156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_0913 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_0913  pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 		 417 aa  858    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1502  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  94.02 
 
 		 414 aa  811    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1716  carboxynorspermidine decarboxylase  72.11 
 
 		 379 aa  585  1e-166  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1381  carboxynorspermidine decarboxylase  57.79 
 
 		 365 aa  464  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000914545  normal  0.67918 
 
 
-
 
NC_004310  BR0334  carboxynorspermidine decarboxylase  57.54 
 
 		 365 aa  456  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.47731  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5843  carboxynorspermidine decarboxylase  57.79 
 
 		 365 aa  456  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.883697  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0437  carboxynorspermidine decarboxylase  57.29 
 
 		 389 aa  457  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.378018  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0351  carboxynorspermidine decarboxylase  57.79 
 
 		 365 aa  457  1e-127  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4156  carboxynorspermidine decarboxylase  57.79 
 
 		 365 aa  453  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0736127  normal  0.854388 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2956  carboxynorspermidine decarboxylase  56.28 
 
 		 368 aa  436  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.64779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0029  carboxynorspermidine decarboxylase  55.03 
 
 		 365 aa  436  1e-121  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0987  carboxynorspermidine decarboxylase  54.77 
 
 		 365 aa  437  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.728912  hitchhiker  0.0000164001 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2929  carboxynorspermidine decarboxylase  54.02 
 
 		 365 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2126  carboxynorspermidine decarboxylase  53.77 
 
 		 365 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.934479  normal  0.236457 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2843  carboxynorspermidine decarboxylase  53.77 
 
 		 365 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.239369 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2763  carboxynorspermidine decarboxylase  54.02 
 
 		 365 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.327061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2883  carboxynorspermidine decarboxylase  55.53 
 
 		 365 aa  423  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1474  putative carboxynorspermidine decarboxylase protein  54.02 
 
 		 365 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0125  carboxynorspermidine decarboxylase  54.02 
 
 		 365 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.416541 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2136  carboxynorspermidine decarboxylase  48.74 
 
 		 381 aa  358  9.999999999999999e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0231313  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2290  carboxynorspermidine decarboxylase  46.35 
 
 		 376 aa  339  5e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1230  carboxynorspermidine decarboxylase  44.72 
 
 		 387 aa  336  3.9999999999999995e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000654114  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02739  hypothetical protein  45.98 
 
 		 377 aa  334  2e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003103  carboxynorspermidine decarboxylase putative  45.48 
 
 		 377 aa  333  4e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0984903  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6505  carboxynorspermidine decarboxylase  39.16 
 
 		 399 aa  272  7e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.136453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1921  carboxynorspermidine decarboxylase  38.06 
 
 		 378 aa  270  4e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.380806  hitchhiker  0.00337134 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1129  carboxynorspermidine decarboxylase  37.22 
 
 		 382 aa  266  2.9999999999999995e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1596  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.29 
 
 		 387 aa  262  6.999999999999999e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00157002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03352  Carboxynorspermidine decarboxylase  38.5 
 
 		 376 aa  259  5.0000000000000005e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.16649  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1317  carboxynorspermidine decarboxylase  36.13 
 
 		 408 aa  256  5e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1867  carboxynorspermidine decarboxylase  38.6 
 
 		 382 aa  252  7e-66  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1688  carboxynorspermidine decarboxylase  37.66 
 
 		 382 aa  251  2e-65  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0811745  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0573  carboxynorspermidine decarboxylase  35.12 
 
 		 391 aa  251  2e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2515  carboxynorspermidine decarboxylase  35.78 
 
 		 390 aa  251  2e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.721977  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1507  carboxynorspermidine decarboxylase  37.91 
 
 		 382 aa  250  3e-65  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1180  carboxynorspermidine decarboxylase  36.16 
 
 		 382 aa  249  9e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.477804  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0396  carboxynorspermidine decarboxylase  36.82 
 
 		 380 aa  248  1e-64  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.0000394285  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2538  carboxynorspermidine decarboxylase  34.98 
 
 		 400 aa  248  2e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1556  carboxynorspermidine decarboxylase  36.97 
 
 		 376 aa  247  3e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000119518  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2096  carboxynorspermidine decarboxylase  33.41 
 
 		 397 aa  247  3e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1308  carboxynorspermidine decarboxylase  35.56 
 
 		 384 aa  246  6.999999999999999e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000618886 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2141  carboxynorspermidine decarboxylase  37.06 
 
 		 379 aa  246  8e-64  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2319  carboxynorspermidine decarboxylase  35.38 
 
 		 389 aa  245  9e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0354  carboxynorspermidine decarboxylase  37.91 
 
 		 387 aa  243  3e-63  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.434135  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0747  carboxynorspermidine decarboxylase  35.4 
 
 		 375 aa  243  6e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2917  carboxynorspermidine decarboxylase  35.8 
 
 		 384 aa  242  7.999999999999999e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1532  carboxynorspermidine decarboxylase  35.46 
 
 		 405 aa  241  1e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1677  carboxynorspermidine decarboxylase  33.82 
 
 		 384 aa  241  2e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000607636  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0903  carboxynorspermidine decarboxylase  34.73 
 
 		 384 aa  239  9e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000370822 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0982  carboxynorspermidine decarboxylase  34.24 
 
 		 384 aa  239  9e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0124  carboxynorspermidine decarboxylase  34.93 
 
 		 406 aa  238  1e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3051  carboxynorspermidine decarboxylase  33.66 
 
 		 379 aa  231  2e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2609  carboxynorspermidine decarboxylase  34.77 
 
 		 392 aa  230  4e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0338  carboxynorspermidine decarboxylase  34.08 
 
 		 377 aa  224  2e-57  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3524  carboxynorspermidine decarboxylase  33.25 
 
 		 386 aa  224  3e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0118  carboxynorspermidine decarboxylase  34.05 
 
 		 408 aa  216  8e-55  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1657  carboxynorspermidine decarboxylase  32.92 
 
 		 400 aa  214  1.9999999999999998e-54  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.0238429 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1082  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.47 
 
 		 390 aa  214  1.9999999999999998e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.177671 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4441  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.74 
 
 		 390 aa  213  3.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1153  carboxynorspermidine decarboxylase  33.33 
 
 		 385 aa  213  5.999999999999999e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.214517  normal  0.177678 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2140  carboxynorspermidine decarboxylase  34.68 
 
 		 380 aa  211  3e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0152  carboxynorspermidine decarboxylase  31.31 
 
 		 378 aa  207  2e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1792  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.67 
 
 		 399 aa  208  2e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1198  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.85 
 
 		 390 aa  206  9e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2593  carboxynorspermidine decarboxylase  33 
 
 		 375 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2063  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  27.92 
 
 		 1110 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0795  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  28.64 
 
 		 1055 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1615  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  28.64 
 
 		 1058 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.374514  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0661  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  28.64 
 
 		 1086 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0479  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  28.64 
 
 		 1076 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.303637  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0550  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  28.64 
 
 		 1113 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1968  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein /carboxynorspermidine decarboxylase  28.64 
 
 		 1134 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.278028  n/a   
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_21592  diaminopimelate decarboxylase  23.98 
 
 		 481 aa  62  0.00000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1641  diaminopimelate decarboxylase  24.37 
 
 		 420 aa  54.3  0.000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0219  diaminopimelate decarboxylase  24.93 
 
 		 439 aa  53.5  0.000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000279526  hitchhiker  6.0222499999999995e-21 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  20.7 
 
 		 424 aa  53.5  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  25.61 
 
 		 445 aa  53.1  0.000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0029  ornithine decarboxylase  25 
 
 		 391 aa  53.1  0.000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  24.77 
 
 		 420 aa  53.1  0.000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  24.34 
 
 		 423 aa  52.4  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0037  ornithine decarboxylase  24.52 
 
 		 391 aa  51.6  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  23.66 
 
 		 421 aa  52.4  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  23.73 
 
 		 451 aa  51.2  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0485  diaminopimelate decarboxylase  25.34 
 
 		 420 aa  51.2  0.00003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3033  Diaminopimelate decarboxylase  24.44 
 
 		 439 aa  51.6  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000267  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0791  diaminopimelate decarboxylase  26.58 
 
 		 466 aa  51.6  0.00003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08531  diaminopimelate decarboxylase  22.74 
 
 		 406 aa  50.8  0.00004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0396  diaminopimelate decarboxylase  25.86 
 
 		 425 aa  50.4  0.00006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0943424  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  24.82 
 
 		 415 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  26.85 
 
 		 445 aa  50.1  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0541  diaminopimelate decarboxylase  23.9 
 
 		 391 aa  50.1  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0699456  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1995  diaminopimelate decarboxylase  23.47 
 
 		 439 aa  50.1  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000281435  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0908  ornithine decarboxylase  22.93 
 
 		 387 aa  49.7  0.00009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0864  ornithine decarboxylase  22.93 
 
 		 371 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  24.88 
 
 		 415 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0894  ornithine decarboxylase  22.93 
 
 		 387 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.199626 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  21.43 
 
 		 394 aa  49.3  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3289  diaminopimelate decarboxylase  19.9 
 
 		 410 aa  48.5  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.721852 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3507  ornithine decarboxylase  23.41 
 
 		 391 aa  48.9  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00021864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0445  ornithine decarboxylase  23.41 
 
 		 391 aa  48.9  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00713541  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>