More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0003 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
402 aa  790    Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  82.38 
 
 
386 aa  618  1e-176  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  52.85 
 
 
379 aa  400  9.999999999999999e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.11 
 
 
375 aa  392  1e-108  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.81 
 
 
380 aa  391  1e-107  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.55 
 
 
379 aa  384  1e-105  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.24 
 
 
378 aa  372  1e-102  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  52.05 
 
 
387 aa  372  1e-102  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.5 
 
 
408 aa  369  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  50.75 
 
 
376 aa  367  1e-100  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51 
 
 
376 aa  366  1e-100  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  49.25 
 
 
376 aa  359  5e-98  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.82 
 
 
396 aa  355  5e-97  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  49.63 
 
 
396 aa  355  1e-96  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  49.52 
 
 
388 aa  351  1e-95  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.65 
 
 
377 aa  349  6e-95  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.12 
 
 
377 aa  345  7e-94  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.38 
 
 
378 aa  345  8.999999999999999e-94  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  50.74 
 
 
386 aa  344  1e-93  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  49.38 
 
 
377 aa  340  4e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.63 
 
 
374 aa  338  9e-92  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  47.63 
 
 
374 aa  338  9.999999999999999e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  45.5 
 
 
374 aa  338  9.999999999999999e-92  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.38 
 
 
398 aa  338  9.999999999999999e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  47.04 
 
 
379 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  45.41 
 
 
398 aa  337  2.9999999999999997e-91  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  46.42 
 
 
378 aa  336  5e-91  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  47.3 
 
 
378 aa  332  5e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  49.65 
 
 
404 aa  332  6e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  50.86 
 
 
379 aa  332  1e-89  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  45.97 
 
 
402 aa  331  1e-89  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.25 
 
 
398 aa  331  1e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.25 
 
 
398 aa  330  2e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  46.25 
 
 
398 aa  330  2e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.27 
 
 
408 aa  324  1e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  44.55 
 
 
374 aa  318  1e-85  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  45 
 
 
365 aa  317  2e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  48.02 
 
 
383 aa  313  2.9999999999999996e-84  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  45.58 
 
 
433 aa  313  3.9999999999999997e-84  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  44.99 
 
 
384 aa  306  3e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.19 
 
 
380 aa  300  3e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  44.78 
 
 
364 aa  291  1e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  36.23 
 
 
374 aa  271  1e-71  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  37.47 
 
 
374 aa  265  1e-69  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  30.27 
 
 
366 aa  169  1e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.3 
 
 
369 aa  155  1e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  27.3 
 
 
365 aa  153  5.9999999999999996e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.24 
 
 
366 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.24 
 
 
366 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.3 
 
 
385 aa  149  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  28.47 
 
 
365 aa  148  2.0000000000000003e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.3 
 
 
385 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.06 
 
 
385 aa  147  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.81 
 
 
385 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.86 
 
 
365 aa  145  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.46 
 
 
375 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  27.41 
 
 
366 aa  143  4e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.41 
 
 
366 aa  142  9e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.41 
 
 
366 aa  142  9e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.41 
 
 
366 aa  142  9e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.41 
 
 
366 aa  142  9e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.41 
 
 
366 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  24.44 
 
 
366 aa  140  3e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.41 
 
 
366 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.16 
 
 
366 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  27.16 
 
 
366 aa  139  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  26.73 
 
 
366 aa  138  2e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000108126  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  27.16 
 
 
366 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.72 
 
 
367 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.09 
 
 
397 aa  135  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  28.22 
 
 
367 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.5 
 
 
366 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.22 
 
 
367 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.34 
 
 
366 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  27.16 
 
 
366 aa  134  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  27.97 
 
 
367 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.34 
 
 
366 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  27.75 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  27.75 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  27.34 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.15 
 
 
367 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.75 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  27.52 
 
 
366 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  27.35 
 
 
362 aa  130  3e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.69 
 
 
367 aa  131  3e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000146926  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.38 
 
 
369 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.17 
 
 
366 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  26.54 
 
 
366 aa  130  6e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234864  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0251  DNA polymerase III, beta subunit  32.32 
 
 
365 aa  129  6e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.69 
 
 
366 aa  130  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  25 
 
 
366 aa  129  7.000000000000001e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.69 
 
 
366 aa  129  9.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.81 
 
 
367 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  28.47 
 
 
367 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0001  DNA polymerase III, beta subunit  25.97 
 
 
365 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.336764  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  26.24 
 
 
367 aa  129  1.0000000000000001e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000874025  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  27.23 
 
 
366 aa  128  1.0000000000000001e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.97 
 
 
365 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000318907  decreased coverage  0.000394754 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.09 
 
 
366 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.8 
 
 
366 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>