More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3891 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3891  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 400 aa  828    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3922  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 404 aa  274  2.0000000000000002e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0331  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 417 aa  238  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03234  transcriptional regulator  34.79 
 
 		 435 aa  234  3e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1366  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 481 aa  220  3.9999999999999997e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3897  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 414 aa  208  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2816  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 383 aa  201  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0493129  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6042  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 419 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.137483 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3811  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 426 aa  187  3e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.775008  normal  0.310651 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3543  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 419 aa  187  3e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0643746  normal  0.113442 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5744  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 434 aa  186  6e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0821476  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7575  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 417 aa  180  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31260  Transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 397 aa  179  5.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 406 aa  176  8e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3271  LysR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 421 aa  175  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000365661 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2093  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 408 aa  174  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.883671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6554  LysR family transcriptional regulator  28.53 
 
 		 415 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976511 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 397 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2516  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 397 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2029  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 397 aa  163  6e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0094  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 411 aa  162  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0095  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 411 aa  162  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4119  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 392 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3466  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 321 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.935879  normal  0.213991 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7648  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 341 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 325 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3888  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 369 aa  119  9e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0338  LysR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 410 aa  119  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.385737  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 331 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6759  transcriptional regulator, LysR family  26.85 
 
 		 327 aa  117  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.405841 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00118  galactose-binding protein regulator  27.27 
 
 		 302 aa  116  6e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.260191  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3272  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 302 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.592818 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2257  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.206337  hitchhiker  0.000000365434 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2435  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8659  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1464  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1596  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 321 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.49  normal  0.186614 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2774  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 337 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0066556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1032  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 333 aa  112  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.277484 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5687  transcriptional regulator, LysR family  28.19 
 
 		 335 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6812  transcriptional regulator, LysR family  28.17 
 
 		 321 aa  111  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.062616  hitchhiker  0.00583234 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1042  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 319 aa  110  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.429419  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3518  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 321 aa  110  6e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.625066  normal  0.0991501 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 320 aa  109  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0507  LysR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 384 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4280  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 313 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1856  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.397268  normal  0.189017 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 326 aa  108  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1848  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4394  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 306 aa  107  5e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1620  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 312 aa  106  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5051  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.443716  normal  0.966436 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5194  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 354 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.215668 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1489  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 332 aa  104  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.442641  normal  0.818656 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5865  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 313 aa  103  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.813492  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0457  LysR family transcriptional regulator  25.54 
 
 		 328 aa  102  8e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.973452  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4418  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 325 aa  103  8e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.43525  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1633  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 331 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.749714  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4926  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2856  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.996776  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2833  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0496338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2667  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4175  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 328 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.387899  normal  0.0617168 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3342  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 328 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.893011  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1107  transcriptional regulator, LysR family  27.86 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4192  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 328 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0040  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 316 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2594  transcriptional regulator, LysR family  25.97 
 
 		 314 aa  100  5e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.437006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5481  LysR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 316 aa  99.8  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046066 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2949  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 317 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.440503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4576  transcriptional regulator, LysR family  24.27 
 
 		 327 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0917681  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0982  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 334 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0983507  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0317  pca operon transcription factor PcaQ  24.49 
 
 		 334 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0246  Pca operon transcriptional activator PcaQ  24.49 
 
 		 334 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.010271  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1844  pca operon transcription factor PcaQ  24.49 
 
 		 334 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.282267  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1759  Pca operon transcriptional activator PcaQ  24.49 
 
 		 334 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0219488  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1350  Pca operon transcriptional activator PcaQ  24.49 
 
 		 334 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0139604  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3113  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 314 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.781375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4062  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 328 aa  97.8  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0704  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 338 aa  97.4  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.271413  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3574  LysR family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 356 aa  97.4  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.108458 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3582  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 328 aa  97.4  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.591894 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5645  LysR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 316 aa  97.4  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0239097  normal  0.200885 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5214  LysR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 316 aa  97.4  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0886  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 338 aa  97.1  5e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0376917  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0889  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 338 aa  97.1  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1120  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 333 aa  96.7  7e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00232816  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3004  transcriptional regulator, LysR family  25.58 
 
 		 314 aa  96.7  7e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3201  LysR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 316 aa  96.3  9e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0942378 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0310  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 310 aa  95.9  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.179801  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1209  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 314 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 315 aa  94.7  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 316 aa  94.4  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0289  LysR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 339 aa  94.7  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4584  LysR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 316 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000974851 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4205  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 316 aa  94  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0393  Pca operon transcriptional activator PcaQ  25.08 
 
 		 454 aa  94  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.439238  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36180  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 315 aa  94  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.682607  hitchhiker  0.00107493 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3084  putative transcriptional regulator  25.96 
 
 		 315 aa  94  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>