292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1958 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_1958  GntR domain protein  100 
 
 		 340 aa  694    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1402  GntR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 341 aa  65.5  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05438  transcription regulator protein  28.3 
 
 		 311 aa  63.5  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.185679  normal  0.066253 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4198  GntR domain protein  28.96 
 
 		 212 aa  62.8  0.000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.241008  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3939  regulatory protein, GntR  24.54 
 
 		 359 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0108432 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4205  transcriptional regulator, GntR family  24.26 
 
 		 333 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  26.78 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  26.26 
 
 		 238 aa  58.2  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 222 aa  58.5  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 218 aa  58.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  26.8 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5277  transcriptional regulator, GntR family  29.52 
 
 		 238 aa  57  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4833  transcriptional regulator, GntR family  26.58 
 
 		 238 aa  56.6  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.163458 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  25.97 
 
 		 230 aa  56.2  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2930  transcriptional regulator, GntR family  27.08 
 
 		 293 aa  56.2  0.0000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328455 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  26.06 
 
 		 262 aa  56.2  0.0000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 232 aa  56.2  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 275 aa  55.5  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  25.41 
 
 		 230 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2501  transcriptional regulator, GntR family  26.06 
 
 		 262 aa  54.7  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365709  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3906  GntR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 244 aa  55.1  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.756884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1461  transcriptional regulator, GntR family  31.07 
 
 		 268 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4258  GntR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 292 aa  54.7  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0882  GntR family transcriptional regulator  23.56 
 
 		 235 aa  55.1  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.20136  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  26.26 
 
 		 223 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  27.53 
 
 		 225 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 222 aa  55.1  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  29.55 
 
 		 274 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 227 aa  54.3  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1964  transcriptional regulator, GntR family  27.8 
 
 		 233 aa  53.9  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.117742 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0535  GntR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 256 aa  53.5  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0372585 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 267 aa  53.1  0.000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 229 aa  53.1  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 221 aa  53.1  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2213  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 212 aa  53.1  0.000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.188765  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4855  GntR domain-containing protein  27.06 
 
 		 233 aa  52.8  0.000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 		 222 aa  52.8  0.000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0285  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 300 aa  52.8  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3450  transcriptional regulator, GntR family  25.7 
 
 		 231 aa  52.8  0.000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.101357  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5342  transcriptional regulator, GntR family  27.06 
 
 		 233 aa  52.8  0.000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.912563 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0790  GntR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 229 aa  52.8  0.000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28700  transcriptional regulator, GntR family  24.28 
 
 		 243 aa  52.8  0.000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.915743  normal  0.0614661 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 230 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  26.78 
 
 		 223 aa  52.4  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2314  transcriptional regulator, GntR family  30.17 
 
 		 252 aa  52.4  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1607  GntR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 300 aa  52  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170501  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  28.07 
 
 		 226 aa  52.4  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  42.47 
 
 		 218 aa  52.8  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0702  GntR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 240 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.582572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 222 aa  52.8  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 222 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2570  transcriptional regulator  27.35 
 
 		 213 aa  51.6  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.565298  hitchhiker  0.000000111966 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 251 aa  51.2  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  30.86 
 
 		 224 aa  51.6  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3241  transcriptional regulator, GntR family  26.67 
 
 		 218 aa  51.6  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 230 aa  51.6  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 237 aa  51.6  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 226 aa  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 231 aa  51.6  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0109  transcriptional regulator, GntR family  25.86 
 
 		 229 aa  50.8  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.140287 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  27.73 
 
 		 218 aa  50.8  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 222 aa  51.2  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3215  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 224 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0677  GntR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 254 aa  50.8  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.456581 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 219 aa  51.2  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 216 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 247 aa  51.2  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  31.38 
 
 		 216 aa  50.8  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3853  GntR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 216 aa  50.8  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000435819  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2382  GntR family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 232 aa  50.8  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.672304  normal  0.779059 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 224 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0930  transcriptional regulator, GntR family  26.47 
 
 		 213 aa  50.8  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.491637 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4544  GntR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 260 aa  50.1  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.377364 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 234 aa  50.4  0.00005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4963  transcriptional regulator, GntR family  42.59 
 
 		 234 aa  50.1  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.16936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 229 aa  50.1  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  29.05 
 
 		 263 aa  50.1  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  27.22 
 
 		 226 aa  50.1  0.00006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 217 aa  50.1  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3029  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 233 aa  49.7  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4135  GntR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 226 aa  49.7  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0481  GntR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 214 aa  49.7  0.00008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 226 aa  49.7  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2161  GntR domain-containing protein  27.59 
 
 		 299 aa  49.7  0.00008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2460  putative GntR family regulatory protein  23.53 
 
 		 294 aa  49.3  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0419984 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 226 aa  49.3  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2411  putative GntR family regulatory protein  23.53 
 
 		 294 aa  49.3  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0408929  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3969  GntR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 323 aa  49.3  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  22.22 
 
 		 215 aa  49.3  0.00009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2515  putative GntR family regulatory protein  23.53 
 
 		 294 aa  49.3  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.249401  normal  0.14976 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2619  putative GntR family regulatory protein  23.53 
 
 		 294 aa  49.3  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.390234  normal  0.158643 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  23.86 
 
 		 232 aa  49.3  0.00009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3756  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 243 aa  49.3  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.435924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 221 aa  49.3  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2188  GntR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 224 aa  49.3  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5261  transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 		 212 aa  49.3  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  23.7 
 
 		 226 aa  48.9  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7262  transcriptional regulator GntR family  27.18 
 
 		 229 aa  48.9  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0261  GntR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 300 aa  48.9  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>