More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1617 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 325 aa  665    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.850459  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.86 
 
 		 327 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.547312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4503  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.61 
 
 		 330 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.37 
 
 		 338 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.79 
 
 		 339 aa  442  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.626876  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5621  nucleotide sugar epimerase  62.43 
 
 		 338 aa  439  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.259916  normal  0.640067 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.5 
 
 		 339 aa  432  1e-120  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.65 
 
 		 346 aa  423  1e-117  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0492299  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3403  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.05 
 
 		 336 aa  408  1e-113  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.19 
 
 		 324 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.11 
 
 		 324 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0152558  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.33 
 
 		 327 aa  410  1e-113  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.506298  normal  0.263369 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.86 
 
 		 340 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0861  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.51 
 
 		 336 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1467  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  58.81 
 
 		 336 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.33 
 
 		 327 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0232  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.19 
 
 		 324 aa  407  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.7 
 
 		 341 aa  406  1.0000000000000001e-112  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2499  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.06 
 
 		 337 aa  404  1e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1400  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  59.46 
 
 		 337 aa  403  1e-111  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.598011 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.26 
 
 		 337 aa  402  1e-111  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.681243  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.34 
 
 		 342 aa  404  1e-111  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.194967  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4436  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.01 
 
 		 324 aa  400  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.86 
 
 		 336 aa  399  9.999999999999999e-111  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.56 
 
 		 335 aa  401  9.999999999999999e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.293333  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3735  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.43 
 
 		 337 aa  401  9.999999999999999e-111  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.607722  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2241  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  58.81 
 
 		 336 aa  397  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.73 
 
 		 336 aa  397  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000399652  decreased coverage  0.0000579035 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3455  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.86 
 
 		 335 aa  395  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1182  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  57.96 
 
 		 337 aa  394  1e-108  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.76 
 
 		 337 aa  393  1e-108  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.89 
 
 		 335 aa  394  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.251302  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.8 
 
 		 337 aa  393  1e-108  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.58 
 
 		 336 aa  394  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2640  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.53 
 
 		 334 aa  388  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2324  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.16 
 
 		 335 aa  390  1e-107  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2330  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.21 
 
 		 336 aa  391  1e-107  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000244593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1204  NAD dependent epimerase/dehydratase family  57.83 
 
 		 334 aa  390  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.573318  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.46 
 
 		 338 aa  389  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0038  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.13 
 
 		 335 aa  388  1e-107  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.76 
 
 		 335 aa  388  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2048  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.61 
 
 		 335 aa  389  1e-107  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3930  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.66 
 
 		 335 aa  387  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3805  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.8 
 
 		 336 aa  384  1e-106  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.758145 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4071  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.46 
 
 		 336 aa  384  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0418526  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1011  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.96 
 
 		 335 aa  384  1e-106  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1509  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.69 
 
 		 336 aa  384  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0897  hypothetical protein  56.62 
 
 		 337 aa  384  1e-105  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0859871  hitchhiker  0.00490701 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2699  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  56.67 
 
 		 336 aa  378  1e-104  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1835  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.16 
 
 		 335 aa  378  1e-104  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120118 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2449  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  57.36 
 
 		 336 aa  377  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0862725  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0618  oligopeptide transporter OPT  56.76 
 
 		 335 aa  375  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.67 
 
 		 335 aa  377  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1087  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.91 
 
 		 330 aa  374  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.21 
 
 		 337 aa  374  1e-102  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0618  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.12 
 
 		 341 aa  374  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.300865  normal  0.221889 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2638  UDP-glucuronate 5'-epimerase  54.95 
 
 		 336 aa  374  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0033  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  58.61 
 
 		 365 aa  374  1e-102  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.67 
 
 		 332 aa  371  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.46 
 
 		 335 aa  373  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.56 
 
 		 357 aa  372  1e-102  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000156201 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.76 
 
 		 337 aa  374  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.35 
 
 		 335 aa  372  1e-102  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0796  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.14 
 
 		 344 aa  371  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3039  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.29 
 
 		 335 aa  372  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.179561  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5065  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.66 
 
 		 330 aa  370  1e-101  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0609  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  57.58 
 
 		 337 aa  369  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0909  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  53.43 
 
 		 339 aa  370  1e-101  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1106  capsular polysaccharide biosynthesis protein  53.31 
 
 		 334 aa  369  1e-101  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.58 
 
 		 337 aa  369  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.69 
 
 		 339 aa  368  1e-101  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0115301  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.12 
 
 		 373 aa  365  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.411668  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2678  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.12 
 
 		 335 aa  367  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000277993  hitchhiker  0.00000000000000308835 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1396  WbnF  51.44 
 
 		 352 aa  367  1e-100  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.508073  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2598  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.46 
 
 		 358 aa  366  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01321  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  52.98 
 
 		 338 aa  364  1e-99  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5106  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.12 
 
 		 331 aa  362  6e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  53.5 
 
 		 333 aa  362  6e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0803132  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.5 
 
 		 341 aa  362  6e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0237866  hitchhiker  0.0000000224121 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0025  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.55 
 
 		 338 aa  362  6e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.730827  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0070  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.45 
 
 		 335 aa  360  2e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.76 
 
 		 335 aa  360  2e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0799  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.83 
 
 		 328 aa  359  3e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3979  UDP-glucuronate 5'-epimerase  54.52 
 
 		 335 aa  359  3e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.127116 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.47 
 
 		 336 aa  359  4e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3886  UDP-glucuronate 5'-epimerase  54.52 
 
 		 335 aa  359  4e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4469  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.76 
 
 		 335 aa  358  5e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1922  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.25 
 
 		 323 aa  358  5e-98  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335809  normal  0.362508 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4686  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  54.38 
 
 		 335 aa  358  6e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4274  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.45 
 
 		 335 aa  358  7e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2850  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.94 
 
 		 335 aa  357  9.999999999999999e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.78 
 
 		 333 aa  357  9.999999999999999e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.165697  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3553  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.93 
 
 		 352 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4196  NAD-dependent epimerase/dehydratase  56.83 
 
 		 373 aa  356  2.9999999999999997e-97  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0468  glutamyl-tRNA synthetase (glutamate--tRNA ligase; GluRS)  49.71 
 
 		 352 aa  355  5.999999999999999e-97  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.208737  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.22 
 
 		 335 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3079  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.35 
 
 		 336 aa  354  1e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  50.14 
 
 		 352 aa  353  2e-96  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.216313  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0191  putative nucleotide sugar epimerase  53.89 
 
 		 339 aa  353  2e-96  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.068357  normal  0.128971 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1792  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.71 
 
 		 353 aa  353  2.9999999999999997e-96  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>