292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_4137 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_4137  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 235 aa  454  1e-127  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.857074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2057  putative transcriptional regulator, TetR family  65.32 
 
 		 223 aa  252  3e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.334012  normal  0.891873 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5248  putative transcriptional regulator, TetR family  61.64 
 
 		 227 aa  246  2e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.66171 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2371  transcriptional regulator, TetR family  60.75 
 
 		 219 aa  232  4.0000000000000004e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0164383  normal  0.061065 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0877  transcriptional regulator, TetR family  59.82 
 
 		 222 aa  211  5.999999999999999e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5834  transcriptional regulator, TetR family  59.46 
 
 		 236 aa  196  2.0000000000000003e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8897  transcriptional regulator, TetR family  37.96 
 
 		 222 aa  118  9e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0946  TetR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 223 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.123031  normal  0.934208 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7119  putative transcriptional regulator, TetR family  41.27 
 
 		 204 aa  110  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00221905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0767  transcriptional regulator, TetR family  34.6 
 
 		 227 aa  81.3  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.148012 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0873  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 196 aa  80.5  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.682179 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1060  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 227 aa  80.1  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2194  regulatory protein, TetR  33.33 
 
 		 218 aa  77.4  0.0000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1059  TetR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 217 aa  77.4  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8507  putative transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 		 199 aa  76.6  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3849  transcriptional regulator, TetR family  32.86 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.782429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4464  transcriptional regulator, TetR family  33.66 
 
 		 188 aa  75.5  0.0000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.129958  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2186  regulatory protein, TetR  35.42 
 
 		 237 aa  74.7  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5792  transcriptional regulator, TetR family  34.54 
 
 		 216 aa  72  0.000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4743  transcriptional regulator, TetR family  31.09 
 
 		 213 aa  70.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.832036  normal  0.727268 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0256  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 227 aa  70.1  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.968825 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4255  transcriptional regulator, TetR family  34.76 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.228182 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4782  transcriptional regulator, TetR family  32.04 
 
 		 205 aa  69.3  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.682663 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4614  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 222 aa  66.6  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6198  transcriptional regulator, TetR family  30.92 
 
 		 193 aa  66.6  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.533125  normal  0.545762 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2572  transcriptional regulator, TetR family  35.92 
 
 		 208 aa  66.6  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0143  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 266 aa  66.2  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.170765  normal  0.0134311 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5174  putative transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 		 199 aa  65.9  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0107413  hitchhiker  0.00860579 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2209  putative transcriptional regulator, TetR family  32.06 
 
 		 202 aa  65.5  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.594451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4823  transcriptional regulator, TetR family  31.14 
 
 		 219 aa  65.5  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4278  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 199 aa  65.1  0.0000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2583  TetR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 184 aa  64.7  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5811  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 222 aa  64.3  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.78864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2786  regulatory protein TetR  30.73 
 
 		 243 aa  64.3  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2647  transcriptional regulator, TetR family  34.59 
 
 		 217 aa  64.7  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6635  TetR family transcriptional regulator  38 
 
 		 214 aa  63.2  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1543  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 236 aa  63.2  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.470889 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4496  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 199 aa  62  0.000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4583  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 199 aa  62  0.000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.204371 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4879  TetR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 199 aa  62  0.000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.089814 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0401  transcriptional regulator, TetR family  29.85 
 
 		 245 aa  62  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0464223  normal  0.180866 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4423  regulatory protein TetR  30.73 
 
 		 223 aa  61.6  0.000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.310024  normal  0.345836 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0570  transcriptional regulator, TetR family  30.35 
 
 		 188 aa  61.2  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3302  transcriptional regulator, TetR family  32.57 
 
 		 220 aa  61.2  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1574  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 195 aa  61.2  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0394993 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0403  transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 		 213 aa  59.7  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.472446  normal  0.522596 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1559  transcriptional regulator, TetR family  31.43 
 
 		 221 aa  59.7  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.286529  normal  0.011068 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2344  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 195 aa  59.7  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.914652  normal  0.958906 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2574  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 204 aa  59.7  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4836  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 193 aa  59.3  0.00000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2165  transcriptional regulator, TetR family  32.68 
 
 		 188 aa  58.9  0.00000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.289199  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3889  transcriptional regulator, TetR family  32.68 
 
 		 299 aa  58.5  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.110513  normal  0.292317 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6201  transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 		 189 aa  58.2  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0829103  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4108  regulatory protein TetR  33.57 
 
 		 189 aa  58.2  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3286  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 192 aa  58.2  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2443  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 229 aa  58.2  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0220439  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 213 aa  57.8  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3313  transcriptional regulator, TetR family  30.5 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0137945 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4087  transcriptional regulator, TetR family  28.99 
 
 		 228 aa  57.4  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.98142 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1492  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 200 aa  57.8  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.628172 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0512  TetR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5011  putative transcriptional regulator, TetR family  32.84 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0804167 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1510  transcriptional regulator, TetR family  31.76 
 
 		 240 aa  56.6  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.116924  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3327  transcriptional regulator, TetR family  34.69 
 
 		 185 aa  56.6  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.11213  normal  0.13372 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3736  transcriptional regulator, TetR family  31.08 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1133  transcriptional regulator, TetR family  28.02 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.660169  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4064  regulatory protein TetR  31.55 
 
 		 190 aa  57  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5157  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 		 193 aa  56.6  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1492  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2113  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.473372  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0796  TetR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2082  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 309 aa  55.5  0.0000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.707257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3360  putative transcriptional regulator, TetR family  37.23 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0575014  normal  0.0807522 
 
 
-
 
NC_003296  RS05498  putative transcription regulator protein  32.9 
 
 		 197 aa  54.7  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.806773 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2095  transcriptional regulator, TetR family  32.48 
 
 		 194 aa  54.7  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.546455  normal  0.514839 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10067  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 189 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.504189 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2615  transcriptional regulator, TetR family  31.22 
 
 		 216 aa  54.3  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1810  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 239 aa  53.9  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2128  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 251 aa  53.9  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3163  putative transcriptional regulator, TetR family  35.07 
 
 		 223 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0034  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 189 aa  53.9  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.345685  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0034  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 189 aa  53.9  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3012  transcriptional regulator, TetR family  27.5 
 
 		 219 aa  53.9  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.367148  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6690  TetR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 250 aa  54.3  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0479  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 239 aa  53.9  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.676411  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0381  TetR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 239 aa  53.9  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 324 aa  53.5  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4327  regulatory protein, TetR  29.87 
 
 		 182 aa  53.5  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.809003  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4153  TetR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 201 aa  53.1  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0444312  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3089  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 194 aa  53.1  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.544244  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2606  transcriptional regulator, TetR family  27.09 
 
 		 218 aa  53.1  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.193859  normal  0.0512709 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0597  TetR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 194 aa  53.1  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6123  transcriptional regulator, TetR family  43.18 
 
 		 232 aa  52.8  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.417481  normal  0.0113351 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19730  transcriptional regulator, tetR family  31.43 
 
 		 182 aa  52.4  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.453369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4514  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 202 aa  52.4  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.603185  normal  0.656005 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0257  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 188 aa  52.4  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5119  transcriptional regulator, TetR family  31.37 
 
 		 189 aa  52.4  0.000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.891225  normal  0.419875 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6450  putative transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 		 188 aa  52  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000363867  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0606  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 194 aa  52  0.000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.288267  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0619  TetR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 194 aa  52  0.000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.594999  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>