More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3423 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  576  1.0000000000000001e-163  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  78.42 
 
 		 293 aa  447  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  78.42 
 
 		 293 aa  447  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  79.15 
 
 		 289 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  52.46 
 
 		 290 aa  288  8e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 291 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 		 321 aa  264  1e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  48.75 
 
 		 304 aa  253  3e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  46.04 
 
 		 296 aa  251  8.000000000000001e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  44.52 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  44.89 
 
 		 291 aa  233  3e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 296 aa  218  7e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  47.41 
 
 		 292 aa  216  5e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 305 aa  210  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2414  LysR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 297 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5637  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 284 aa  180  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  40.83 
 
 		 313 aa  179  7e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 290 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  38.3 
 
 		 291 aa  162  7e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 291 aa  159  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  36.76 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  36.76 
 
 		 294 aa  157  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 306 aa  155  8e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  37.9 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.1 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 299 aa  148  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 294 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 291 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 298 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 288 aa  145  8.000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  36.29 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  36.29 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 316 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 293 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  35.83 
 
 		 303 aa  130  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 287 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 287 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0468  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 294 aa  122  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 386 aa  122  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.15 
 
 		 311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 295 aa  113  5e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 303 aa  112  6e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 293 aa  108  8.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 283 aa  103  5e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 316 aa  102  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55150  transcriptional regulator  31.14 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000391017 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  23.26 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  27.64 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  33.72 
 
 		 321 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  23.88 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 316 aa  99.8  5e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 329 aa  99.8  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 307 aa  99  9e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  28.15 
 
 		 283 aa  99  9e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 283 aa  98.6  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  22.92 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2067  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 291 aa  97.8  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0408016  normal  0.72371 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.68 
 
 		 325 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>