More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2109 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2109  putative UDP-glucose 4-epimerase  100 
 
 
323 aa  654    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.947732 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7928  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.38 
 
 
322 aa  122  9e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196696  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 
345 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.241656  normal  0.415847 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0149  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.47 
 
 
313 aa  104  2e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.28 
 
 
310 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.68 
 
 
310 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.68 
 
 
310 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.19 
 
 
328 aa  94.4  2e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.11 
 
 
313 aa  93.2  5e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.23 
 
 
319 aa  93.2  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.84 
 
 
313 aa  93.2  5e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.5 
 
 
327 aa  92.4  1e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.92 
 
 
312 aa  92  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35 
 
 
314 aa  91.3  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.31 
 
 
310 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2392  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.25 
 
 
316 aa  89.7  6e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325743  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0668  UDP-glucose 4-epimerase  29.87 
 
 
319 aa  89.4  8e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0718222 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.99 
 
 
309 aa  89  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
306 aa  89  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1993  UDP-galactose 4-epimerase  28.05 
 
 
327 aa  88.6  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.101551  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1572  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  22.39 
 
 
330 aa  87.8  2e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0296  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.32 
 
 
321 aa  88.2  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
328 aa  88.2  2e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1122  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.84 
 
 
319 aa  87  3e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.33 
 
 
320 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.974335  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.77 
 
 
312 aa  86.3  7e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1463  UDP-glucose 4-epimerase  27.64 
 
 
320 aa  86.3  7e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.612123  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1087  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.63 
 
 
330 aa  86.3  7e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1400  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  31.47 
 
 
337 aa  85.9  9e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.598011 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.64 
 
 
309 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.54 
 
 
300 aa  85.5  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0581323  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  28 
 
 
308 aa  84.3  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1261  UDP-glucose 4-epimerase  28.44 
 
 
321 aa  84  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.992711 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.77 
 
 
306 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.15 
 
 
322 aa  83.6  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.47 
 
 
333 aa  83.6  0.000000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 
501 aa  83.2  0.000000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.770644  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.2 
 
 
309 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0036  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  24.81 
 
 
316 aa  83.2  0.000000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0174817 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2884  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.95 
 
 
341 aa  83.2  0.000000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.543075  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0420  UDP-glucose 4-epimerase  29.71 
 
 
328 aa  82.8  0.000000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4825  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
324 aa  82.8  0.000000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1447  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.45 
 
 
329 aa  82.8  0.000000000000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.5 
 
 
336 aa  82.8  0.000000000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.94 
 
 
311 aa  82.4  0.000000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.24 
 
 
510 aa  82  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0579282  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.68 
 
 
325 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.850459  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.61 
 
 
312 aa  82  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  27.43 
 
 
307 aa  82  0.00000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.43 
 
 
309 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.33 
 
 
370 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.826654 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.33 
 
 
370 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.99 
 
 
310 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_34716  nad-dependent epimerase/dehydratase  28.17 
 
 
397 aa  81.3  0.00000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
327 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.547312 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.71 
 
 
337 aa  80.9  0.00000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.15 
 
 
338 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0799  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.1 
 
 
328 aa  80.5  0.00000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.9 
 
 
370 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.247545 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.92 
 
 
332 aa  80.1  0.00000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.49 
 
 
330 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5065  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.48 
 
 
330 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2699  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25.64 
 
 
336 aa  79.7  0.00000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.85 
 
 
317 aa  79.7  0.00000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.07 
 
 
314 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2821  UDP-glucose 4-epimerase  37.65 
 
 
332 aa  79.3  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2780  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.83 
 
 
369 aa  79.3  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5423  UDP-glucose 4-epimerase  28.85 
 
 
328 aa  79.3  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0946684  normal  0.770282 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.73 
 
 
313 aa  79.3  0.00000000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1182  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  23.65 
 
 
337 aa  79  0.0000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.34 
 
 
315 aa  79  0.0000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13088  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.75 
 
 
335 aa  78.6  0.0000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.763939  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1390  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  21.3 
 
 
322 aa  77.8  0.0000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000137645  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4409  UDP-glucose 4-epimerase  29.52 
 
 
316 aa  77.8  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.63 
 
 
324 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00284498  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.22 
 
 
304 aa  78.2  0.0000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_26862  nad-dependent epimerase/dehydratase  27.95 
 
 
408 aa  77.4  0.0000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.095088  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.19 
 
 
324 aa  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1060  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.21 
 
 
372 aa  77.4  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.62 
 
 
310 aa  77.4  0.0000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.949606  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.8 
 
 
324 aa  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0152558  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.55 
 
 
329 aa  77.4  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.92 
 
 
326 aa  77.8  0.0000000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.579724  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2048  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.63 
 
 
335 aa  77  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.94 
 
 
310 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.65 
 
 
339 aa  77  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.626876  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4071  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.69 
 
 
336 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0418526  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1538  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  21.76 
 
 
336 aa  77  0.0000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00186226  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2290  UDP-glucose 4-epimerase  29.78 
 
 
325 aa  77  0.0000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.328872  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2250  UDP-glucose 4-epimerase  32.91 
 
 
321 aa  77  0.0000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.21 
 
 
298 aa  76.6  0.0000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2339  UDP-glucose 4-epimerase  27.13 
 
 
338 aa  76.6  0.0000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000378791  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0897  hypothetical protein  26.15 
 
 
337 aa  76.6  0.0000000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0859871  hitchhiker  0.00490701 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.06 
 
 
337 aa  76.3  0.0000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.681243  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1776  UDP-glucose 4-epimerase  27.5 
 
 
330 aa  76.3  0.0000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.098997  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0232  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.41 
 
 
324 aa  76.3  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.07 
 
 
327 aa  76.3  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.506298  normal  0.263369 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0209  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.14 
 
 
350 aa  76.3  0.0000000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0271  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.36 
 
 
350 aa  76.3  0.0000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.63 
 
 
336 aa  76.3  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>