186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1872 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1718  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  86.36 
 
 		 506 aa  873    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1872  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  100 
 
 		 506 aa  1023    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36970  PepSY-associated TM helix domain protein  49.45 
 
 		 553 aa  439  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138246  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0927  aspartate kinase  45.42 
 
 		 529 aa  395  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1211  hypothetical protein  42.55 
 
 		 521 aa  392  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0854  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  46.77 
 
 		 526 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4592  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.41 
 
 		 525 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4469  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  41.37 
 
 		 525 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4610  PepSY-associated TM helix domain protein  43.83 
 
 		 641 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1324  hypothetical protein  39.85 
 
 		 545 aa  352  1e-95  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0524866 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4600  PepSY-associated TM helix domain protein  43.87 
 
 		 538 aa  346  6e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.406271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4119  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.64 
 
 		 530 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.442292  normal  0.809833 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4487  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.43 
 
 		 530 aa  335  1e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.568718  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25320  membrane protein  43.97 
 
 		 524 aa  332  6e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2856  PepSY-associated TM helix  42.42 
 
 		 539 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.174371  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2342  putative iron-regulated membrane protein  42.76 
 
 		 550 aa  326  5e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.888846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4065  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.27 
 
 		 539 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0272  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  43.93 
 
 		 575 aa  320  3.9999999999999996e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2125  PepSY-associated TM helix domain protein  40.76 
 
 		 536 aa  311  2e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.911845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1106  PepSY-associated TM helix  39 
 
 		 542 aa  303  4.0000000000000003e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772791  normal  0.374743 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3524  PepSY-associated TM helix  40.71 
 
 		 542 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.617806  normal  0.525721 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1370  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  40.73 
 
 		 562 aa  301  1e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0583943  normal  0.13833 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2728  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.97 
 
 		 554 aa  301  1e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1239  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.96 
 
 		 570 aa  301  2e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0137948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2052  PepSY-associated TM helix domain protein  38.96 
 
 		 540 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.45 
 
 		 575 aa  298  1e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1313  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  37.24 
 
 		 575 aa  295  9e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.753678  normal  0.331666 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1236  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.43 
 
 		 575 aa  295  9e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.755831  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2589  PepSY-associated TM helix domain protein  38.22 
 
 		 476 aa  295  1e-78  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1344  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.49 
 
 		 556 aa  295  2e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.194528  normal  0.921283 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3077  PepSY-associated TM helix domain protein  37.04 
 
 		 565 aa  292  8e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000516012 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3407  hypothetical protein  35.17 
 
 		 559 aa  291  2e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.06 
 
 		 560 aa  291  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.366711  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0263  putative iron-regulated membrane protein  34.34 
 
 		 543 aa  290  5.0000000000000004e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.730066  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2015  PepSY-associated TM helix domain protein  38.98 
 
 		 627 aa  289  6e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.170125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1148  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.08 
 
 		 560 aa  289  7e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.81 
 
 		 547 aa  289  7e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1218  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  35.08 
 
 		 560 aa  288  2e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0109  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  34.5 
 
 		 534 aa  288  2e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3280  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.74 
 
 		 571 aa  285  9e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.442593  normal  0.404376 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4431  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.21 
 
 		 534 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.828268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0147  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.8 
 
 		 507 aa  278  2e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950175  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3600  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  36.03 
 
 		 551 aa  278  2e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.270401 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4717  hypothetical protein  39.27 
 
 		 506 aa  277  3e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4291  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.04 
 
 		 529 aa  276  6e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3308  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  38.18 
 
 		 541 aa  276  9e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000521327 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53880  hypothetical protein  37.9 
 
 		 506 aa  266  5e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3410  hypothetical protein  36.19 
 
 		 519 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.755341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0949  PepSY-associated TM helix domain protein  41.63 
 
 		 560 aa  246  8e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3801  PepSY-associated membrane protein  31.8 
 
 		 529 aa  243  5e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1031  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  42.06 
 
 		 560 aa  242  1e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.260826 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2356  PepSY-associated TM helix  35.06 
 
 		 574 aa  240  4e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.59419  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4163  PepSY-associated TM helix domain protein  32.95 
 
 		 559 aa  220  5e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3075  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  33.13 
 
 		 557 aa  219  7e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.267998  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4369  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  33.14 
 
 		 559 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4235  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  32.88 
 
 		 559 aa  213  5.999999999999999e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3721  PepSY-associated TM helix  33.41 
 
 		 519 aa  212  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0204  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.64 
 
 		 533 aa  159  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1507  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.23 
 
 		 525 aa  140  7e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.174501  normal  0.519514 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2808  PepSY-associated TM helix domain protein  30.87 
 
 		 519 aa  133  9e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02200  hypothetical protein  26.97 
 
 		 540 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01777  Aspartate kinase  26.39 
 
 		 497 aa  127  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0313  PepSY-associated TM helix  28.49 
 
 		 496 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0564279  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1252  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.95 
 
 		 518 aa  116  8.999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0946  PepSY-associated TM helix  27.5 
 
 		 502 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.553628  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1472  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.72 
 
 		 501 aa  112  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.150448 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1365  PepSY-associated TM helix  26.12 
 
 		 543 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.708347  normal  0.863113 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3918  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.83 
 
 		 374 aa  101  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.666771  normal  0.0844019 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2315  PepSY-associated TM helix  25.43 
 
 		 555 aa  100  6e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.650173  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3482  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.05 
 
 		 525 aa  100  7e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.700235  hitchhiker  0.00378927 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2169  PepSY-associated TM helix domain protein  25.27 
 
 		 534 aa  100  7e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.461921  hitchhiker  0.00144666 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0495  PepSY-associated TM helix domain protein  23 
 
 		 546 aa  98.6  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0449132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3222  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.51 
 
 		 529 aa  99  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.43081  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3923  hypothetical protein  28.46 
 
 		 399 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.810818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3395  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.53 
 
 		 540 aa  97.8  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0451  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.79 
 
 		 539 aa  97.4  5e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0447  response regulator receiver protein  26.68 
 
 		 539 aa  95.1  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3578  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.93 
 
 		 539 aa  92.4  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0449  hypothetical protein  25.94 
 
 		 539 aa  90.5  6e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3639  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  27.94 
 
 		 387 aa  89.7  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.200446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3563  hypothetical protein  25.11 
 
 		 527 aa  89.4  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.908991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2856  hypothetical protein  26.23 
 
 		 403 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3376  PepSY-associated TM helix  25.83 
 
 		 503 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.200366  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4991  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.83 
 
 		 503 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.506943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5296  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  26.05 
 
 		 503 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108916 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4729  PepSY-associated TM helix  24.93 
 
 		 377 aa  84.7  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1673  peptidase  26.8 
 
 		 398 aa  84.3  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1143  PepSY-associated TM helix  26.53 
 
 		 377 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.193504  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33600  hypothetical protein  26.11 
 
 		 403 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000203719  normal  0.0451253 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1181  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  25.53 
 
 		 376 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0618  PepSY-associated TM helix  24.19 
 
 		 547 aa  80.5  0.00000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2094  peptidase  27.16 
 
 		 397 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.379833  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0446  hypothetical protein  24.3 
 
 		 377 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3797  hypothetical protein  25.83 
 
 		 397 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134487  normal  0.472768 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1972  peptidase  25.06 
 
 		 397 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0508979 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2119  peptidase  24.94 
 
 		 397 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0434473 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4253  PepSY-associated TM helix  25.32 
 
 		 408 aa  72.4  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5190  PepSY-associated TM helix  24.2 
 
 		 376 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.805678  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2145  iron-regulated membrane protein, putative  25.79 
 
 		 411 aa  70.9  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.970349  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4040  PepSY-associated TM helix domain-containing protein  22.94 
 
 		 369 aa  70.5  0.00000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>