More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3188 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 301 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  81.94 
 
 		 302 aa  500  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 299 aa  297  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 308 aa  287  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0660  transcriptional regulator, LysR family  46.49 
 
 		 299 aa  284  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 298 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4682  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 296 aa  278  8e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 301 aa  277  1e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 298 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1345  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 296 aa  275  7e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 298 aa  272  6e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 298 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3226  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 		 307 aa  269  5e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4490  LysR substrate-binding  49.83 
 
 		 301 aa  268  1e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 		 298 aa  267  1e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5566  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 316 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0372777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3317  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 317 aa  259  4e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.360288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5006  transcriptional regulator, LysR family  47.83 
 
 		 302 aa  258  6e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.396186  normal  0.238129 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3941  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 299 aa  257  2e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3328  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 		 296 aa  256  3e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.317513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8514  transcriptional regulator, LysR family  47.46 
 
 		 302 aa  254  8e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.700949  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2765  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 302 aa  253  2.0000000000000002e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3429  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 312 aa  253  3e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000310427 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 303 aa  248  9e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 310 aa  247  2e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4728  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 299 aa  245  6e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.1699  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1525  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 313 aa  244  9.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4126  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 301 aa  241  1e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0971  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 309 aa  240  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.800707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 298 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 300 aa  235  6e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  43.58 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6433  transcriptional regulator, LysR family  42.28 
 
 		 304 aa  228  8e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 322 aa  217  1e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2123  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 319 aa  218  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6536  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.268886 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 342 aa  216  4e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0583  transcriptional regulator, LysR family  44.25 
 
 		 319 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 301 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5003  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 320 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.104445 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  38.72 
 
 		 303 aa  212  4.9999999999999996e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3912  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 315 aa  210  2e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 299 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  41.32 
 
 		 305 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2089  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 307 aa  209  3e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1793  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 304 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 334 aa  209  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 289 aa  209  6e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 334 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 334 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 334 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1056  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0083  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 300 aa  206  3e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.670509  normal  0.78955 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3225  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 296 aa  206  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 295 aa  206  5e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0909  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 308 aa  205  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.984815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7100  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 294 aa  205  9e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 334 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5569  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0364819 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1521  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 299 aa  202  5e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4867  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 308 aa  202  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0579  transcriptional regulator, LysR family  44.25 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 334 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 334 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 334 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 334 aa  199  6e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 334 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 334 aa  199  6e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 334 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0820  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 311 aa  196  3e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1975  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.718981  normal  0.0815311 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6852  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.960415 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 301 aa  193  4e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  35.69 
 
 		 289 aa  192  5e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 313 aa  191  9e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5526  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 317 aa  192  9e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.77187 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 300 aa  191  9e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0801  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 288 aa  191  1e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2351  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0828194 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  37.41 
 
 		 289 aa  191  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 310 aa  190  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1083  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 338 aa  189  4e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 334 aa  189  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.96 
 
 		 289 aa  189  5.999999999999999e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  35.52 
 
 		 290 aa  188  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  187  1e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>