94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2012 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2012  NERD domain protein  100 
 
 		 230 aa  478  1e-134  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2988  NERD domain-containing protein  52.73 
 
 		 262 aa  231  5e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0707223  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4033  NERD domain-containing protein  48.4 
 
 		 256 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3613  NERD domain protein  41.15 
 
 		 228 aa  206  2e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.646238  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0649  DNA topoisomerase I  45.78 
 
 		 267 aa  206  4e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2522  DNA-binding NERD domain-containing protein  44.89 
 
 		 269 aa  202  4e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2416  DNA-binding protein  46.41 
 
 		 267 aa  200  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00817944  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1615  hypothetical protein  46.07 
 
 		 329 aa  185  6e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.269609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1847  DNA topoisomerase I  47.06 
 
 		 338 aa  184  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.791369 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0313  DNA topoisomerase I  43.22 
 
 		 260 aa  178  4.999999999999999e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0751  NERD domain protein  43.88 
 
 		 355 aa  171  6.999999999999999e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.234498  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1130  NERD domain-containing protein  51.43 
 
 		 199 aa  150  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.509839 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3691  NERD domain-containing protein  36.21 
 
 		 259 aa  137  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.003996  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1708  hypothetical protein  30.8 
 
 		 259 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.352686  normal  0.0530118 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1309  NERD domain protein  33.2 
 
 		 262 aa  118  6e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4233  NERD domain-containing protein  35.4 
 
 		 207 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0003  hypothetical protein  39.29 
 
 		 212 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1607  NERD domain protein  36.61 
 
 		 211 aa  112  6e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1118  NERD domain protein  30.67 
 
 		 255 aa  108  6e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.2197  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2211  NERD domain-containing protein  39.01 
 
 		 353 aa  108  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0004  hypothetical protein  36.22 
 
 		 212 aa  106  4e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1610  hypothetical protein  35.71 
 
 		 387 aa  105  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00290154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0005  hypothetical protein  36.73 
 
 		 212 aa  104  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0131  hypothetical protein  36.73 
 
 		 212 aa  104  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1889  hypothetical protein  49.35 
 
 		 139 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.344159 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1109  hypothetical protein  27.61 
 
 		 225 aa  71.2  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1002  NERD domain-containing protein  25.44 
 
 		 281 aa  64.7  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.435611  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2594  NERD domain protein  22.8 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.173089  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0503  NERD domain-containing protein  25.67 
 
 		 224 aa  61.2  0.00000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.180514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2103  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  58.97 
 
 		 260 aa  61.2  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1416  NERD domain-containing protein  24.87 
 
 		 225 aa  58.5  0.00000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2536  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  48 
 
 		 254 aa  55.8  0.0000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0364956  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1797  DNA topoisomerase I:restriction endonuclease  37.33 
 
 		 355 aa  55.1  0.0000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00289  putative transmembrane protein  55.26 
 
 		 252 aa  53.9  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0131  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  39.62 
 
 		 258 aa  53.9  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.290593 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07440  hypothetical protein  46.55 
 
 		 111 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316107  normal  0.202998 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2098  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  51.52 
 
 		 251 aa  52.4  0.000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0334  NERD domain-containing protein  24.31 
 
 		 225 aa  52.4  0.000007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0988306  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1932  hypothetical protein  29.82 
 
 		 462 aa  51.6  0.000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.042563 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4531  restriction endonuclease  30.26 
 
 		 289 aa  51.2  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1379  restriction endonuclease  44.74 
 
 		 310 aa  51.6  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.732895 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3862  NERD domain-containing protein  29.82 
 
 		 466 aa  51.2  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.124757  normal  0.651057 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  30.51 
 
 		 841 aa  50.4  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1210  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  48.48 
 
 		 257 aa  49.7  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.329141  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2497  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  29.29 
 
 		 739 aa  48.9  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1365  Mrr restriction system protein, putative  50 
 
 		 348 aa  48.9  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.451451  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3961  NERD domain-containing protein  25 
 
 		 310 aa  48.5  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0609224  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3356  restriction endonuclease  41.86 
 
 		 287 aa  48.5  0.00009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.521085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0010  restriction endonuclease  42.55 
 
 		 271 aa  48.1  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139024  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1526  DNA topoisomerase I  31.25 
 
 		 696 aa  47.8  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000864041  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3732  restriction endonuclease  46.67 
 
 		 272 aa  48.1  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.389352  normal  0.0107357 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0849  NERD domain protein  36.05 
 
 		 286 aa  48.1  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.302282 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0304  DNA topoisomerase I  33.96 
 
 		 748 aa  47.4  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000372801  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2541  DNA topoisomerase III  35.94 
 
 		 744 aa  47.4  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.111653  normal  0.0440835 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  48.72 
 
 		 851 aa  46.6  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  48.72 
 
 		 851 aa  46.6  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5568  NERD domain-containing protein  25.95 
 
 		 233 aa  46.6  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.539565 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1137  DNA topoisomerase I  32 
 
 		 900 aa  46.2  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0011  DNA topoisomerase I  34.78 
 
 		 760 aa  45.8  0.0005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4962  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  27.4 
 
 		 154 aa  45.8  0.0005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.583488  normal  0.69553 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5377  restriction endonuclease  44.74 
 
 		 230 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.012996  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2432  DNA topoisomerase type IA zn finger domain protein  26.04 
 
 		 206 aa  45.8  0.0006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3416  hypothetical protein  33.33 
 
 		 281 aa  45.4  0.0008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  45 
 
 		 756 aa  44.7  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000324271  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04060  DNA topoisomerase I and restriction endonuclease domain-containing protein  45 
 
 		 285 aa  44.7  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0010  DNA topoisomerase I  47.37 
 
 		 857 aa  44.7  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0659  DNA topoisomerase I  31.58 
 
 		 851 aa  44.7  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.579537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0171  DNA topoisomerase I  42.59 
 
 		 743 aa  45.1  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1529  DNA topoisomerase I  39.53 
 
 		 779 aa  45.1  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.23259e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2711  DNA topoisomerase I  39.53 
 
 		 779 aa  45.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000391579  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2339  DNA topoisomerase I  28.95 
 
 		 893 aa  44.3  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.786994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2731  DNA topoisomerase I  44.74 
 
 		 844 aa  44.3  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.186723  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1615  DNA topoisomerase I  31.96 
 
 		 836 aa  43.9  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.830191  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4790  hypothetical protein  24.5 
 
 		 319 aa  44.3  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5192  nerd domain protein  24.5 
 
 		 319 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3160  DNA topoisomerase I  46.15 
 
 		 907 aa  43.9  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.973259  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3010  DNA topoisomerase I  44.74 
 
 		 863 aa  44.3  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6548  NERD domain-containing protein  30.61 
 
 		 231 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2316  DNA topoisomerase I  45 
 
 		 880 aa  43.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3513  NERD domain-containing protein  25 
 
 		 226 aa  43.5  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3714  hypothetical protein  26.34 
 
 		 205 aa  43.1  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0106  DNA topoisomerase I  32.61 
 
 		 747 aa  43.1  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2652  DNA topoisomerase I  24.78 
 
 		 759 aa  42.7  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0083  DNA topoisomerase I  41.67 
 
 		 751 aa  42.7  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2522  DNA topoisomerase I  24.78 
 
 		 759 aa  42.7  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2178  DNA topoisomerase I  45 
 
 		 884 aa  42.7  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0850  DNA topoisomerase I  45 
 
 		 884 aa  42.7  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.999873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5243  nerd domain protein  26.92 
 
 		 319 aa  42.4  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2296  DNA topoisomerase I  28.71 
 
 		 704 aa  42.4  0.006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23450  topoisomerase IA  44.74 
 
 		 837 aa  42  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000217154  decreased coverage  0.0000000285044 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1415  NERD domain protein  25.2 
 
 		 422 aa  42  0.009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1139  DNA topoisomerase type IA central domain protein  44.74 
 
 		 849 aa  42  0.009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.395203 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  41.03 
 
 		 768 aa  41.6  0.01  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3449  DNA topoisomerase type IA Zn finger domain-containing protein  39.47 
 
 		 249 aa  41.6  0.01  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>