242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2385 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_2385  putative GAF sensor protein  100 
 
 
185 aa  378  1e-104  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0490708  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0158  putative phytochrome sensor protein  68.85 
 
 
184 aa  263  1e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1439  putative phytochrome sensor protein  59.22 
 
 
187 aa  225  3e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0339  putative phytochrome sensor protein  46.2 
 
 
189 aa  181  6e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.482314  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2891  putative phytochrome sensor protein  47.31 
 
 
186 aa  162  3e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0335936  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3737  hypothetical protein  44.86 
 
 
244 aa  161  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1467  putative GAF sensor protein  46.41 
 
 
186 aa  150  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0208193 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1857  putative GAF sensor protein  40.48 
 
 
194 aa  141  6e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1669  putative GAF sensor protein  36.36 
 
 
202 aa  111  5e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3729  putative GAF sensor protein  35.58 
 
 
187 aa  103  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  29.51 
 
 
342 aa  73.9  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2479  putative phytochrome sensor protein  25.77 
 
 
189 aa  73.9  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  27.87 
 
 
353 aa  70.5  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  31.06 
 
 
356 aa  69.7  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  31.06 
 
 
356 aa  69.7  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2228  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.09 
 
 
654 aa  68.2  0.00000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.728607  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_655  hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase  27.92 
 
 
473 aa  67.8  0.00000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00597549  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1201  metal dependent phosphohydrolase  32.52 
 
 
719 aa  66.6  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2150  metal dependent phosphohydrolase  29.45 
 
 
718 aa  66.6  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.070124 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0677  putative GAF sensor protein  27.92 
 
 
466 aa  64.7  0.0000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000194317  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1941  metal dependent phosphohydrolase  30.91 
 
 
357 aa  64.7  0.0000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000817968  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2453  serine phosphatase  29.34 
 
 
438 aa  62.8  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1217  metal dependent phosphohydrolase  27.49 
 
 
371 aa  62  0.000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.94 
 
 
2161 aa  62  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.354922 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3371  putative PAS/PAC sensor protein  28.49 
 
 
649 aa  61.6  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00785192 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.56 
 
 
2783 aa  60.1  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.296104 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.92 
 
 
353 aa  59.7  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4451  signal transduction histidine kinase  24.26 
 
 
647 aa  59.7  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0783644  hitchhiker  0.000419686 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5580  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.7 
 
 
699 aa  58.9  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0190821  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3631  signal transduction histidine kinase  26.63 
 
 
666 aa  58.9  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281267  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4627  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.26 
 
 
662 aa  58.5  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.622134  hitchhiker  0.00510111 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0186  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.19 
 
 
857 aa  57.8  0.00000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0679  metal dependent phosphohydrolase  28.9 
 
 
571 aa  57.4  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0771  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.78 
 
 
880 aa  57.4  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0538  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.78 
 
 
860 aa  57  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.883741  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2295  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.6 
 
 
905 aa  56.6  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.98 
 
 
719 aa  56.2  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.688425  normal  0.99318 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2814  putative PAS/PAC sensor protein  25.31 
 
 
1335 aa  55.5  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.988399 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4114  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 
3470 aa  55.5  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4452  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.95 
 
 
2153 aa  55.5  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.758306 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.81 
 
 
634 aa  54.7  0.0000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000423635  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2404  phosphoenolpyruvate--protein phosphotransferase  28.48 
 
 
784 aa  54.7  0.0000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0011664  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  33.73 
 
 
637 aa  54.7  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0400  adenylate/guanylate cyclase  28.4 
 
 
864 aa  54.7  0.0000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.94 
 
 
544 aa  54.3  0.0000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0745  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  30.94 
 
 
755 aa  53.9  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0348  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  29.94 
 
 
756 aa  54.3  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.130552 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3238  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  29.09 
 
 
662 aa  53.9  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0144494  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3089  metal dependent phosphohydrolase  27.91 
 
 
366 aa  53.9  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0080  GAF domain-containing protein  32.26 
 
 
648 aa  53.1  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.920818  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  37.8 
 
 
614 aa  53.5  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4135  putative PAS/PAC sensor protein  25.84 
 
 
650 aa  53.1  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.479739  hitchhiker  0.00000143987 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5330  putative phytochrome sensor protein  36.9 
 
 
627 aa  52.8  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  27.32 
 
 
374 aa  52.8  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2935  putative GAF sensor protein  25.49 
 
 
242 aa  52.4  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000271944  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1618  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.38 
 
 
711 aa  52.8  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.491163 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3230  signal transduction histidine kinase  30.12 
 
 
636 aa  52  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00732898  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1908  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor and FHA domain  28.18 
 
 
518 aa  52  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.136997  normal  0.266082 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1756  PTSINtr with GAF domain, PtsP  27.33 
 
 
781 aa  51.6  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0090097  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3744  putative GAF sensor protein  26.44 
 
 
323 aa  51.6  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0447  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.85 
 
 
1527 aa  51.6  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2528  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  26.11 
 
 
579 aa  51.2  0.000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0446  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.85 
 
 
1527 aa  51.2  0.000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2414  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.67 
 
 
545 aa  51.2  0.000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1116  hypothetical protein  25.49 
 
 
245 aa  50.4  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0602606  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1253  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  26.54 
 
 
1332 aa  50.8  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3744  GAF/PAS/PAC sensor-containing adenylate/guanylate cyclase  27.71 
 
 
858 aa  50.8  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2232  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  24.39 
 
 
781 aa  50.8  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000474033  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1638  putative adenylate/guanylate cyclase  28.57 
 
 
515 aa  50.4  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.739692  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  42.11 
 
 
819 aa  50.4  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1133  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  26.54 
 
 
744 aa  50.4  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000186405  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2079  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  25.84 
 
 
505 aa  49.7  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2594  hypothetical protein  29.31 
 
 
657 aa  49.7  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0722689  normal  0.479427 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3170  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.26 
 
 
911 aa  49.7  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0418  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.11 
 
 
1527 aa  50.1  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4896  transcriptional regulator, CdaR  27.43 
 
 
616 aa  50.1  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3197  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  27.91 
 
 
749 aa  50.1  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00965467  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2045  metal dependent phosphohydrolase  26.16 
 
 
373 aa  50.1  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.803605  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0691  metal dependent phosphohydrolase  26.04 
 
 
392 aa  50.1  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3064  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.72 
 
 
544 aa  50.1  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.980645 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2339  putative transcriptional regulator, PucR family  39.06 
 
 
705 aa  50.1  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00013602  hitchhiker  0.000729233 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0905  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  27.91 
 
 
748 aa  50.1  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0677572  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  34.52 
 
 
645 aa  50.1  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.83 
 
 
677 aa  49.3  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0536  CdaR family transcriptional regulator  25.68 
 
 
659 aa  49.3  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.289228  hitchhiker  0.00416894 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.98 
 
 
958 aa  49.3  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1039  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  25.16 
 
 
743 aa  49.3  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00843837  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  22.78 
 
 
792 aa  49.7  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1744  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  28.78 
 
 
755 aa  49.3  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.32 
 
 
1014 aa  49.3  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4980  GAF sensor signal transduction histidine kinase  43.1 
 
 
631 aa  48.9  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.691708  normal  0.877049 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3068  serine phosphatase  29.7 
 
 
612 aa  48.9  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266208  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3398  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  27.13 
 
 
748 aa  48.9  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00100115  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2313  PTS system, enzyme I, transcriptional regulator PtsP  26.01 
 
 
782 aa  48.5  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2148  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.35 
 
 
819 aa  48.9  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.233006  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.21 
 
 
1017 aa  48.5  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.75 
 
 
797 aa  48.5  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  37.18 
 
 
619 aa  48.5  0.00006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2161  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor(s)  25.32 
 
 
1020 aa  48.1  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0428251  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5201  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  27.67 
 
 
728 aa  48.1  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.171311  normal  0.162808 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>