More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2278 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2278  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 273 aa  560  1e-158  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.408305  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  40.67 
 
 		 269 aa  198  7e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7693  transcriptional regulator MerR family  38.77 
 
 		 271 aa  195  7e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.56372  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4027  transcriptional regulator, MerR family  39.26 
 
 		 269 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  39.63 
 
 		 276 aa  193  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 292 aa  149  5e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5613  transcriptional regulator, MerR family  30.8 
 
 		 283 aa  122  6e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.395167  normal  0.0913658 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  34.15 
 
 		 199 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 178 aa  85.9  7e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  32.16 
 
 		 199 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 199 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 199 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3329  transcriptional regulator  29.17 
 
 		 201 aa  82  0.000000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.855836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 191 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 191 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 191 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 186 aa  78.2  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 191 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 201 aa  77  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  26.37 
 
 		 236 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 201 aa  74.3  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  26.37 
 
 		 236 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  28.71 
 
 		 187 aa  73.9  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  26.37 
 
 		 179 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  26.37 
 
 		 179 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  26.37 
 
 		 179 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  26.37 
 
 		 179 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  26.37 
 
 		 179 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  26.37 
 
 		 179 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  29.12 
 
 		 180 aa  73.6  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0925  transcriptional regulator, XRE family  32.53 
 
 		 205 aa  73.2  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4834  transcriptional regulator, XRE family  30.6 
 
 		 182 aa  72.4  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.197047  normal  0.0345523 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4784  transcriptional regulator, XRE family  30.6 
 
 		 182 aa  72  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0510271 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 189 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  30.05 
 
 		 197 aa  70.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2769  XRE family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 276 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  25.27 
 
 		 190 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4609  XRE family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3262  XRE family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 193 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 190 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 192 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3261  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.957848  normal  0.179215 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 192 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 192 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0750  transcriptional regulator, XRE family  29.55 
 
 		 181 aa  69.3  0.00000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0884701 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 192 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 192 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  27.07 
 
 		 188 aa  69.3  0.00000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 193 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  28.34 
 
 		 211 aa  69.3  0.00000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1434  transcriptional regulator, XRE family  29.84 
 
 		 232 aa  68.9  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.887851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4610  XRE family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 252 aa  68.6  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.985679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1729  transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 		 195 aa  68.6  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114176  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1077  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 186 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3161  XRE family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 182 aa  68.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  28.93 
 
 		 202 aa  67.4  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 188 aa  67.4  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16550  predicted transcriptional regulator  27.44 
 
 		 204 aa  67.8  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.45133 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1443  XRE family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 182 aa  67  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  27.03 
 
 		 183 aa  67  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 199 aa  67  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  26.7 
 
 		 175 aa  66.6  0.0000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6754  transcriptional regulator, XRE family  28.26 
 
 		 210 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36173  normal  0.846385 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2727  DNA-binding transcriptional regulator  27.22 
 
 		 208 aa  65.9  0.0000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.118237 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4870  XRE family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 211 aa  65.9  0.0000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.523431 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  27.87 
 
 		 191 aa  65.9  0.0000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  30.22 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 		 225 aa  65.1  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 181 aa  64.3  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4807  XRE family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 185 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.730727  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  30.6 
 
 		 182 aa  64.3  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 211 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  30.6 
 
 		 182 aa  64.3  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 211 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.71 
 
 		 189 aa  63.9  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5113  putative transcriptional regulator  30.11 
 
 		 187 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000231  predicted transcriptional regulator  28.02 
 
 		 207 aa  63.9  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4773  transcriptional regulator, XRE family  29.88 
 
 		 187 aa  63.5  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0282623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 187 aa  63.2  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58380  putative transcriptional regulator  30.11 
 
 		 187 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  23.47 
 
 		 191 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  25.81 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3046  transcriptional regulator  28.8 
 
 		 201 aa  62.4  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.948594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 176 aa  62.4  0.000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  25.84 
 
 		 188 aa  62  0.000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  25.93 
 
 		 188 aa  62.4  0.000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05970  hypothetical protein  27.47 
 
 		 207 aa  61.6  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 204 aa  62  0.00000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1351  transcriptional regulator MerR family CueR domain protein  38.16 
 
 		 142 aa  61.6  0.00000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0248  XRE family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 182 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  23.98 
 
 		 191 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0274  transcriptional regulator, XRE family  27.57 
 
 		 205 aa  61.2  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.64998  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 179 aa  61.2  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3125  Cro/CI family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 180 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.888864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0766  XRE family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 183 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2591  XRE family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 180 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5384  XRE family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 185 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.840154  normal  0.424249 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>