More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0435 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
296 aa  615  1e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1317  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.39 
 
 
297 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0188901  normal  0.208154 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.05 
 
 
297 aa  341  9e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.87 
 
 
297 aa  341  1e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0103868 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.72 
 
 
301 aa  332  5e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.73675  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.42 
 
 
302 aa  331  1e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1610  putative UDP-glucose 4-epimerase  51.02 
 
 
299 aa  322  5e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5547  UDP-glucose 4-epimerase  50.85 
 
 
297 aa  313  1.9999999999999998e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.51 
 
 
298 aa  311  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.642611  normal  0.440352 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0283  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.51 
 
 
299 aa  298  8e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.285129 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.64 
 
 
305 aa  270  2e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.125961 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.47 
 
 
282 aa  249  4e-65  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.858296  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1321  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.55 
 
 
279 aa  233  3e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  42.71 
 
 
292 aa  224  1e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0386501 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0914  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.33 
 
 
295 aa  210  2e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0478634 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.14 
 
 
295 aa  203  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.419634 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.52 
 
 
290 aa  196  4.0000000000000005e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.811922  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.69 
 
 
290 aa  192  6e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000117314  hitchhiker  0.00259288 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.7 
 
 
292 aa  181  9.000000000000001e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.1 
 
 
292 aa  158  1e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.11 
 
 
302 aa  156  4e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2418  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.76 
 
 
296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.85 
 
 
309 aa  145  7.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0467071  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.78 
 
 
300 aa  143  4e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.386325 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31 
 
 
279 aa  139  6e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.532841  normal  0.819978 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.25 
 
 
315 aa  138  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.248411  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3338  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.15 
 
 
322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3138  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.94 
 
 
321 aa  133  5e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.480465 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06398  UDP-galactose 4-epimerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00360)  31.72 
 
 
280 aa  132  9e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0550101 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1499  UDP-galactose 4-epimerase  29.84 
 
 
293 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0472  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.76 
 
 
309 aa  125  6e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1709  UDP-glucose-4-epimerase  30.62 
 
 
313 aa  124  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.05 
 
 
327 aa  115  7.999999999999999e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0451692 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.4 
 
 
303 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2573  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.73 
 
 
312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.71 
 
 
292 aa  105  9e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.799707  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0908  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.81 
 
 
314 aa  103  3e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0682781  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.04 
 
 
283 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0393697  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA08350  conserved hypothetical protein  28.71 
 
 
295 aa  95.1  1e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG04680  hypothetical protein  28.75 
 
 
299 aa  93.2  4e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.338174  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.25 
 
 
315 aa  92.4  9e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.1 
 
 
292 aa  89.7  5e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.54 
 
 
308 aa  85.1  0.000000000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0575797  normal  0.628375 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1446  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.2 
 
 
311 aa  84.3  0.000000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000127468 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.56 
 
 
296 aa  83.6  0.000000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.39 
 
 
302 aa  83.6  0.000000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.4 
 
 
314 aa  80.5  0.00000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.98 
 
 
268 aa  79.7  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.92 
 
 
292 aa  79  0.00000000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.31 
 
 
313 aa  79  0.00000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.1 
 
 
324 aa  79  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00284498  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.94 
 
 
292 aa  78.6  0.0000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0163  UDP-galactose 4-epimerase  30 
 
 
331 aa  78.6  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.507846  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.68 
 
 
305 aa  78.2  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0043  UDP-glucose 4-epimerase  25.9 
 
 
337 aa  77.4  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0347  UDP-glucose 4-epimerase  30.57 
 
 
342 aa  77.4  0.0000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0730081 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0673  UDP-galactose 4-epimerase  32.62 
 
 
337 aa  77.4  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000299597 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1772  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.8 
 
 
301 aa  77  0.0000000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.16 
 
 
560 aa  76.6  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2299  UDP-glucose 4-epimerase  27.3 
 
 
332 aa  77  0.0000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.94 
 
 
297 aa  76.6  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109376  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.5 
 
 
312 aa  76.6  0.0000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2411  UDP-galactose 4-epimerase  28.8 
 
 
333 aa  76.3  0.0000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.016358  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.39 
 
 
320 aa  75.5  0.0000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.974335  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2916  UDP-glucose 4-epimerase  28.26 
 
 
320 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.660815 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0795  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  28.16 
 
 
344 aa  75.5  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0041  UDP-glucose 4-epimerase  25.9 
 
 
337 aa  75.1  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  27.55 
 
 
244 aa  75.5  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0690  NAD dependent epimerase/dehydratase family  28.16 
 
 
345 aa  75.1  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.595947  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  30.54 
 
 
328 aa  74.7  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2821  UDP-glucose 4-epimerase  31.79 
 
 
332 aa  74.7  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.06 
 
 
333 aa  74.7  0.000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.95 
 
 
309 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.81 
 
 
406 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4242  UDP-glucose 4-epimerase  24.77 
 
 
332 aa  73.6  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.83 
 
 
247 aa  73.6  0.000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.53 
 
 
298 aa  73.6  0.000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 
317 aa  73.2  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3587  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.97 
 
 
326 aa  73.2  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.48 
 
 
314 aa  72.8  0.000000000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.661925  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.08 
 
 
310 aa  72.8  0.000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  29.02 
 
 
302 aa  72.8  0.000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.05 
 
 
306 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.45 
 
 
306 aa  72.4  0.000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.10516  normal  0.125028 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.74 
 
 
326 aa  72.4  0.000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.46 
 
 
304 aa  71.6  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3795  UDP-glucose 4-epimerase  28.05 
 
 
353 aa  71.6  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.611688 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8322  UDP-glucose 4-epimerase  32.66 
 
 
314 aa  72.4  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.84 
 
 
328 aa  71.6  0.00000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4827  UDP-glucose 4-epimerase  29.31 
 
 
329 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.321852  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0187  UDP-galactose 4-epimerase  27.41 
 
 
344 aa  71.2  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.611091  decreased coverage  0.00729822 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4059  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.18 
 
 
331 aa  71.2  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.17 
 
 
310 aa  70.9  0.00000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.949606  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1993  UDP-galactose 4-epimerase  26.1 
 
 
327 aa  70.9  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.101551  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.79 
 
 
313 aa  70.5  0.00000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3036  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.46 
 
 
334 aa  70.5  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0768033  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.69 
 
 
330 aa  70.9  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.409004  normal  0.187686 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.95 
 
 
413 aa  70.5  0.00000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.245536  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.04 
 
 
331 aa  70.5  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2109  putative UDP-glucose 4-epimerase  26.04 
 
 
323 aa  70.1  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.947732 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>