173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3570 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1363  spermine synthase  79.55 
 
 		 819 aa  1243    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.871378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3570  spermine synthase  100 
 
 		 803 aa  1620    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.960569 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5606  Spermine synthase  39.34 
 
 		 758 aa  472  1.0000000000000001e-131  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1825  spermine synthase  28.72 
 
 		 991 aa  240  8e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3062  spermine synthase  29.67 
 
 		 983 aa  233  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3160  Spermine synthase  29.46 
 
 		 982 aa  229  2e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.687582  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2502  spermine/spermidine synthase family protein  27.04 
 
 		 1017 aa  206  2e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2756  Spermine synthase  29.14 
 
 		 1078 aa  198  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2661  Spermine synthase  28.21 
 
 		 1078 aa  193  1e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.530948  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1209  hypothetical protein  29.02 
 
 		 1079 aa  191  5e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.494717  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2892  spermine synthase  26.55 
 
 		 876 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.417277  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4527  Spermine synthase  26.05 
 
 		 844 aa  179  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0178868 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3618  spermine synthase  26.24 
 
 		 835 aa  179  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0266  Spermine synthase  24.93 
 
 		 749 aa  177  8e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2131  spermine/spermidine synthase family transmembrane protein  27.12 
 
 		 830 aa  167  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355306  normal  0.0157921 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3050  spermine synthase  26.7 
 
 		 842 aa  160  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0785  putative spermidine synthase  28.63 
 
 		 759 aa  156  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0583  spermine synthase  26.24 
 
 		 837 aa  155  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0540  Spermine synthase  25.34 
 
 		 782 aa  140  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0517  spermine synthase  27.84 
 
 		 836 aa  127  8.000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1296  putative spermine/spermidine synthase family protein  25.93 
 
 		 875 aa  125  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2535  putative spermidine synthase  33.03 
 
 		 765 aa  103  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00118236 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1613  spermine synthase  25.65 
 
 		 753 aa  94.4  8e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0627097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1032  spermine synthase  31.75 
 
 		 1040 aa  90.5  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.251228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2651  putative spermidine synthase  27.13 
 
 		 765 aa  86.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2119  spermine synthase  30.82 
 
 		 903 aa  75.1  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0594434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0120  spermidine synthase  26.26 
 
 		 304 aa  69.7  0.0000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.14036  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0570  spermidine synthase  25.78 
 
 		 302 aa  68.2  0.0000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.758892  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1994  spermidine synthase  26.79 
 
 		 757 aa  67.8  0.0000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0277  spermidine synthase  25.58 
 
 		 296 aa  62.8  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.173175  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0275  spermidine synthase  25.58 
 
 		 293 aa  62.8  0.00000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0154876  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4785  spermidine synthase  22.45 
 
 		 527 aa  62  0.00000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42690  spermidine synthase  28.57 
 
 		 286 aa  61.6  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0905  Spermine synthase  33.87 
 
 		 805 aa  60.8  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0140843 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04883  putative integral membrane protein  29.38 
 
 		 494 aa  60.8  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1565  Spermine synthase  30.53 
 
 		 312 aa  60.5  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.673187  normal  0.0572452 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0206  spermidine synthase  29.53 
 
 		 277 aa  60.1  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1561  Spermine synthase  26.56 
 
 		 502 aa  60.8  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.298841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0602  spermidine synthase  23.84 
 
 		 279 aa  60.8  0.0000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1732  spermidine synthase  27.89 
 
 		 291 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1979  spermidine synthase  25.95 
 
 		 275 aa  59.7  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000450983  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3584  spermidine synthase  28.57 
 
 		 286 aa  60.1  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1326  spermidine synthase  25.58 
 
 		 295 aa  60.1  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4321  hypothetical protein  28.92 
 
 		 220 aa  59.3  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2138  hypothetical protein  23.13 
 
 		 533 aa  58.9  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0641622  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0936  Spermine synthase  22.82 
 
 		 516 aa  58.2  0.0000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0701  Spermine synthase  26.09 
 
 		 533 aa  57.4  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_55177  spermine/spermidine synthase  23.66 
 
 		 299 aa  56.6  0.000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0111  spermidine synthase  21.02 
 
 		 498 aa  55.5  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.5367  normal  0.241238 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1569  spermidine synthase  22.52 
 
 		 508 aa  55.8  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0772  spermine synthase / spermidine synthase  27.11 
 
 		 289 aa  55.8  0.000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0284  spermine synthase  25.64 
 
 		 289 aa  56.2  0.000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.774661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0155  spermidine synthase  27.13 
 
 		 276 aa  55.5  0.000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.164944  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3243  hypothetical protein  27.32 
 
 		 974 aa  55.5  0.000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.870194  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0896  spermidine synthase  22.71 
 
 		 279 aa  55.5  0.000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1816  spermidine synthase  26.7 
 
 		 283 aa  55.1  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.150426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0668  spermidine synthase  26.72 
 
 		 273 aa  55.1  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.672197  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1882  spermidine synthase  23.43 
 
 		 520 aa  54.7  0.000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.710411  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1332  spermine synthase  29.84 
 
 		 490 aa  54.7  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.020389 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1928  spermidine synthase  23.43 
 
 		 520 aa  54.7  0.000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.259816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4736  spermidine synthase  23.4 
 
 		 521 aa  54.7  0.000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1395  Spermine synthase  27.74 
 
 		 285 aa  54.7  0.000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1580  spermidine synthase  22.9 
 
 		 277 aa  54.3  0.000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1312  spermine synthase  25.75 
 
 		 291 aa  53.9  0.00001  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.690465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2884  spermidine synthase  28.79 
 
 		 292 aa  53.1  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1862  spermidine synthase  23.43 
 
 		 520 aa  53.5  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.672582  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3461  spermidine synthase  23.72 
 
 		 278 aa  52.8  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1086  spermidine synthase  20.8 
 
 		 280 aa  53.1  0.00002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1382  spermine synthase  29.1 
 
 		 305 aa  52.4  0.00004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00501465  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1858  Spermine synthase  27.81 
 
 		 314 aa  52.4  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.252885  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3351  spermidine synthase  23.08 
 
 		 275 aa  52  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000337487  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1417  spermidine synthase  23.31 
 
 		 288 aa  52  0.00004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1314  spermidine synthase  25.95 
 
 		 278 aa  51.6  0.00005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3503  Spermine synthase  26.27 
 
 		 520 aa  51.2  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.389459  normal  0.637875 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0239  spermine synthase  26.95 
 
 		 291 aa  51.2  0.00007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.435342 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1825  spermidine synthase  20.8 
 
 		 280 aa  51.2  0.00007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_40259  predicted protein  24.14 
 
 		 316 aa  51.2  0.00008  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0644688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0669  spermidine synthase  25.19 
 
 		 289 aa  51.2  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000146027  normal  0.395519 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2055  spermidine synthase  24.83 
 
 		 286 aa  50.4  0.0001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0182  spermidine synthase  25.19 
 
 		 286 aa  50.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1864  spermidine synthase  24.83 
 
 		 286 aa  50.8  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0174037  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23820  spermidine synthase  25.76 
 
 		 286 aa  50.4  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0185  spermidine synthase  25.19 
 
 		 286 aa  50.1  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.506874 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2794  spermidine synthase  26.36 
 
 		 279 aa  50.4  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.401374  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4694  spermidine synthase  24.68 
 
 		 522 aa  50.8  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1107  spermidine synthase  26.55 
 
 		 326 aa  50.8  0.0001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2546  spermidine synthase  23.36 
 
 		 291 aa  49.7  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0198  spermidine synthase  25.19 
 
 		 286 aa  50.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3170  spermidine synthase  22.19 
 
 		 529 aa  50.1  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0139391  normal  0.072114 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0181  spermidine synthase  25.19 
 
 		 286 aa  50.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0831  spermidine synthase  22 
 
 		 280 aa  49.7  0.0002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0190  spermidine synthase  25.19 
 
 		 286 aa  50.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.241142  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00120  spermidine synthase  24.43 
 
 		 288 aa  49.3  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387054  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3481  spermidine synthase  24.43 
 
 		 288 aa  49.3  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00013489  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63120  hypothetical protein  23.49 
 
 		 349 aa  49.3  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00932566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0060  spermidine synthase  25 
 
 		 281 aa  49.3  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3538  spermidine synthase  24.43 
 
 		 288 aa  49.3  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00580941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0125  spermidine synthase  24.43 
 
 		 288 aa  49.3  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000567912  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0123  spermidine synthase  24.43 
 
 		 288 aa  49.3  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.705101  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00119  hypothetical protein  24.43 
 
 		 288 aa  49.3  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00179737  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>