166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_3729 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_3729  putative GAF sensor protein  100 
 
 
187 aa  381  1e-105  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1857  putative GAF sensor protein  44.05 
 
 
194 aa  162  3e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3737  hypothetical protein  40 
 
 
244 aa  121  7e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1669  putative GAF sensor protein  33.33 
 
 
202 aa  116  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0339  putative phytochrome sensor protein  36.75 
 
 
189 aa  115  5e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.482314  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2891  putative phytochrome sensor protein  39.88 
 
 
186 aa  114  6.9999999999999995e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0335936  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1439  putative phytochrome sensor protein  34.73 
 
 
187 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0158  putative phytochrome sensor protein  35.58 
 
 
184 aa  104  7e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2385  putative GAF sensor protein  35.58 
 
 
185 aa  103  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0490708  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2479  putative phytochrome sensor protein  34.03 
 
 
189 aa  92.8  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1467  putative GAF sensor protein  36.67 
 
 
186 aa  90.9  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0208193 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.74 
 
 
356 aa  71.6  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2232  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  26.29 
 
 
781 aa  66.2  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000474033  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3631  signal transduction histidine kinase  30.54 
 
 
666 aa  65.9  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281267  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2264  putative GAF sensor protein  24.07 
 
 
236 aa  64.3  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2404  phosphoenolpyruvate--protein phosphotransferase  28.14 
 
 
784 aa  63.2  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0011664  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  27.27 
 
 
353 aa  60.8  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1703  PTSINtr with GAF domain, PtsP  25.27 
 
 
780 aa  60.5  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.57578e-17 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2516  PTSINtr with GAF domain, PtsP  25.27 
 
 
780 aa  60.1  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000436421  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  31.62 
 
 
515 aa  59.7  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1201  metal dependent phosphohydrolase  25.43 
 
 
719 aa  60.5  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.15 
 
 
2783 aa  60.5  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.296104 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4627  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.57 
 
 
662 aa  59.3  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.622134  hitchhiker  0.00510111 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2313  PTS system, enzyme I, transcriptional regulator PtsP  27.22 
 
 
782 aa  58.9  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0748  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.86 
 
 
815 aa  59.3  0.00000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4451  signal transduction histidine kinase  24 
 
 
647 aa  58.9  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0783644  hitchhiker  0.000419686 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4768  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  24.39 
 
 
1480 aa  58.9  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  25.15 
 
 
342 aa  58.5  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3230  signal transduction histidine kinase  27.11 
 
 
636 aa  58.5  0.00000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00732898  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1116  hypothetical protein  27.85 
 
 
245 aa  57.4  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0602606  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2150  metal dependent phosphohydrolase  27.27 
 
 
718 aa  57  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.070124 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0186  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.61 
 
 
857 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2905  putative GAF sensor protein  26.44 
 
 
782 aa  57  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000121326  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0447  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.51 
 
 
1527 aa  56.2  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1941  metal dependent phosphohydrolase  23.12 
 
 
357 aa  56.2  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000817968  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.6 
 
 
677 aa  55.8  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.54 
 
 
353 aa  55.5  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2499  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  26.37 
 
 
957 aa  55.5  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.628106  normal  0.769914 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_655  hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase  25.53 
 
 
473 aa  55.1  0.0000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00597549  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2680  putative GAF sensor protein  27.78 
 
 
245 aa  54.7  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.181755  normal  0.469967 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0418  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.3 
 
 
1527 aa  54.7  0.0000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0400  adenylate/guanylate cyclase  25.54 
 
 
864 aa  54.7  0.0000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0691  metal dependent phosphohydrolase  26.04 
 
 
392 aa  54.3  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0446  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.54 
 
 
1527 aa  53.9  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.38 
 
 
362 aa  54.3  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0677  putative GAF sensor protein  26.24 
 
 
466 aa  54.3  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000194317  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2935  putative GAF sensor protein  28.4 
 
 
242 aa  54.3  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000271944  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1618  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.7 
 
 
711 aa  53.9  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.491163 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.06 
 
 
719 aa  54.3  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.688425  normal  0.99318 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.17 
 
 
1519 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0865128  normal  0.147126 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2228  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.59 
 
 
654 aa  52  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.728607  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0538  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.06 
 
 
860 aa  52  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.883741  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1010  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  33.33 
 
 
755 aa  52  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.522494  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0771  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.76 
 
 
880 aa  52  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2004  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
634 aa  52  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000423635  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3555  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  24.14 
 
 
325 aa  51.6  0.000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00506261  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0320  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  25.95 
 
 
759 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.874945  normal  0.406154 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.72 
 
 
2161 aa  51.6  0.000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.354922 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4452  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.11 
 
 
2153 aa  51.2  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.758306 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5145  PTSINtr with GAF domain, PtsP  25.32 
 
 
759 aa  51.2  0.000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.498029  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5052  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  25.32 
 
 
759 aa  51.2  0.000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  24.86 
 
 
374 aa  51.2  0.000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5198  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  25.32 
 
 
759 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5377  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  25.32 
 
 
759 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.839628  normal  0.0308961 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3439  serine phosphatase  28.32 
 
 
584 aa  50.4  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  24.85 
 
 
356 aa  49.7  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0218  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.07 
 
 
695 aa  49.7  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  29.41 
 
 
681 aa  49.3  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1756  PTSINtr with GAF domain, PtsP  25 
 
 
781 aa  49.3  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0090097  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  24.85 
 
 
356 aa  49.3  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4061  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.14 
 
 
885 aa  49.7  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.193403  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0612  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 
440 aa  48.9  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0127194  normal  0.714429 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3916  transcriptional regulator, CdaR  32.98 
 
 
614 aa  48.9  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.3459  normal  0.0290883 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0204  fused phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP/GAF domain  24.87 
 
 
748 aa  48.9  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6937  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.86 
 
 
580 aa  48.9  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3170  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.92 
 
 
911 aa  48.9  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2820  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.63 
 
 
545 aa  48.1  0.00006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.771324  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0091  adenylate/guanylate cyclase  23.91 
 
 
859 aa  48.1  0.00007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.101175 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0397  PTSINtr with GAF domain, PtsP  27.16 
 
 
755 aa  48.1  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330427  normal  0.719594 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8514  putative transcriptional regulator, PucR family  28.22 
 
 
637 aa  48.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.484421  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2453  serine phosphatase  28.57 
 
 
438 aa  47.8  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2814  putative PAS/PAC sensor protein  20.99 
 
 
1335 aa  47  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.988399 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1055  putative signal transduction histidine kinase  28.72 
 
 
401 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.64157  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1071  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.72 
 
 
401 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0809665 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1082  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.72 
 
 
401 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1908  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor and FHA domain  26.32 
 
 
518 aa  47.8  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.136997  normal  0.266082 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6450  signal transduction histidine kinase  25.2 
 
 
635 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2364  signal transduction histidine kinase  23.12 
 
 
633 aa  47.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.932865  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10050  transcriptional regulator, CdaR family  33.71 
 
 
619 aa  47  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2497  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.71 
 
 
1168 aa  47  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.436801 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3744  GAF/PAS/PAC sensor-containing adenylate/guanylate cyclase  30.3 
 
 
858 aa  47  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2162  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  23.24 
 
 
1017 aa  46.2  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.266871  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.29 
 
 
756 aa  47  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2849  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  23.03 
 
 
961 aa  46.6  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.230006  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0428  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  24.84 
 
 
754 aa  45.8  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2230  GAF sensor hybrid histidine kinase  23.26 
 
 
707 aa  46.2  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.129446  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5284  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  24.68 
 
 
759 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4842  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  24.68 
 
 
759 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.75 
 
 
591 aa  45.8  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.456575  normal  0.950737 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6792  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.14 
 
 
585 aa  45.8  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>