  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 		 441 aa  88.2  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 		 394 aa  87.8  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3157  Extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 		 362 aa  86.7  7e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 		 436 aa  86.3  9e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3484  putative Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  27.38 
 
 		 362 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0953  extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 		 426 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00418  hypothetical protein  24.94 
 
 		 380 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.303098  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  24.42 
 
 		 410 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1126  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 		 372 aa  82.8  0.000000000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.293075 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3285  putative Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  27.61 
 
 		 365 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.475932  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>