More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4686 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4686  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  100 
 
 		 335 aa  696    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3886  UDP-glucuronate 5'-epimerase  94.33 
 
 		 335 aa  661    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3979  UDP-glucuronate 5'-epimerase  93.73 
 
 		 335 aa  658    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.127116 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  93.43 
 
 		 335 aa  655    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0070  NAD-dependent epimerase/dehydratase  88.06 
 
 		 335 aa  618  1e-176  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4274  NAD-dependent epimerase/dehydratase  88.59 
 
 		 335 aa  618  1e-176  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  87.76 
 
 		 335 aa  615  1e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4469  NAD-dependent epimerase/dehydratase  87.46 
 
 		 335 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.81 
 
 		 336 aa  556  1e-157  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.27 
 
 		 336 aa  527  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000399652  decreased coverage  0.0000579035 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2640  NAD-dependent epimerase/dehydratase  73.57 
 
 		 334 aa  516  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1204  NAD dependent epimerase/dehydratase family  71.77 
 
 		 334 aa  504  9.999999999999999e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.573318  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2850  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.67 
 
 		 335 aa  505  9.999999999999999e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.77 
 
 		 335 aa  494  1e-139  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0592  capsular polysaccharide biosynthesis protein  66.67 
 
 		 334 aa  490  1e-137  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.07 
 
 		 333 aa  472  1e-132  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.165697  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.37 
 
 		 337 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3930  NAD-dependent epimerase/dehydratase  67.27 
 
 		 335 aa  467  9.999999999999999e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1467  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  66.57 
 
 		 336 aa  463  1e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2324  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.27 
 
 		 335 aa  462  1e-129  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3455  NAD-dependent epimerase/dehydratase  65.77 
 
 		 335 aa  454  1e-127  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0861  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.76 
 
 		 336 aa  454  1e-127  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2598  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.66 
 
 		 358 aa  451  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1011  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.37 
 
 		 335 aa  452  1.0000000000000001e-126  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01321  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  64.58 
 
 		 338 aa  450  1e-125  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.56 
 
 		 335 aa  450  1e-125  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0966  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.57 
 
 		 340 aa  450  1e-125  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.88 
 
 		 342 aa  450  1e-125  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.194967  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1510  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.96 
 
 		 341 aa  446  1.0000000000000001e-124  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2330  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.55 
 
 		 336 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000244593  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3735  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.26 
 
 		 337 aa  446  1.0000000000000001e-124  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.607722  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3403  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.86 
 
 		 336 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.18 
 
 		 336 aa  444  1.0000000000000001e-124  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2241  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  64.35 
 
 		 336 aa  443  1e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.47 
 
 		 337 aa  442  1e-123  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1182  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  63.17 
 
 		 337 aa  443  1e-123  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.46 
 
 		 335 aa  442  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.251302  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4071  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.16 
 
 		 336 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0418526  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2111  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.46 
 
 		 335 aa  439  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3879  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.55 
 
 		 327 aa  440  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0038  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.87 
 
 		 335 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.24 
 
 		 327 aa  439  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.506298  normal  0.263369 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2638  UDP-glucuronate 5'-epimerase  61.56 
 
 		 336 aa  437  1e-121  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0799  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.86 
 
 		 328 aa  436  1e-121  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0909  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  61.38 
 
 		 339 aa  435  1e-121  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1588  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.56 
 
 		 336 aa  434  1e-120  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2699  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  62.35 
 
 		 336 aa  433  1e-120  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1400  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  61.08 
 
 		 337 aa  431  1e-120  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.598011 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1106  capsular polysaccharide biosynthesis protein  60.78 
 
 		 334 aa  432  1e-120  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.58 
 
 		 335 aa  434  1e-120  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.293333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2235  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  67.27 
 
 		 334 aa  433  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.869767  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2449  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  60.48 
 
 		 336 aa  431  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0862725  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5106  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.66 
 
 		 331 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2048  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.96 
 
 		 335 aa  430  1e-119  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.1 
 
 		 337 aa  427  1e-119  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0796  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.52 
 
 		 344 aa  425  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2499  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.78 
 
 		 337 aa  426  1e-118  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0618  oligopeptide transporter OPT  60.06 
 
 		 335 aa  427  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1835  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.66 
 
 		 335 aa  424  1e-118  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120118 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5621  nucleotide sugar epimerase  61.21 
 
 		 338 aa  426  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.259916  normal  0.640067 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.48 
 
 		 337 aa  427  1e-118  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.681243  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3079  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.96 
 
 		 336 aa  423  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5065  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.98 
 
 		 330 aa  422  1e-117  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1509  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.59 
 
 		 336 aa  424  1e-117  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1087  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.48 
 
 		 330 aa  422  1e-117  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2678  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.86 
 
 		 335 aa  422  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000277993  hitchhiker  0.00000000000000308835 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3805  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.14 
 
 		 336 aa  423  1e-117  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.758145 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0468  glutamyl-tRNA synthetase (glutamate--tRNA ligase; GluRS)  58.45 
 
 		 352 aa  421  1e-116  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.208737  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1074  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.48 
 
 		 339 aa  418  1e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.626876  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0033  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  60.9 
 
 		 365 aa  419  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60 
 
 		 338 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0401  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.21 
 
 		 336 aa  420  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0025  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.01 
 
 		 338 aa  418  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.730827  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0618  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.24 
 
 		 341 aa  419  1e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.300865  normal  0.221889 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2116  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.86 
 
 		 335 aa  420  1e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.21 
 
 		 336 aa  419  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.16 
 
 		 346 aa  417  9.999999999999999e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0492299  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.03 
 
 		 338 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3039  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.26 
 
 		 335 aa  414  1e-114  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.179561  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2847  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.76 
 
 		 324 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102669 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5586  capsular polysaccharide biosynthesis protein  57.96 
 
 		 332 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.851116  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4436  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.73 
 
 		 324 aa  410  1e-113  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  55.87 
 
 		 352 aa  407  1.0000000000000001e-112  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.216313  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.79 
 
 		 324 aa  405  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1302  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.88 
 
 		 339 aa  404  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.66 
 
 		 327 aa  401  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.547312 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0232  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.48 
 
 		 324 aa  403  1e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.48 
 
 		 324 aa  401  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0152558  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0191  putative nucleotide sugar epimerase  58.56 
 
 		 339 aa  398  9.999999999999999e-111  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.068357  normal  0.128971 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0894  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.46 
 
 		 349 aa  399  9.999999999999999e-111  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1396  WbnF  55.46 
 
 		 352 aa  398  9.999999999999999e-111  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.508073  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25381  putative nucleotide sugar epimerase  59.76 
 
 		 340 aa  399  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.785313 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0223  putative nucleotide sugar epimerase  60.18 
 
 		 340 aa  397  1e-109  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.57 
 
 		 353 aa  392  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1792  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.59 
 
 		 353 aa  392  1e-108  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0609  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  57.23 
 
 		 337 aa  394  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0982  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.92 
 
 		 357 aa  393  1e-108  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000156201 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.23 
 
 		 337 aa  394  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0897  hypothetical protein  56.97 
 
 		 337 aa  393  1e-108  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0859871  hitchhiker  0.00490701 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  56.76 
 
 		 333 aa  389  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0803132  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>