More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_5508 on replicon NC_012853
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
347 aa  706    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
355 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.26 
 
 
383 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  28.28 
 
 
354 aa  126  5e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  27.6 
 
 
344 aa  123  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  27.86 
 
 
355 aa  123  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  26.63 
 
 
335 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 
338 aa  119  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  27.5 
 
 
362 aa  116  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  26.67 
 
 
342 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  24.48 
 
 
407 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 
345 aa  104  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 
340 aa  104  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  27.41 
 
 
345 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  27.38 
 
 
353 aa  102  1e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  25.57 
 
 
340 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  23.81 
 
 
345 aa  100  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  26.06 
 
 
348 aa  97.8  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  25.37 
 
 
344 aa  97.1  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  23.08 
 
 
348 aa  96.7  5e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 
347 aa  96.3  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  23.51 
 
 
347 aa  95.9  8e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  26.28 
 
 
340 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2577  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 
343 aa  95.5  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318212  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4681  extracellular solute-binding protein  26.59 
 
 
343 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  26.71 
 
 
346 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  26.22 
 
 
347 aa  94.7  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  26.32 
 
 
348 aa  94.4  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  25.91 
 
 
347 aa  93.2  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 
347 aa  92  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  24 
 
 
348 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2867  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 
345 aa  90.1  5e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3744  twin-arginine translocation pathway signal  22.95 
 
 
345 aa  89.7  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4156  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 
358 aa  88.2  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3232  extracellular solute-binding protein  29.33 
 
 
343 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587408  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  26.23 
 
 
323 aa  87  4e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 
347 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1957  extracellular solute-binding protein family 1  25.63 
 
 
358 aa  86.3  7e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  24.71 
 
 
349 aa  86.3  7e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1048  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  27.72 
 
 
345 aa  85.1  0.000000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00610599  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1064  extracellular solute-binding protein  25.99 
 
 
374 aa  84  0.000000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000691325  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0539  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 
358 aa  84.3  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3673  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  25.96 
 
 
348 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2144  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.71 
 
 
347 aa  83.2  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
355 aa  83.2  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  23.12 
 
 
342 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1636  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.52 
 
 
348 aa  82.4  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01121  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.8 
 
 
348 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2524  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 
348 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00059946  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2003  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.8 
 
 
348 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.59191 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1859  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.39 
 
 
347 aa  81.6  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112661  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2480  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.8 
 
 
348 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199988  normal  0.415461 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01129  hypothetical protein  24.8 
 
 
348 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  25.84 
 
 
358 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1243  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.8 
 
 
348 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0566185  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1501  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.8 
 
 
348 aa  81.3  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00187951  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  24.57 
 
 
374 aa  81.3  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2202  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.8 
 
 
348 aa  81.3  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2404  extracellular solute-binding protein family 1  28.4 
 
 
342 aa  80.9  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2920  extracellular solute-binding protein family 1  26.8 
 
 
341 aa  80.5  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.458081 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1246  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.8 
 
 
348 aa  80.9  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.178471  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  22.42 
 
 
346 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8157  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  24.21 
 
 
345 aa  79.7  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1337  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.8 
 
 
348 aa  79.3  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0644011 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1846  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
342 aa  79.3  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0748296  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1962  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.8 
 
 
348 aa  79.3  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1299  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.8 
 
 
348 aa  79.3  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1322  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.8 
 
 
348 aa  79.3  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0110419 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2146  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  24.8 
 
 
348 aa  79.3  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00543395 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 
350 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  23.65 
 
 
343 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  24.16 
 
 
348 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1938  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor  23.79 
 
 
360 aa  79  0.0000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  24.16 
 
 
348 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1454  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.64 
 
 
336 aa  78.2  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1184  extracellular solute-binding protein  25.54 
 
 
357 aa  78.6  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000549625  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1162  extracellular solute-binding protein  25.54 
 
 
357 aa  78.6  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.227001  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2226  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  23.44 
 
 
360 aa  78.2  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2816  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 
354 aa  77.4  0.0000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.293576  normal  0.888288 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4993  extracellular solute-binding protein family 1  27.3 
 
 
346 aa  76.6  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 
339 aa  76.6  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1036  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  27.7 
 
 
366 aa  76.6  0.0000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000359474  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6089  ABC transporter substrate binding protein (polyamine)  29.87 
 
 
336 aa  76.3  0.0000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.183043  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1018  extracellular solute-binding protein  28.27 
 
 
369 aa  76.3  0.0000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3241  extracellular solute-binding protein  27.82 
 
 
341 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.047914  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  23.26 
 
 
345 aa  75.9  0.0000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0326  extracellular solute-binding protein family 1  26.09 
 
 
357 aa  75.5  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00599972  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1408  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 
336 aa  75.5  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.121808  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 
348 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 
348 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1551  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 
363 aa  75.5  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161993  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1927  extracellular solute-binding protein family 1  29.64 
 
 
341 aa  74.7  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.96322  hitchhiker  0.000000194914 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0910  extracellular solute-binding protein  25.28 
 
 
360 aa  75.1  0.000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  22.81 
 
 
350 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0819  ABC transporter substrate binding protein (putrescine)  26.84 
 
 
371 aa  74.3  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  25 
 
 
350 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 
341 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  22.19 
 
 
344 aa  73.6  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  24.16 
 
 
350 aa  73.6  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02286  hypothetical protein  27.17 
 
 
343 aa  73.6  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>