83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3396 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3396  lambda family phage tail tape measure protein  100 
 
 		 908 aa  1806    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.799108  hitchhiker  0.00000000000741098 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4046  tail tape measure protein  57.79 
 
 		 1222 aa  465  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374256  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2953  prophage LambdaSo, tail length tape meausure protein  37.17 
 
 		 914 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2583  phage tail tape measure protein, lambda family  36.55 
 
 		 1122 aa  434  1e-120  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.887267 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1690  phage hk97 tail length tape measure-related protein  35 
 
 		 957 aa  319  2e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.260422  normal  0.358408 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2417  phage tail tape measure protein lambda  35.27 
 
 		 1063 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.570693  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1416  gifsy-1 prophage VmtH  32.51 
 
 		 1028 aa  291  4e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.312107  hitchhiker  0.00396593 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1079  gifsy-1 prophage VmtH  31.23 
 
 		 1028 aa  288  2.9999999999999996e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.497302  normal  0.0993737 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1151  gifsy-1 prophage VmtH  31.1 
 
 		 1028 aa  287  7e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2801  gifsy-1 prophage VmtH  31.44 
 
 		 1031 aa  277  5e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.617877 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0703  gifsy-1 prophage VmtH  31.34 
 
 		 1031 aa  277  5e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00431467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3367  prophage tail length tape measure  30.64 
 
 		 970 aa  268  4e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.759316 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2200  prophage tail length tape measure protein, putative  27.72 
 
 		 1167 aa  251  4e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.897137 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2780  Phage tail tape measure protein lambda  31.68 
 
 		 1161 aa  248  3e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0242921 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0908  putative prophage tail length tape measure protein  30.03 
 
 		 1021 aa  244  3.9999999999999997e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1628  prophage tail length tape measure  47.31 
 
 		 1906 aa  207  8e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.937522  normal  0.73173 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1782  prophage tail length tape measure  47.67 
 
 		 1835 aa  204  4e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3255  prophage tail length tape measure  37.21 
 
 		 1555 aa  196  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0755523  decreased coverage  0.000000000000332378 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2235  prophage tail length tape measure  45.26 
 
 		 1113 aa  196  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2768  putative prophage tail length tape measure protein  25.91 
 
 		 859 aa  194  5e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.857731 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1195  putative prophage tail length tape measure protein  25.91 
 
 		 859 aa  194  5e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2104  lambda family phage tail tape measure protein  26.54 
 
 		 853 aa  194  6e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000689811  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_10049  tail component  26.48 
 
 		 853 aa  194  8e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00745  hypothetical protein  26.48 
 
 		 853 aa  194  8e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1467  tail length tape measure protein  25.94 
 
 		 857 aa  190  1e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1633  putative prophage tail length tape measure protein  26.61 
 
 		 849 aa  190  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2082  tail length tape measure protein, internal deletion  51.95 
 
 		 277 aa  147  6e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000504632  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1688  hypothetical protein  29.55 
 
 		 1354 aa  131  6e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1056  hypothetical protein  29.25 
 
 		 1366 aa  130  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.414557  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1349  lambda family phage tail tape measure protein  34.97 
 
 		 853 aa  107  9e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.179371 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1180  Prophage tail length tape measure  30.28 
 
 		 1707 aa  106  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.537045  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1577  lambda family phage tail tape measure protein  34.59 
 
 		 813 aa  104  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.017316 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4103  hypothetical protein  33.33 
 
 		 814 aa  100  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3876  phage tape measure protein  26.04 
 
 		 1380 aa  99.8  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.147169 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0780  hypothetical protein  48.89 
 
 		 612 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.612791  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1549  tail length tape measure protein  26.78 
 
 		 1080 aa  84.7  0.000000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0203252  hitchhiker  0.00310541 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08240  hypothetical protein  48.81 
 
 		 611 aa  84.7  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000139555 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2173  tail length tape measure protein  26.78 
 
 		 1080 aa  84.7  0.000000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0499654 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4084  lambda family phage tail tape measure protein  35.77 
 
 		 1251 aa  84  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.622569  normal  0.0282318 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1198  lambda family phage tail tape measure protein  25.9 
 
 		 1075 aa  81.3  0.00000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101212 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2237  tail length tape measure protein  25.54 
 
 		 1080 aa  80.9  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000550584 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2883  tail length tape measure protein  26.13 
 
 		 1080 aa  80.9  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000541295 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3933  lambda family phage tail tape measure protein  29.7 
 
 		 1104 aa  77.8  0.0000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0885  minor tail protein H  29.13 
 
 		 870 aa  74.7  0.000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3873  Prophage tail length tape measure  41.05 
 
 		 1190 aa  73.2  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.598655  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2351  hypothetical protein  35.71 
 
 		 669 aa  71.6  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7153  prophage tail length tape measure  24.45 
 
 		 913 aa  71.6  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0553544 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0296  hypothetical protein  39.81 
 
 		 107 aa  70.1  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4067  hypothetical protein  25 
 
 		 1263 aa  70.1  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1761  phage tape measure protein  34.02 
 
 		 921 aa  70.1  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.337369 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1990  tail component of prophage protein  36.92 
 
 		 915 aa  68.6  0.0000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3535  Lytic transglycosylase catalytic  28.72 
 
 		 1160 aa  68.6  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1872  putative prophage tail length tape measure protein  53.23 
 
 		 881 aa  67.4  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.179958 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3194  putative prophage tail length tape measure protein  53.23 
 
 		 881 aa  67.4  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000180556 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1796  putative prophage tail length tape measure protein  53.23 
 
 		 881 aa  67.4  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132418 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3126  putative prophage tail length tape measure protein  53.23 
 
 		 881 aa  67.4  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0141545 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5452  hypothetical protein  55.93 
 
 		 1096 aa  63.2  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5056  hypothetical protein  24.84 
 
 		 1353 aa  63.5  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1371  hypothetical protein  40.74 
 
 		 794 aa  62.4  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.248761 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1449  TP901 family phage tail tape measure protein  49.12 
 
 		 1120 aa  60.5  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3717  hypothetical protein  26.44 
 
 		 1127 aa  60.1  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.417403 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7016  hypothetical protein  26.2 
 
 		 1203 aa  58.5  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0522  phage tail tape measure protein, TP901 family  46.77 
 
 		 1628 aa  58.2  0.0000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.389644  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1587  Lytic transglycosylase catalytic  27.27 
 
 		 1285 aa  56.2  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4241  hypothetical protein  43.84 
 
 		 139 aa  55.8  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0797  phage-related minor tail protein  25.97 
 
 		 1115 aa  55.8  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.404131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5758  hypothetical protein  28.63 
 
 		 1192 aa  55.5  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2689  hypothetical protein  36.9 
 
 		 1056 aa  55.5  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0251  hypothetical protein  43.02 
 
 		 783 aa  55.1  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1638  putative tail component of prophage CP-933K  23.72 
 
 		 936 aa  55.1  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.663672  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0873  Methyl-accepting chemotaxis protein  43.04 
 
 		 701 aa  53.1  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4292  hypothetical protein  27.04 
 
 		 1032 aa  53.1  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.599017  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1517  putative phage HK97 tail length tape measure-related protein  27.44 
 
 		 924 aa  52  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.813512  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2603  hypothetical protein  28.03 
 
 		 1032 aa  50.8  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0372  hypothetical protein  33.91 
 
 		 968 aa  50.1  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.311574  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2277  putative phage tail protein  54.55 
 
 		 342 aa  48.9  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1880  hypothetical protein  31.52 
 
 		 698 aa  47  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.384763 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1311  hypothetical protein  34.62 
 
 		 735 aa  46.2  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2089  hypothetical protein  34.62 
 
 		 735 aa  46.2  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2989  hypothetical protein  45.76 
 
 		 1268 aa  46.2  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.977913  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1643  phage tape measure protein  23.08 
 
 		 938 aa  45.1  0.006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3708  hypothetical protein  36.36 
 
 		 820 aa  44.7  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0089  putative phage tail tape measure protein  33.33 
 
 		 1521 aa  44.7  0.008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>