More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_3867 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 201 aa  407  1e-113  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 199 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 199 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  45.13 
 
 		 199 aa  168  5e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  45.05 
 
 		 199 aa  158  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  44.27 
 
 		 197 aa  157  9e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  42.08 
 
 		 199 aa  155  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 184 aa  128  5.0000000000000004e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  37.91 
 
 		 192 aa  122  4e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3586  XRE family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 207 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 178 aa  112  3e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2294  XRE family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 211 aa  111  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.328361 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0641  XRE family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 211 aa  111  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2181  Cro/CI family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 184 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1027  XRE family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 223 aa  107  9.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.944907 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1480  XRE family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 198 aa  107  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3556  XRE family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 184 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.427188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1441  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 227 aa  106  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0638  putative transcriptional regulator  36.78 
 
 		 184 aa  106  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0188  XRE family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 229 aa  105  6e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.054457 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4807  XRE family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.730727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1539  MerR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 292 aa  104  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0172454  normal  0.655759 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4279  XRE family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.195081 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06970  Cro/CI family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 184 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1788  XRE family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 184 aa  102  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2635  XRE family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 185 aa  102  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362634  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 181 aa  101  9e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  34.07 
 
 		 204 aa  101  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1846  XRE family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 183 aa  100  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.677123  hitchhiker  0.00632075 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 181 aa  100  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0803  XRE family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 185 aa  100  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.215741  normal  0.130979 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 181 aa  99.8  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2836  DNA-binding protein  31.15 
 
 		 184 aa  98.6  6e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000716748  hitchhiker  0.00000000374058 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5384  XRE family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 185 aa  97.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.840154  normal  0.424249 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  34.81 
 
 		 201 aa  97.4  1e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 205 aa  96.3  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3464  XRE family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 185 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4902  XRE family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 185 aa  97.1  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.634753 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3720  XRE family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 200 aa  96.3  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.310668  normal  0.0265405 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4678  MerR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 276 aa  95.9  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.825044  normal  0.111013 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 176 aa  94.7  8e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  29.63 
 
 		 188 aa  94.4  1e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  29.94 
 
 		 188 aa  94.4  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4357  transcriptional regulator, MerR family  34.98 
 
 		 269 aa  94.4  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00580847 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4027  transcriptional regulator, MerR family  35.12 
 
 		 269 aa  93.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1046  XRE family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 186 aa  93.6  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  33.16 
 
 		 225 aa  93.6  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2919  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 		 170 aa  92.8  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1306  transcriptional regulator, XRE family  28.49 
 
 		 170 aa  92.8  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000237827 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 187 aa  92.4  4e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 187 aa  91.7  6e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  31.32 
 
 		 181 aa  91.7  7e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4841  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 202 aa  91.3  9e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 181 aa  90.5  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  31.32 
 
 		 181 aa  90.9  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 271 aa  90.9  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 182 aa  90.9  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 269 aa  90.5  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  35.36 
 
 		 182 aa  89.7  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  32.77 
 
 		 180 aa  89.7  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 184 aa  89.7  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1784  XRE family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 184 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 181 aa  89.4  3e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6084  XRE family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 234 aa  89.4  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207069 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3263  transcriptional regulator, XRE family  34.95 
 
 		 188 aa  89.4  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 181 aa  89.7  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 187 aa  89.4  4e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  31.32 
 
 		 181 aa  89  4e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  31.87 
 
 		 181 aa  89.4  4e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  31.87 
 
 		 181 aa  89.4  4e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  31.32 
 
 		 181 aa  89  4e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0277  XRE family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 204 aa  89  5e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.128046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 182 aa  88.6  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0715  transcriptional regulator, XRE family  29.26 
 
 		 187 aa  88.6  6e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.39864  normal  0.0327391 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 208 aa  88.6  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0751  XRE family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 179 aa  88.6  6e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000101746  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 208 aa  88.6  6e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 208 aa  88.6  6e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  31.32 
 
 		 181 aa  88.2  8e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 204 aa  87.8  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 281 aa  87.4  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  34.24 
 
 		 181 aa  87  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1265  transcriptional regulator, putative  30.98 
 
 		 182 aa  87  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1721  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 201 aa  86.7  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 187 aa  86.7  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2177  transcriptional regulator, putative  34.29 
 
 		 184 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 182 aa  86.3  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3560  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 184 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.444346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 286 aa  85.5  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 189 aa  85.9  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  29.89 
 
 		 182 aa  85.5  5e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 182 aa  85.5  5e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 199 aa  85.5  5e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  29.89 
 
 		 182 aa  85.5  5e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  29.89 
 
 		 182 aa  85.5  5e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 182 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 213 aa  85.1  6e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 199 aa  85.1  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 182 aa  85.1  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 182 aa  85.1  7e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>