More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3427 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3427  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 
223 aa  434  1e-121  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0598833  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1798  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  48.62 
 
 
224 aa  206  3e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.112724  normal  0.701218 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1297  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
222 aa  168  8e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0292  CRP/FNR family transcriptional regulator  41.12 
 
 
224 aa  144  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.210312  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2153  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  43.38 
 
 
216 aa  142  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0015242 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0252  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.09 
 
 
218 aa  138  8.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000185636  normal  0.131428 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
234 aa  129  5.0000000000000004e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2884  Crp/FNR family transcriptional regulator  42.61 
 
 
218 aa  126  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.161359  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.28 
 
 
228 aa  126  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  39.17 
 
 
228 aa  126  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
231 aa  126  3e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.33 
 
 
224 aa  124  9e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.39 
 
 
228 aa  124  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1491  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
224 aa  121  8e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413534  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
241 aa  118  7e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.14 
 
 
229 aa  118  7.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.64 
 
 
229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0851  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
229 aa  116  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0183246  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.41 
 
 
226 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
230 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.48 
 
 
228 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.03 
 
 
243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
236 aa  112  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  36.79 
 
 
225 aa  112  4.0000000000000004e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2102  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
226 aa  112  5e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000889631  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  32.11 
 
 
227 aa  112  5e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.64 
 
 
225 aa  111  7.000000000000001e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  34.4 
 
 
226 aa  111  9e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  34.88 
 
 
224 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  34.42 
 
 
226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.35 
 
 
224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  34.4 
 
 
225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3406  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.7 
 
 
227 aa  108  5e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.757412  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3468  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.7 
 
 
227 aa  108  6e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0993  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.49 
 
 
229 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.98476 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  35.35 
 
 
224 aa  106  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
224 aa  106  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  35.81 
 
 
224 aa  107  2e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.35 
 
 
224 aa  107  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.48 
 
 
225 aa  107  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
224 aa  107  2e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
224 aa  106  3e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
224 aa  105  4e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
224 aa  105  4e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
224 aa  105  4e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.18 
 
 
225 aa  105  5e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.35 
 
 
224 aa  105  6e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.04 
 
 
225 aa  105  8e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.68 
 
 
231 aa  103  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0700  CRP/FNR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
228 aa  102  4e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.259996 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2118  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 
227 aa  102  5e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.545546  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8903  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.68 
 
 
224 aa  101  8e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.55 
 
 
224 aa  101  9e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.18 
 
 
226 aa  101  9e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.25 
 
 
225 aa  101  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2644  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.97 
 
 
248 aa  100  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.446339  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
225 aa  100  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.42 
 
 
242 aa  99.8  3e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  30.52 
 
 
243 aa  99.4  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.27 
 
 
249 aa  99.4  4e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4388  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.16 
 
 
225 aa  99.4  4e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.7 
 
 
222 aa  99  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.26 
 
 
220 aa  98.6  7e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1279  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.48 
 
 
227 aa  98.2  8e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0123359  normal  0.583782 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  28.64 
 
 
225 aa  98.2  8e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  32.75 
 
 
225 aa  98.2  9e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
237 aa  97.8  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.7 
 
 
226 aa  97.4  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.19 
 
 
226 aa  97.1  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  29.52 
 
 
220 aa  96.3  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.8 
 
 
219 aa  96.3  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2478  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
249 aa  96.7  3e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.651433 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1250  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.16 
 
 
236 aa  95.9  5e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.403908  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.94 
 
 
226 aa  95.1  8e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1062  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.16 
 
 
236 aa  95.1  8e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0328  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.53 
 
 
246 aa  93.6  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0277272  normal  0.0570772 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0258  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.21 
 
 
222 aa  94  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0689  conserved hypothetical protein, putative transcriptional regulator  29.38 
 
 
200 aa  92.4  5e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.46 
 
 
230 aa  92.4  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4286  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
241 aa  91.7  8e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1691  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
232 aa  91.7  8e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00272653  normal  0.637065 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 
239 aa  91.3  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3629  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
263 aa  90.5  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.332638 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0303  cyclic nucleotide-binding domain protein  31.7 
 
 
236 aa  90.1  2e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.232206 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.36 
 
 
231 aa  90.5  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0906  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
238 aa  89.7  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
227 aa  89.7  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0060  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
234 aa  89.7  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.237094  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  31.53 
 
 
225 aa  89  5e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0303  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.41 
 
 
228 aa  89  6e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1101  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
246 aa  88.2  9e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  30.05 
 
 
222 aa  88.2  9e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  33.18 
 
 
225 aa  88.2  9e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  32.13 
 
 
239 aa  87.4  1e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
232 aa  87.8  1e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.48 
 
 
236 aa  86.7  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.72 
 
 
225 aa  87.4  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1169  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
227 aa  86.7  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303416  normal  0.0506186 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2706  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
228 aa  87  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.62 
 
 
224 aa  86.3  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>