More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3545 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 374 aa  753    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  99.2 
 
 		 374 aa  748    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  93.58 
 
 		 374 aa  649    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  38.05 
 
 		 329 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  38.86 
 
 		 317 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  36.99 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  35.46 
 
 		 335 aa  125  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  37.96 
 
 		 321 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.72 
 
 		 171 aa  123  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  35.29 
 
 		 311 aa  123  6e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  36.92 
 
 		 334 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  36.62 
 
 		 314 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  42.94 
 
 		 176 aa  114  3e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  36.94 
 
 		 377 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  38.54 
 
 		 320 aa  113  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  39.88 
 
 		 173 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  38.12 
 
 		 320 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  37.55 
 
 		 324 aa  111  3e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  38.75 
 
 		 159 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  38.54 
 
 		 324 aa  110  5e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  36.47 
 
 		 316 aa  109  7.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  33.98 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40220  Anti-sigma factor protein, FecR family  34.04 
 
 		 264 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  39.39 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  33.33 
 
 		 319 aa  108  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  33.92 
 
 		 338 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  32.9 
 
 		 330 aa  107  3e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  36.14 
 
 		 166 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  35.58 
 
 		 334 aa  105  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  33.48 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  35.35 
 
 		 274 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  35 
 
 		 328 aa  104  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  32.75 
 
 		 357 aa  104  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  33.5 
 
 		 325 aa  104  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  35.61 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1106  FecR protein  32.91 
 
 		 321 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2674  putative FecR  35.51 
 
 		 318 aa  103  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  32.34 
 
 		 319 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  31.7 
 
 		 318 aa  103  5e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20000  putative transmembrane sensor  32.66 
 
 		 328 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  33.18 
 
 		 313 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  35.32 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1285  regulatory protein, putative  31.67 
 
 		 301 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1412  anti-FecI sigma factor, FecR  32.86 
 
 		 317 aa  100  3e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  34.69 
 
 		 307 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  33.12 
 
 		 234 aa  100  5e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  29.97 
 
 		 440 aa  100  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  35.89 
 
 		 320 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 		 158 aa  99.8  8e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1718  putative transmembrane sensor  33.02 
 
 		 329 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  36 
 
 		 268 aa  99  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2066  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 		 324 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  38.16 
 
 		 178 aa  99  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  30.62 
 
 		 336 aa  98.2  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  32.58 
 
 		 326 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  41.51 
 
 		 214 aa  98.6  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  26.81 
 
 		 444 aa  98.2  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.468182  normal  0.167582 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4274  FecR protein  33.18 
 
 		 324 aa  97.8  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  35.44 
 
 		 160 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  33.08 
 
 		 327 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  35.64 
 
 		 320 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  33.51 
 
 		 320 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  35.43 
 
 		 280 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4120  putative FecR  33.18 
 
 		 324 aa  97.4  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  32.08 
 
 		 337 aa  96.7  5e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  40.26 
 
 		 171 aa  97.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  34.58 
 
 		 329 aa  96.3  7e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.73 
 
 		 165 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0857  anti-FecI sigma factor, FecR  34.42 
 
 		 328 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.407643  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.57 
 
 		 161 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  36.65 
 
 		 159 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  35.71 
 
 		 166 aa  95.5  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  37.59 
 
 		 172 aa  95.9  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  32.46 
 
 		 327 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0884  putative FecR  36.1 
 
 		 318 aa  95.5  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  36.08 
 
 		 158 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1989  anti-FecI sigma factor, FecR  33.16 
 
 		 344 aa  95.1  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  31.72 
 
 		 320 aa  94.7  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4466  anti-FecI sigma factor, FecR  35.2 
 
 		 326 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  27.65 
 
 		 350 aa  94.4  3e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2727  anti-FecI sigma factor, FecR  32.34 
 
 		 325 aa  94.4  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2233  putative FecR  31.71 
 
 		 327 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.761744  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4607  anti-FecI sigma factor, FecR  35.53 
 
 		 326 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  34.39 
 
 		 158 aa  94  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  33.33 
 
 		 320 aa  93.6  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.88 
 
 		 165 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  33.67 
 
 		 333 aa  93.2  7e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  34.95 
 
 		 329 aa  93.2  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1815  anti-FecI sigma factor, FecR  29.74 
 
 		 317 aa  92.8  8e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  34.78 
 
 		 328 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  34.1 
 
 		 327 aa  92.8  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  35.62 
 
 		 158 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0694  anti-FecI sigma factor, FecR  36.41 
 
 		 318 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  31.71 
 
 		 165 aa  92.8  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  37.13 
 
 		 175 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  27.54 
 
 		 351 aa  92.4  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  34.95 
 
 		 320 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.58 
 
 		 162 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  38.78 
 
 		 151 aa  91.7  2e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.97 
 
 		 175 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>