More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3215 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3215  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 224 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4590  GntR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 224 aa  178  7e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.356738  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4119  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 258 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.260522  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3853  GntR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 216 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000435819  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 229 aa  108  8.000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  35.03 
 
 		 223 aa  107  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  30.66 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  37.89 
 
 		 237 aa  101  8e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  30 
 
 		 226 aa  101  9e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 219 aa  99.8  3e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 230 aa  97.8  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2360  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 247 aa  97.8  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.68775 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  32.12 
 
 		 238 aa  95.5  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4083  GntR domain protein  31.13 
 
 		 222 aa  94.4  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 225 aa  94.4  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2045  GntR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 258 aa  93.6  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  29.69 
 
 		 239 aa  94  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  26.42 
 
 		 227 aa  92.8  4e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30150  transcriptional regulator, GntR family  28 
 
 		 233 aa  92.8  4e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132781  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3559  transcriptional regulator, GntR family  31.73 
 
 		 232 aa  92.4  5e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.925316 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  28.87 
 
 		 232 aa  90.9  1e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 237 aa  90.5  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  32.28 
 
 		 233 aa  90.1  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 229 aa  89.7  3e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 233 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 230 aa  90.1  3e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 242 aa  89.4  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 231 aa  88.6  7e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.17 
 
 		 228 aa  88.2  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2226  transcriptional regulator, GntR family  29.7 
 
 		 245 aa  87  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.113996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  29.35 
 
 		 243 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1913  transcriptional regulator, GntR family  25.94 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 233 aa  86.3  4e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 239 aa  85.5  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3127  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 228 aa  85.1  8e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6983  GntR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 243 aa  85.1  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0405  transcriptional regulator, GntR family  31.16 
 
 		 219 aa  85.1  9e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 232 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5155  GntR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 273 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal  0.249121 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 222 aa  84.3  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3959  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 219 aa  84.7  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.426708  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 256 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5651  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 219 aa  84  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0870438  normal  0.299655 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 255 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3350  transcriptional regulator, GntR family  30.37 
 
 		 234 aa  84  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.398966  normal  0.021988 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 217 aa  83.6  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 262 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2145  transcriptional regulator, GntR family  28.8 
 
 		 254 aa  83.6  0.000000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 235 aa  82.8  0.000000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  31.05 
 
 		 258 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 255 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 255 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 235 aa  82.4  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  28.5 
 
 		 240 aa  82.4  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 241 aa  82  0.000000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6257  GntR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 231 aa  82  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.648776  normal  0.0618122 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0946  transcriptional regulator, GntR family  27.69 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.961128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5559  transcriptional regulator GntR family  31.6 
 
 		 252 aa  81.6  0.000000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5228  transcriptional regulator, GntR family  26.8 
 
 		 262 aa  81.6  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.860524  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 238 aa  81.6  0.000000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2641  GntR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 219 aa  81.6  0.000000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  27.4 
 
 		 231 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2079  GntR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 240 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.70187  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 255 aa  80.9  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6082  transcriptional regulator GntR family  29.61 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 232 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1568  transcriptional regulator, GntR family  30.62 
 
 		 219 aa  80.9  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0628  transcriptional regulator protein  30.65 
 
 		 207 aa  80.9  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0430  transcriptional regulator, GntR family  27.72 
 
 		 235 aa  80.5  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0615592  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0150  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 209 aa  80.5  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.80263  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3363  transcriptional regulator, GntR family  30.05 
 
 		 218 aa  80.9  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  31.9 
 
 		 233 aa  79.7  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5580  transcriptional regulator, GntR family  34.75 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1544  GntR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 221 aa  79.7  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.403257  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 262 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 262 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1538  transcriptional regulator, GntR family  28.93 
 
 		 242 aa  79.7  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0494418 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 235 aa  79.3  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6551  transcriptional regulator, GntR family  26.76 
 
 		 230 aa  79.7  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0158828  normal  0.969199 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  26.54 
 
 		 229 aa  79.3  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5826  GntR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 254 aa  79.7  0.00000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000644703 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0606  GntR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  28.97 
 
 		 237 aa  79.3  0.00000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  25.71 
 
 		 229 aa  79  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28010  transcriptional regulator, GntR family  27.14 
 
 		 219 aa  79  0.00000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0384037  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 226 aa  78.6  0.00000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2188  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 224 aa  78.2  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.927637 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2314  transcriptional regulator, GntR family  30.37 
 
 		 252 aa  78.2  0.00000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  28.12 
 
 		 239 aa  78.2  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 241 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>