164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0268 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0268  restriction endonuclease S subunits  100 
 
 		 444 aa  916    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.277222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  44.65 
 
 		 703 aa  145  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.03 
 
 		 423 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2744  type I restriction-modification system, S subunit  26.18 
 
 		 532 aa  111  2.0000000000000002e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0181132  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  22.72 
 
 		 492 aa  107  3e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  25.21 
 
 		 439 aa  107  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.73 
 
 		 444 aa  105  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.23 
 
 		 477 aa  103  4e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.65 
 
 		 495 aa  102  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3525  restriction modification system DNA specificity subunit  30.21 
 
 		 420 aa  98.6  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  24.84 
 
 		 390 aa  93.2  9e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  26.07 
 
 		 479 aa  90.9  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  25.08 
 
 		 457 aa  90.9  4e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  24.82 
 
 		 490 aa  90.5  5e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  33.12 
 
 		 417 aa  88.6  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0355  restriction modification system DNA specificity subunit  29.05 
 
 		 590 aa  87.8  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1941  restriction endonuclease S subunits-like  26.53 
 
 		 451 aa  86.7  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0182546  normal  0.0682578 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  25.5 
 
 		 476 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  27.78 
 
 		 425 aa  84  0.000000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7555  Restriction endonuclease S subunits-like protein  29.41 
 
 		 402 aa  83.6  0.000000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2508  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  34.32 
 
 		 401 aa  83.2  0.000000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.39699  normal  0.700746 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  22.33 
 
 		 587 aa  83.2  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1253  Type I restriction enzyme EcoAI specificity protein  25.13 
 
 		 597 aa  82.8  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00376854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1201  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.92 
 
 		 572 aa  81.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  27.18 
 
 		 575 aa  81.3  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  24.24 
 
 		 563 aa  80.5  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  23.65 
 
 		 561 aa  80.9  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  37.34 
 
 		 429 aa  80.1  0.00000000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  20.05 
 
 		 464 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3030  restriction modification system DNA specificity subunit  25.6 
 
 		 564 aa  79  0.0000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2237  restriction modification system DNA specificity subunit  36.96 
 
 		 412 aa  77.8  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  25.17 
 
 		 528 aa  77  0.0000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1551  type I restriction enzyme  23.57 
 
 		 439 aa  75.9  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  22.91 
 
 		 557 aa  75.5  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0501  restriction modification system DNA specificity subunit  23.93 
 
 		 612 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.435558 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2548  restriction modification system DNA specificity domain  31.32 
 
 		 405 aa  73.6  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  23.62 
 
 		 400 aa  72.8  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.07 
 
 		 471 aa  72.4  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  23.66 
 
 		 501 aa  72.4  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  23.15 
 
 		 461 aa  71.2  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1911  hypothetical protein  25.24 
 
 		 453 aa  71.6  0.00000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.568524  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2909  restriction modification system DNA specificity subunit  22.45 
 
 		 440 aa  70.5  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2893  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.71 
 
 		 237 aa  70.1  0.00000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  22.44 
 
 		 495 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  21.74 
 
 		 556 aa  69.3  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  19.85 
 
 		 456 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.7 
 
 		 413 aa  68.6  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  21.37 
 
 		 538 aa  68.6  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.45 
 
 		 493 aa  67.8  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2328  type I restriction-modification system specificity subunit  28.24 
 
 		 404 aa  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  22.06 
 
 		 577 aa  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  23.85 
 
 		 589 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2665  type I restriction-modification system specificity subunit  26.83 
 
 		 446 aa  65.1  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0650221  normal  0.332066 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2606  restriction modification system DNA specificity subunit  21.8 
 
 		 429 aa  64.7  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  26.53 
 
 		 571 aa  64.7  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3089  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.31 
 
 		 520 aa  64.7  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.497517  normal  0.376247 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6044  type I restriction-modification system subunit S  25.88 
 
 		 547 aa  63.5  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.061065  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.57 
 
 		 419 aa  63.5  0.000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4454  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.99 
 
 		 406 aa  63.2  0.000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.859615  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.98 
 
 		 427 aa  62.4  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3190  hypothetical protein  29.49 
 
 		 159 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  23.1 
 
 		 477 aa  61.6  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1281  restriction modification system DNA specificity subunit  22.89 
 
 		 398 aa  61.6  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.79 
 
 		 419 aa  60.8  0.00000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  28.79 
 
 		 419 aa  60.8  0.00000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.48 
 
 		 401 aa  61.2  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2471  type I restriction-modification system S subunit  30.52 
 
 		 381 aa  60.5  0.00000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0091078  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1103  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.63 
 
 		 400 aa  60.5  0.00000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0442932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  23.46 
 
 		 447 aa  60.1  0.00000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  24.86 
 
 		 438 aa  60.1  0.00000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.93 
 
 		 390 aa  59.7  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  25 
 
 		 424 aa  59.7  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  23.92 
 
 		 460 aa  59.7  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  22.62 
 
 		 469 aa  59.7  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1502  restriction modification system DNA specificity domain  23.81 
 
 		 393 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  23.42 
 
 		 575 aa  59.3  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0637  restriction modification system DNA specificity domain  22.05 
 
 		 422 aa  59.7  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  21.38 
 
 		 395 aa  59.3  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  25.4 
 
 		 420 aa  58.9  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  21.65 
 
 		 417 aa  58.5  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1978  restriction modification system DNA specificity subunit  26.49 
 
 		 616 aa  58.9  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0371  type I restriction-modification system S subunit  21.91 
 
 		 323 aa  58.5  0.0000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  23.73 
 
 		 578 aa  58.9  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  24.64 
 
 		 236 aa  58.2  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  22.71 
 
 		 633 aa  58.2  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0786  N-6 DNA methylase  27.7 
 
 		 710 aa  58.2  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.798778  normal  0.467887 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  21.49 
 
 		 595 aa  57.8  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  19.83 
 
 		 425 aa  57.4  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.38 
 
 		 386 aa  57  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  30.97 
 
 		 547 aa  57  0.0000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2249  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.29 
 
 		 384 aa  57  0.0000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.153937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  21.51 
 
 		 477 aa  56.6  0.0000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  20.42 
 
 		 442 aa  56.6  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  25.79 
 
 		 584 aa  56.6  0.0000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  19.95 
 
 		 419 aa  55.5  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  24.27 
 
 		 611 aa  55.1  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.15 
 
 		 459 aa  55.8  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  17.34 
 
 		 400 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  18.69 
 
 		 445 aa  54.7  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  27.18 
 
 		 442 aa  55.1  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>