200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3538 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00345  exonuclease, dsDNA, ATP-dependent  42.65 
 
 		 1048 aa  662    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3212  exonuclease SbcC  42.4 
 
 		 1048 aa  657    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.223053  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0433  exonuclease subunit SbcC  44.81 
 
 		 1046 aa  667    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1919  SMC protein, N-terminal  48.44 
 
 		 1155 aa  842    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0451  exonuclease subunit SbcC  44.64 
 
 		 1046 aa  664    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0432  exonuclease subunit SbcC  44.72 
 
 		 1046 aa  666    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0472  exonuclease subunit SbcC  43.13 
 
 		 1047 aa  673    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.227308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11550  ATP-dependent dsDNA exonuclease SbcC  51.74 
 
 		 1137 aa  914    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.055976  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2637  SMC domain-containing protein  46.41 
 
 		 1164 aa  753    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.257916  normal  0.0339127 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3236  exonuclease subunit SbcC  42.88 
 
 		 1047 aa  670    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.528521  hitchhiker  0.0000322457 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00349  hypothetical protein  42.65 
 
 		 1048 aa  662    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0865  exonuclease subunit SbcC  43.03 
 
 		 1042 aa  642    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3538  SMC domain-containing protein  100 
 
 		 1144 aa  2215    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.862786  normal  0.561749 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0438  exonuclease subunit SbcC  44.81 
 
 		 1046 aa  668    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0316  exonuclease subunit SbcC  42.97 
 
 		 1047 aa  672    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.53041  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0426  exonuclease subunit SbcC  42.97 
 
 		 1047 aa  671    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.442969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0493  exonuclease subunit SbcC  44.81 
 
 		 1046 aa  666    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0464  exonuclease subunit SbcC  42.88 
 
 		 1047 aa  670    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0424  exonuclease subunit SbcC  43.12 
 
 		 1047 aa  674    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0894  SMC domain-containing protein  48.52 
 
 		 1165 aa  747    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.60496  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3108  SMC domain protein  41.19 
 
 		 1227 aa  629  1e-179  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.885936  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2451  SMC domain-containing protein  39.73 
 
 		 1232 aa  620  1e-176  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03135  exonuclease SbcC  36.38 
 
 		 1238 aa  596  1e-169  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2570  SMC domain-containing protein  33.04 
 
 		 1230 aa  422  1e-116  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2505  SMC protein-like protein  43.06 
 
 		 1265 aa  398  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0217131  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3304  exonuclease SbcC  59.73 
 
 		 1227 aa  356  1e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1006  SMC domain protein  57.05 
 
 		 1227 aa  345  2.9999999999999997e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817412  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1039  exonuclease SbcC  62.29 
 
 		 1083 aa  341  5e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.772605  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1333  nuclease sbcCD subunit C  55.12 
 
 		 1226 aa  332  4e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2848  exonuclease SbcC  49.53 
 
 		 1308 aa  314  6.999999999999999e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2917  SMC domain protein  40.65 
 
 		 1227 aa  314  6.999999999999999e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.605657  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3443  SMC protein-like  54.21 
 
 		 1232 aa  303  1e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1303  SMC domain-containing protein  37.78 
 
 		 1234 aa  303  1e-80  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2355  SMC domain-containing protein  38.93 
 
 		 1247 aa  300  1e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3278  SMC domain-containing protein  58.55 
 
 		 1229 aa  280  1e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.116021  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3289  nuclease SbcCD, C subunit  58.55 
 
 		 1220 aa  280  1e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.267466 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3139  nuclease SbcCD, C subunit  58.55 
 
 		 1229 aa  280  1e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.642669  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1354  SMC domain-containing protein  32.58 
 
 		 1224 aa  275  3e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0204  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)-like  33.5 
 
 		 1088 aa  269  2e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.18794  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1158  SMC domain protein  30.82 
 
 		 1226 aa  266  1e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.1908  normal  0.473044 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1315  SMC domain protein  33.29 
 
 		 1223 aa  266  1e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.082994  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0568  SMC domain-containing protein  52.94 
 
 		 1091 aa  259  2e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.564542  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0704  ATP-dependent dsDNA exonuclease (SbcC)  51.26 
 
 		 1091 aa  254  5.000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.859038  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1099  SMC domain-containing protein  42.46 
 
 		 1346 aa  254  9.000000000000001e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00011196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1980  SMC domain-containing protein  45.76 
 
 		 1227 aa  252  4e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1730  exonuclease  50.65 
 
 		 1223 aa  247  8e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0842079  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2080  exonuclease SbcC  39.94 
 
 		 1219 aa  245  3e-63  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2539  SMC domain protein  50 
 
 		 1085 aa  231  5e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1399  SMC protein-like  44.09 
 
 		 1303 aa  231  6e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1063  exonuclease SbcCD, C subunit  44.57 
 
 		 1307 aa  227  8e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55650  putative exonuclease  32.63 
 
 		 1211 aa  215  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.49463  normal  0.712595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1584  SMC domain-containing protein  33.97 
 
 		 1214 aa  211  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.999097  hitchhiker  0.00383377 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3217  exonuclease SbcC  31.55 
 
 		 1213 aa  206  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04030  Exodeoxyribonuclease I subunit C  22.7 
 
 		 1108 aa  204  6e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0894457  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1540  SMC domain protein  38.39 
 
 		 1182 aa  194  7e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4849  nuclease sbcCD subunit C  53.93 
 
 		 1211 aa  192  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0713621  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2024  SMC domain protein  42.11 
 
 		 1214 aa  191  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1556  SMC domain-containing protein  44.06 
 
 		 1214 aa  189  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291963 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3766  exonuclease SbcC  50.94 
 
 		 1214 aa  187  8e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1714  exonuclease SbcC  52.6 
 
 		 1214 aa  186  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.595206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3718  SMC domain-containing protein  54.6 
 
 		 1214 aa  172  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1149  SMC protein-like protein  42.52 
 
 		 1101 aa  171  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0305  SMC domain-containing protein  45.59 
 
 		 1248 aa  168  5e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.447501 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0349  SMC domain protein  45.49 
 
 		 1248 aa  167  9e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.920237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1488  SMC domain protein  26.88 
 
 		 1114 aa  163  2e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0381  SMC domain protein  45.49 
 
 		 1248 aa  159  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.610563  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1821  SMC domain protein  40.66 
 
 		 1280 aa  156  2e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.137398  normal  0.989347 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4886  SMC domain protein  48.19 
 
 		 1244 aa  153  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110633  normal  0.678618 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0467  exonuclease SbcC  38.46 
 
 		 1245 aa  139  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.929503  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0462  exonuclease SbcC  38.03 
 
 		 1247 aa  139  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345469  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0433  exonuclease SbcC  38.46 
 
 		 1245 aa  137  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0782061  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000033  exonuclease SbcC  27.79 
 
 		 1018 aa  129  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00466596  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0918  exonuclease SbcC  36.73 
 
 		 1009 aa  129  5e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1268  exonuclease SbcC, putative  36.16 
 
 		 1020 aa  124  8e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0566832  hitchhiker  0.000365685 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6451  exonuclease SbcC  41.71 
 
 		 1291 aa  119  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0663249  normal  0.0228854 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10590  DNA repair ATPase  41.24 
 
 		 1081 aa  120  1.9999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.659565  hitchhiker  0.0000000614784 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0454  putative exonuclease SbcC  34.48 
 
 		 1013 aa  120  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0823  SMC protein-like protein  48.8 
 
 		 910 aa  118  6e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.465313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1736  SMC domain-containing protein  32.9 
 
 		 1029 aa  118  6e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0965884  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2167  SMC domain-containing protein  29.62 
 
 		 1029 aa  117  1.0000000000000001e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0876433  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0084  exonuclease sbcC  28.11 
 
 		 1039 aa  117  1.0000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2633  SMC domain-containing protein  33.23 
 
 		 1018 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.158627  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0627  exonuclease  39.77 
 
 		 995 aa  117  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1655  SMC domain-containing protein  34.62 
 
 		 1018 aa  117  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00224161  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3060  SMC domain-containing protein  34.08 
 
 		 1018 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.496903  normal  0.0254363 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1677  SMC domain-containing protein  34.94 
 
 		 1018 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0491089  normal  0.364632 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2703  SMC domain protein  34.94 
 
 		 1018 aa  116  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0776806  hitchhiker  0.0000173958 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1640  SMC domain-containing protein  34.94 
 
 		 1018 aa  116  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0173468  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05654  DNA repair exonuclease  31.9 
 
 		 1018 aa  115  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1532  SMC domain-containing protein  46.38 
 
 		 1018 aa  115  5e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000252521  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1408  DNA repair ATPase-like protein  48.25 
 
 		 1009 aa  115  6e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000306703  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1435  putative exonuclease SbcC  48.25 
 
 		 1009 aa  115  6e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00155429  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5583  exonuclease SbcC, putative  36.22 
 
 		 1020 aa  114  7.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01050  DNA repair ATPase  38.22 
 
 		 953 aa  114  1.0000000000000001e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2702  putative exonuclease  45 
 
 		 881 aa  112  3e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.0098926  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0733  DNA repair exonuclease, SbcC  39.78 
 
 		 962 aa  112  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2326  putative exonuclease  32.04 
 
 		 1029 aa  112  3e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.678825  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2136  exonuclease SbcC  29.49 
 
 		 1029 aa  112  5e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.142558  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2461  putative exonuclease  30.09 
 
 		 1029 aa  112  6e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000696116  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2379  putative exonuclease  31.72 
 
 		 1029 aa  111  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>