More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3281 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 
307 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40930  Anti-sigma factor protein, FecR family  50.16 
 
 
311 aa  251  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.868078  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  45.54 
 
 
317 aa  237  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3323  anti-FecI sigma factor, FecR  48.22 
 
 
315 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  45.07 
 
 
317 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1586  anti-FecI sigma factor, FecR  43.14 
 
 
311 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546792  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2771  transmembrane sensor  45.02 
 
 
332 aa  225  6e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  44.63 
 
 
313 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  44.27 
 
 
328 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3665  anti-FecI sigma factor, FecR  43.14 
 
 
311 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.234972 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5894  anti-FecI sigma factor, FecR  44.16 
 
 
353 aa  222  6e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21540  Anti-sigma factor, FecR family  46.75 
 
 
317 aa  217  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28980  Fe2+-dicitrate sensor  45.7 
 
 
316 aa  217  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000419388 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  41.16 
 
 
326 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4503  putative FecR  45.13 
 
 
328 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0323465  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0873  anti-FecI sigma factor, FecR  42.43 
 
 
313 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  40 
 
 
327 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3562  anti-FecI sigma factor, FecR  40.58 
 
 
323 aa  210  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.252432  normal  0.0132448 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  42.67 
 
 
316 aa  209  7e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  42.02 
 
 
320 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3272  anti-FecI sigma factor, FecR  43.57 
 
 
327 aa  206  5e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.104014  normal  0.0390784 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0878  putative FecR  44.63 
 
 
330 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1360  putative FecR  44.63 
 
 
330 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.690627  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3373  putative transmembrane sensor  43 
 
 
316 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.15441  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47180  Anti-sigma factor, FecR family  43.23 
 
 
313 aa  200  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.735537  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  40.97 
 
 
320 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5130  putative FecR  42.36 
 
 
318 aa  198  9e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.293737  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4193  anti-FecI sigma factor, FecR  38.83 
 
 
329 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.980346  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5891  anti-FecI sigma factor, FecR  40.71 
 
 
327 aa  197  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914486 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3327  anti-FecI sigma factor, FecR  42.17 
 
 
327 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4595  anti-FecI sigma factor, FecR  43.14 
 
 
308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5452  putative FecR  43.14 
 
 
321 aa  197  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1382  FecR family protein  42.44 
 
 
334 aa  197  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00451744  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4498  anti FecI sigma factor, regulatory protein iron uptake  41.67 
 
 
328 aa  196  3e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0023667  normal  0.0499598 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0445  regulatory protein, putative  40.58 
 
 
330 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.563383  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1208  regulatory protein, putative  39.67 
 
 
325 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3269  anti-FecI sigma factor, FecR  42.59 
 
 
336 aa  196  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  hitchhiker  0.00253082 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0180  anti-FecI sigma factor, FecR  40 
 
 
318 aa  195  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.282303 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1039  FecR protein  41.31 
 
 
325 aa  195  9e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.278865 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  37.86 
 
 
319 aa  195  1e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  38.22 
 
 
325 aa  193  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4851  anti-FecI sigma factor, FecR  42.02 
 
 
318 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4869  fec operon regulator FecR  39.67 
 
 
317 aa  193  4e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04158  transmembrane signal transducer for ferric citrate transport  39.67 
 
 
317 aa  192  5e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3708  anti-FecI sigma factor, FecR  39.67 
 
 
317 aa  192  5e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.142917  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04121  hypothetical protein  39.67 
 
 
317 aa  192  5e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0744  fec operon regulator FecR  40.39 
 
 
317 aa  192  6e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.117429  normal  0.426183 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0161  anti-FecI sigma factor, FecR  39.48 
 
 
318 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.39146  hitchhiker  0.0000661034 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  40.58 
 
 
327 aa  192  8e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0179  anti-FecI sigma factor, FecR  39.03 
 
 
318 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.424869  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3085  transmembrane sensor, putative  40.32 
 
 
321 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4612  FecR protein, putative  40.91 
 
 
308 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3275  anti-FecI sigma factor, FecR  41.37 
 
 
327 aa  189  4e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0559044 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01110  Anti-sigma factor, FecR family  39.43 
 
 
313 aa  189  5.999999999999999e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1934  anti-FecI sigma factor, FecR  42.86 
 
 
328 aa  188  8e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0227277 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4000  FecR-like transmembrane sensor, Fe2+-dicitrate sensor  39.41 
 
 
314 aa  188  9e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0775508  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0019  FecR family protein  40.63 
 
 
334 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32658  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1421  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  40.63 
 
 
334 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.133192  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0122  putative FecR  37.34 
 
 
333 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.818445  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5188  putative FecR  42.02 
 
 
323 aa  187  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1508  sigma factor regulatory protein FecR/PupR family  40.32 
 
 
334 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.392411  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  36.93 
 
 
320 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0668  transmembrane sensor, putative  40.38 
 
 
321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0377  anti-FecI sigma factor, FecR  39.94 
 
 
318 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.435624  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0351  anti-FecI sigma factor, FecR  39.94 
 
 
318 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547847  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2066  anti-FecI sigma factor, FecR  40.19 
 
 
324 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0379  anti-FecI sigma factor, FecR  40 
 
 
318 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45013  normal  0.45289 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0694  anti-FecI sigma factor, FecR  40.4 
 
 
318 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957328  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1181  FecR family protein  41.64 
 
 
314 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0140  FecR family protein  41.64 
 
 
314 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0998258  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0924  putative FecR  37.29 
 
 
305 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0419  FecR family protein  41.28 
 
 
314 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.954336  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44140  PupR/FecR-like anti-sigma factor protein  41.94 
 
 
324 aa  168  8e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.272255  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  38.66 
 
 
320 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3125  putative FecR  38.26 
 
 
315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2674  putative FecR  37.99 
 
 
318 aa  166  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249504  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0737  anti-FecI sigma factor, FecR  36.31 
 
 
318 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0758  anti-FecI sigma factor, FecR  39.03 
 
 
315 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845455  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  38.24 
 
 
314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0736  anti-FecI sigma factor, FecR  35.67 
 
 
318 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  36.09 
 
 
340 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1170  anti-FecI sigma factor, FecR  38.26 
 
 
356 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22640  Anti-sigma factor protein, FecR family  37.66 
 
 
317 aa  158  9e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.348405  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0703  anti-FecI sigma factor, FecR  35.41 
 
 
316 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4160  anti-FecI sigma factor, FecR  36.07 
 
 
329 aa  157  3e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3316  anti-FecI sigma factor, FecR  36.6 
 
 
317 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4367  anti-FecI sigma factor, FecR  36.07 
 
 
329 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4232  anti-FecI sigma factor, FecR  35.74 
 
 
329 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  37.42 
 
 
340 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4480  anti-FecI sigma factor, FecR  35.78 
 
 
318 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06170  putative transmembrane sensor  37.97 
 
 
323 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.202236  normal  0.0195078 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02240  anti-sigma factor, FecR family  36.59 
 
 
320 aa  145  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  34.74 
 
 
327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0577  putative transmembrane sensor  37.97 
 
 
323 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2581  FecR protein  33.66 
 
 
321 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.175988  normal  0.154477 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  37.3 
 
 
328 aa  136  5e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  34.77 
 
 
320 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  33.44 
 
 
323 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3811  anti-FecI sigma factor, FecR  31.25 
 
 
328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0610777  normal  0.956547 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37980  putative Fe2+-dicitrate sensor, membrane component  36.14 
 
 
317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00265184  normal  0.0208679 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>