More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0803 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0181  glucose-methanol-choline oxidoreductase  59.25 
 
 		 571 aa  680    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0803  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 581 aa  1191    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0323  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.08 
 
 		 562 aa  478  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.518363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0327  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.62 
 
 		 522 aa  469  1.0000000000000001e-131  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.330808 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.54 
 
 		 539 aa  462  1e-129  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104195 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2481  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.93 
 
 		 534 aa  442  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.236507  normal  0.407022 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.61 
 
 		 546 aa  438  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.91 
 
 		 542 aa  409  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.33687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1258  glucose-methanol-choline oxidoreductase  39.65 
 
 		 571 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.564674  decreased coverage  0.00861873 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4708  Choline dehydrogenase  37.16 
 
 		 513 aa  323  5e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3136  choline dehydrogenase  35.41 
 
 		 531 aa  318  3e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.2 
 
 		 518 aa  311  1e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3708  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.34 
 
 		 543 aa  312  1e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.47 
 
 		 529 aa  304  4.0000000000000003e-81  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1428  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.77 
 
 		 544 aa  301  2e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3840  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.81 
 
 		 544 aa  301  3e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.397758  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0553  choline dehydrogenase  36.57 
 
 		 549 aa  300  5e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.93918  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0554  choline dehydrogenase  36.57 
 
 		 549 aa  300  5e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  35.73 
 
 		 559 aa  299  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1236  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.54 
 
 		 518 aa  298  2e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.116921  normal  0.443718 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  35.91 
 
 		 559 aa  297  3e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3245  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.62 
 
 		 541 aa  296  5e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.94 
 
 		 545 aa  295  1e-78  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2709  choline dehydrogenase  35.82 
 
 		 549 aa  294  3e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.65 
 
 		 539 aa  294  4e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3595  putative glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.36 
 
 		 549 aa  293  5e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4369  glucose-methanol-choline oxidoreductase  37.75 
 
 		 556 aa  293  8e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1543  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.66 
 
 		 530 aa  291  2e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2069  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.54 
 
 		 518 aa  291  3e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0353317 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.19 
 
 		 541 aa  290  4e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.53 
 
 		 534 aa  290  4e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2604  choline dehydrogenase  36.59 
 
 		 562 aa  290  6e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142768 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3754  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.1 
 
 		 552 aa  290  6e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2727  glucose-methanol-choline oxidoreductase  36.86 
 
 		 525 aa  290  6e-77  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0412228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2223  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.39 
 
 		 531 aa  288  1e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.487572  normal  0.417914 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.83 
 
 		 546 aa  285  1.0000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  33.89 
 
 		 541 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.15 
 
 		 563 aa  282  1e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  33.99 
 
 		 557 aa  281  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.96 
 
 		 542 aa  281  3e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6820  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.27 
 
 		 602 aa  280  5e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2378  Choline dehydrogenase  35.51 
 
 		 551 aa  280  6e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.448643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1279  Choline dehydrogenase  32.4 
 
 		 544 aa  280  7e-74  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.58 
 
 		 532 aa  280  7e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3808  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.44 
 
 		 547 aa  279  9e-74  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.605068  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.01 
 
 		 538 aa  279  1e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4657  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.21 
 
 		 537 aa  278  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0776  choline dehydrogenase  33.77 
 
 		 549 aa  277  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0802775 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.33 
 
 		 569 aa  278  3e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31690  choline dehydrogenase  34.02 
 
 		 554 aa  277  5e-73  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.20001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.58 
 
 		 569 aa  276  5e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5414  choline dehydrogenase, a flavoprotein  34.95 
 
 		 534 aa  276  6e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.269281 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0562  choline dehydrogenase  34.14 
 
 		 549 aa  276  7e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.55111 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1582  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.84 
 
 		 533 aa  276  8e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2310  choline dehydrogenase  35.57 
 
 		 548 aa  276  8e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.568209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11305  dehydrogenase FAD flavoprotein GMC oxidoreductase  34.91 
 
 		 528 aa  275  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2184  choline dehydrogenase  34.82 
 
 		 548 aa  274  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0889  choline dehydrogenase  33.77 
 
 		 549 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3910  Choline dehydrogenase  34.03 
 
 		 531 aa  273  8.000000000000001e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4810  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.96 
 
 		 534 aa  273  9e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1487  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.64 
 
 		 551 aa  273  9e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.354481  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3164  choline dehydrogenase  33.33 
 
 		 551 aa  272  1e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.637341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1383  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.83 
 
 		 551 aa  272  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00471975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0194  GMC family oxidoreductase  35.48 
 
 		 548 aa  272  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  32.46 
 
 		 556 aa  271  2e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0884  glucose-methanol-choline oxidoreductase  35.08 
 
 		 553 aa  271  2.9999999999999997e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.275807  normal  0.461656 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  33.52 
 
 		 561 aa  270  4e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1579  GMC family oxidoreductase  31.42 
 
 		 538 aa  270  5e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0877  choline dehydrogenase  34.03 
 
 		 545 aa  270  5e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.988222  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  35.12 
 
 		 531 aa  270  5e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0856  choline dehydrogenase  34.45 
 
 		 548 aa  270  5e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.46 
 
 		 556 aa  270  5.9999999999999995e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  33.33 
 
 		 561 aa  270  7e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  33.33 
 
 		 561 aa  270  7e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  33.33 
 
 		 561 aa  270  7e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  33.33 
 
 		 561 aa  270  7e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4278  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.2 
 
 		 546 aa  269  8e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.942105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0804  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.27 
 
 		 540 aa  269  1e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.271201  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01429  choline oxidase (CodA), putative (AFU_orthologue; AFUA_8G04090)  33.03 
 
 		 542 aa  268  2e-70  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.262126 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6322  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.32 
 
 		 556 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.942942 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.58 
 
 		 546 aa  268  2e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4749  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  34.41 
 
 		 546 aa  268  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769541  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1507  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.32 
 
 		 548 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.23617  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  32.14 
 
 		 534 aa  268  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.94 
 
 		 531 aa  267  2.9999999999999995e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2716  putative GMC oxidoreductase  33.45 
 
 		 562 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0331  GMC oxidoreductase  33.94 
 
 		 557 aa  266  5e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4030  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.9 
 
 		 534 aa  266  5.999999999999999e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159836  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6980  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.95 
 
 		 556 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0315325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1169  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.21 
 
 		 544 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.301297 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1492  choline dehydrogenase  34.95 
 
 		 556 aa  266  8e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3680  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.01 
 
 		 537 aa  266  1e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.979094 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1007  choline dehydrogenase  31.97 
 
 		 565 aa  265  1e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1896  choline dehydrogenase  36.07 
 
 		 550 aa  265  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.338897 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3929  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.27 
 
 		 528 aa  265  2e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5514  glucose-methanol-choline oxidoreductase  34.39 
 
 		 537 aa  265  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1144  choline dehydrogenase  33.9 
 
 		 551 aa  265  2e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2822  choline dehydrogenase  33.64 
 
 		 551 aa  264  3e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6326  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.09 
 
 		 554 aa  264  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1502  glucose-methanol-choline oxidoreductase  33.7 
 
 		 535 aa  265  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>