More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4303 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4303  histone deacetylase superfamily protein  100 
 
 		 309 aa  635    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.490284  normal  0.261711 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4458  histone deacetylase superfamily protein  96.12 
 
 		 309 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0695577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1024  histone deacetylase superfamily  91.26 
 
 		 309 aa  590  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.448612  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1151  histone deacetylase superfamily protein  79.29 
 
 		 309 aa  512  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2481  putative deacetylase  72.17 
 
 		 309 aa  489  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0780  histone deacetylase superfamily protein  72.82 
 
 		 309 aa  476  1e-133  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0635  histone deacetylase superfamily protein  71.52 
 
 		 309 aa  473  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.745651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0388  histone deacetylase superfamily protein  62.99 
 
 		 309 aa  410  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.621071 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1875  histone deacetylase superfamily  60.39 
 
 		 309 aa  395  1e-109  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.184151  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1155  histone deacetylase superfamily protein  59.93 
 
 		 323 aa  378  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.60064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2993  histone deacetylase superfamily protein  59.42 
 
 		 328 aa  378  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3179  histone deacetylase superfamily  59.42 
 
 		 325 aa  378  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3218  histone deacetylase superfamily  59.74 
 
 		 309 aa  379  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.22285  normal  0.410643 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2753  histone deacetylase superfamily protein  60.06 
 
 		 309 aa  367  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.277237  normal  0.113351 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0496  histone deacetylase superfamily protein  57.33 
 
 		 309 aa  367  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0732  histone deacetylase superfamily protein  57.33 
 
 		 308 aa  352  5e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0611  histone deacetylase superfamily  53.72 
 
 		 311 aa  346  3e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0946  histone deacetylase superfamily protein  55.02 
 
 		 348 aa  344  8.999999999999999e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0999  deacetylase  53.72 
 
 		 311 aa  343  2e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0570  histone deacetylase superfamily  52.43 
 
 		 311 aa  342  4e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.22937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0091  histone deacetylase superfamily protein  53.27 
 
 		 307 aa  337  9.999999999999999e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.827237 
 
 
-
 
NC_004310  BR0430  histone deacetylase family protein  53.97 
 
 		 337 aa  331  1e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0541  histone deacetylase superfamily protein  52.7 
 
 		 316 aa  329  3e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0844  histone deacetylase superfamily  52.92 
 
 		 309 aa  329  4e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.548936 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0989  histone deacetylase superfamily protein  53.61 
 
 		 326 aa  328  6e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0437  histone deacetylase family protein  53.65 
 
 		 316 aa  327  1.0000000000000001e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2616  histone deacetylase superfamily protein  53.75 
 
 		 309 aa  325  7e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3297  histone deacetylase family protein  51.78 
 
 		 313 aa  323  2e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2789  histone deacetylase superfamily protein  53.75 
 
 		 307 aa  317  1e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.403843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1137  histone deacetylase family protein  53.09 
 
 		 307 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2798  histone deacetylase superfamily protein  53.09 
 
 		 324 aa  316  3e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2923  histone deacetylase superfamily protein  49.51 
 
 		 308 aa  315  4e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.498273 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0778  histone deacetylase superfamily protein  55.05 
 
 		 309 aa  312  4.999999999999999e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.132224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5804  histone deacetylase superfamily protein  53.09 
 
 		 315 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.365459  normal  0.341823 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4605  histone deacetylase superfamily protein  52.61 
 
 		 314 aa  306  3e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1308  histone deacetylase superfamily  51.45 
 
 		 347 aa  298  8e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1200  histone deacetylase superfamily protein  51.95 
 
 		 309 aa  294  2e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0335  histone deacetylase superfamily protein  49.51 
 
 		 307 aa  289  4e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0510  histone deacetylase superfamily protein  47.88 
 
 		 306 aa  288  9e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2516  histone deacetylase superfamily protein  45.75 
 
 		 321 aa  281  1e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0900829  normal  0.296848 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2486  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  50.16 
 
 		 310 aa  279  4e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0952  histone deacetylase superfamily protein  49.19 
 
 		 307 aa  279  5e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0823921  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0640  histone deacetylase superfamily protein  44.16 
 
 		 307 aa  273  2.0000000000000002e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0425739 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0397  histone deacetylase superfamily protein  47.37 
 
 		 319 aa  271  1e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3008  Histone deacetylase  47.06 
 
 		 308 aa  268  7e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0354167  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1558  histone deacetylase superfamily protein  47.25 
 
 		 314 aa  268  8.999999999999999e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.643913  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1220  histone deacetylase superfamily protein  44.44 
 
 		 317 aa  262  4.999999999999999e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.354736  normal  0.0941624 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0855  histone deacetylase superfamily protein  43.18 
 
 		 306 aa  259  4e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2934  histone deacetylase family protein  47.25 
 
 		 307 aa  259  6e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0213  histone deacetylase family protein  47.25 
 
 		 307 aa  259  6e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2872  histone deacetylase family protein  47.25 
 
 		 307 aa  259  6e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.190592  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0416  histone deacetylase family protein  47.25 
 
 		 307 aa  259  6e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2982  histone deacetylase family protein  47.25 
 
 		 307 aa  258  6e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1648  histone deacetylase family protein  47.25 
 
 		 307 aa  258  6e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.406778  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0756  histone deacetylase superfamily protein  46.91 
 
 		 307 aa  258  6e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0936  histone deacetylase family protein  47.25 
 
 		 307 aa  259  6e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2560  histone deacetylase family protein  47.25 
 
 		 307 aa  259  6e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0057  histone deacetylase superfamily protein  43.87 
 
 		 308 aa  258  8e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.620754  normal  0.137866 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2503  histone deacetylase superfamily protein  43.32 
 
 		 308 aa  258  1e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1905  histone deacetylase superfamily protein  43.04 
 
 		 312 aa  258  1e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1476  histone deacetylase superfamily protein  44.34 
 
 		 307 aa  256  3e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.436214  normal  0.364448 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1360  Histone deacetylase  47.06 
 
 		 307 aa  255  6e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230539 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2991  histone deacetylase superfamily  45.95 
 
 		 307 aa  255  8e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.69876  hitchhiker  0.00123553 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0992  putative histone deacetylase-family protein  46.28 
 
 		 334 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1016  histone deacetylase superfamily protein  47.25 
 
 		 307 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0937  histone deacetylase superfamily protein  46.93 
 
 		 307 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0933  histone deacetylase superfamily protein  46.93 
 
 		 307 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4170  histone deacetylase superfamily protein  46.6 
 
 		 307 aa  249  6e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0578  histone deacetylase superfamily protein  46.93 
 
 		 307 aa  248  7e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.522993  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1057  histone deacetylase superfamily protein  46.93 
 
 		 307 aa  248  7e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1749  histone deacetylase superfamily protein  42.21 
 
 		 305 aa  248  1e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2247  histone deacetylase superfamily protein  46.28 
 
 		 307 aa  246  4e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0860  histone deacetylase superfamily  45.28 
 
 		 307 aa  246  4e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.684405  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3064  histone deacetylase superfamily  43.87 
 
 		 308 aa  245  6e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0789  histone deacetylase superfamily  45.28 
 
 		 307 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.384272 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3145  histone deacetylase superfamily protein  46.03 
 
 		 317 aa  243  3e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.110669 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2697  histone deacetylase superfamily protein  44.05 
 
 		 307 aa  243  3.9999999999999997e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.458585  normal  0.350304 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0919  hypothetical protein  45.28 
 
 		 307 aa  242  6e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.457278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2025  histone deacetylase family protein  47.88 
 
 		 307 aa  242  7e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3319  histone deacetylase superfamily protein  47.23 
 
 		 306 aa  239  4e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0733  histone deacetylase superfamily protein  46.13 
 
 		 307 aa  238  5.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.780439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2302  histone deacetylase superfamily  44.59 
 
 		 319 aa  237  2e-61  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2813  histone deacetylase superfamily protein  44.59 
 
 		 319 aa  236  3e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.573371  normal  0.411949 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1246  putative histone deacetylase-family protein  44.73 
 
 		 313 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0489566  normal  0.18397 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1514  putative histone deacetylase-family protein  43.37 
 
 		 334 aa  235  6e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.14124  normal  0.292905 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1655  histone deacetylase family protein  43.48 
 
 		 317 aa  233  3e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2164  histone deacetylase superfamily protein  43.31 
 
 		 318 aa  232  7.000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4443  histone deacetylase superfamily protein  41.06 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210835  normal  0.823717 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1863  Histone deacetylase  40.84 
 
 		 310 aa  230  2e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.187886  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2911  histone deacetylase superfamily protein  42.49 
 
 		 311 aa  229  4e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.363105 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3190  histone deacetylase superfamily protein  42.42 
 
 		 344 aa  229  4e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00186  Histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  41.35 
 
 		 326 aa  229  4e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1947  histone deacetylase superfamily  40.45 
 
 		 343 aa  229  6e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2528  histone deacetylase superfamily protein  43.31 
 
 		 315 aa  228  7e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2387  histone deacetylase superfamily protein  42.99 
 
 		 317 aa  228  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0936  histone deacetylase superfamily protein  41.53 
 
 		 316 aa  226  3e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0534  histone deacetylase  41.89 
 
 		 304 aa  224  1e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0672  histone deacetylase superfamily  47.71 
 
 		 312 aa  223  3e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0541472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3536  histone deacetylase superfamily  40.2 
 
 		 306 aa  222  7e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00589437 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0772  histone deacetylase superfamily  42.52 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>