More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1157 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010682  Rpic_1157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
297 aa  612  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.109376  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1332  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  69.05 
 
 
297 aa  420  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.31 
 
 
296 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0881  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.31 
 
 
296 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0771  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.41 
 
 
305 aa  343  2e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.59 
 
 
305 aa  339  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12885  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.74 
 
 
296 aa  323  2e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1800  oxidoreductase Rmd  56.12 
 
 
298 aa  323  3e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0661573 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0915  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.39 
 
 
298 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0689  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  57.53 
 
 
322 aa  319  3e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000923213  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.41 
 
 
298 aa  316  3e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329803 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  55.52 
 
 
322 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0759  oxidoreductase Rmd  55.52 
 
 
322 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0976196  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2436  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  55.52 
 
 
322 aa  311  1e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388291  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1700  NDP-hexose epimerase/oxydoreductase  53.04 
 
 
304 aa  303  3.0000000000000004e-81  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0751046  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.04 
 
 
304 aa  303  3.0000000000000004e-81  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.356198  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1867  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  56.49 
 
 
338 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1710  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  56.49 
 
 
338 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0230635  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1659  putative GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  56.49 
 
 
338 aa  301  1e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.89 
 
 
300 aa  293  3e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.182648 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3357  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.84 
 
 
322 aa  289  4e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.639146  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50 
 
 
303 aa  288  9e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3862  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.51 
 
 
322 aa  286  2e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.780042  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.51 
 
 
324 aa  286  2e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.177017  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  50.34 
 
 
303 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.51 
 
 
323 aa  285  8e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.575766  normal  0.159353 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.17 
 
 
321 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.17 
 
 
321 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.20732  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.84 
 
 
321 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0750075  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.63 
 
 
288 aa  268  7e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0174113 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1703  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.58 
 
 
292 aa  265  1e-69  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0468574  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.47 
 
 
288 aa  258  6e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0493  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.49 
 
 
303 aa  257  1e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0756  NAD-dependent epimerase/dehydratase  47.47 
 
 
295 aa  255  8e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.75 
 
 
290 aa  246  2e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.04 
 
 
266 aa  246  4e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1679  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.02 
 
 
291 aa  245  6e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0568  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.18 
 
 
315 aa  178  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.973707  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3291  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.93 
 
 
294 aa  165  8e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2889  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.93 
 
 
294 aa  165  8e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.244527  normal  0.404656 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4820  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.55 
 
 
342 aa  153  4e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.503744  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.9 
 
 
303 aa  152  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1710  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.21 
 
 
326 aa  148  9e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  33.99 
 
 
304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6244  oxidoreductase Rmd  33.44 
 
 
303 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.588442  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1007  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase  34.71 
 
 
319 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.197321  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0745  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.409564  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1853  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.6 
 
 
319 aa  129  9.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.94 
 
 
298 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3281  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.72 
 
 
319 aa  123  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.711314 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.28 
 
 
338 aa  122  5e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12401  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.62 
 
 
333 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.509931  hitchhiker  0.00693738 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0939  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.97 
 
 
324 aa  120  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0249986  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 
313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.7 
 
 
322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0996963 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4076  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.79 
 
 
306 aa  115  7.999999999999999e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1970  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.56 
 
 
326 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2973  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.98 
 
 
326 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0408  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.81 
 
 
326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.253997 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.26 
 
 
321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.033551  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.66 
 
 
326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0917  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.82 
 
 
334 aa  114  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3742  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.58 
 
 
320 aa  114  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283521  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.26 
 
 
323 aa  113  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.566643 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.18 
 
 
354 aa  111  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0397  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.3 
 
 
342 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
306 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0628  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.21 
 
 
334 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0719  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.88 
 
 
322 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2645  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.75 
 
 
326 aa  107  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.33 
 
 
281 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.247092 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0370  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
326 aa  106  4e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1513  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.69 
 
 
323 aa  105  6e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.07 
 
 
315 aa  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174065  normal  0.540107 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5497  GDP-mannose 4,6-dehydratase  26.81 
 
 
323 aa  105  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.63 
 
 
320 aa  104  2e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4859  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.32 
 
 
336 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.417628  normal  0.311096 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5579  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.31 
 
 
368 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.850115  normal  0.207226 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5495  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 
329 aa  103  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
334 aa  103  3e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000232422 
 
 
-
 
NC_004310  BR1066  UDP-glucose 4-epimerase  28.31 
 
 
335 aa  103  4e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0920176  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  29.08 
 
 
307 aa  103  4e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14111  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.09 
 
 
335 aa  102  5e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0611432  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.38 
 
 
373 aa  103  5e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2839  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 
333 aa  102  6e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.88 
 
 
327 aa  102  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3725  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.87 
 
 
288 aa  102  8e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3722  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.24 
 
 
335 aa  102  8e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5600  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.18 
 
 
340 aa  102  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1030  UDP-glucose 4-epimerase  28.31 
 
 
335 aa  102  8e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.69 
 
 
333 aa  102  1e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0769  UDP-glucose 4-epimerase  29.85 
 
 
329 aa  101  1e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.953207  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2781  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.41 
 
 
314 aa  101  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0394  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.37 
 
 
323 aa  102  1e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.286083  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2129  GDP-mannose 4,6-dehydratase  27.95 
 
 
347 aa  101  2e-20  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.444073  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1306  GDP-mannose 4,6-dehydratase  24.7 
 
 
339 aa  101  2e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1583  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.08 
 
 
330 aa  101  2e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.41 
 
 
312 aa  101  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.16 
 
 
334 aa  100  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.225556  normal  0.379661 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3691  UDP-glucose 4-epimerase  30.23 
 
 
319 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>