166 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_1669 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_1669  putative GAF sensor protein  100 
 
 
202 aa  413  1e-114  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1857  putative GAF sensor protein  40.61 
 
 
194 aa  128  6e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1439  putative phytochrome sensor protein  39.64 
 
 
187 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3729  putative GAF sensor protein  33.33 
 
 
187 aa  116  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2385  putative GAF sensor protein  36.36 
 
 
185 aa  111  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0490708  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3737  hypothetical protein  35.37 
 
 
244 aa  106  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2891  putative phytochrome sensor protein  40.91 
 
 
186 aa  105  5e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0335936  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1467  putative GAF sensor protein  38.46 
 
 
186 aa  101  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0208193 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0339  putative phytochrome sensor protein  34.42 
 
 
189 aa  100  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.482314  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0158  putative phytochrome sensor protein  32.54 
 
 
184 aa  97.4  1e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2479  putative phytochrome sensor protein  31.61 
 
 
189 aa  93.6  2e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_655  hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase  35.71 
 
 
473 aa  92  5e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00597549  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0677  putative GAF sensor protein  36.51 
 
 
466 aa  89  5e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000194317  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1201  metal dependent phosphohydrolase  29.34 
 
 
719 aa  66.2  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4451  signal transduction histidine kinase  25.62 
 
 
647 aa  65.9  0.0000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0783644  hitchhiker  0.000419686 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4217  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  25.86 
 
 
759 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0320  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  27.01 
 
 
759 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.874945  normal  0.406154 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4627  GAF sensor signal transduction histidine kinase  24.38 
 
 
662 aa  63.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.622134  hitchhiker  0.00510111 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5145  PTSINtr with GAF domain, PtsP  26.44 
 
 
759 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.498029  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2150  metal dependent phosphohydrolase  27.54 
 
 
718 aa  63.5  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.070124 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5052  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  26.44 
 
 
759 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5198  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  26.44 
 
 
759 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5284  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  26.44 
 
 
759 aa  62  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4842  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  26.44 
 
 
759 aa  62  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5377  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  26.44 
 
 
759 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.839628  normal  0.0308961 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48230  Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  24.86 
 
 
759 aa  60.8  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.492707  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0538  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.5 
 
 
860 aa  60.8  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.883741  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3631  signal transduction histidine kinase  24.14 
 
 
666 aa  60.5  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281267  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0771  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.5 
 
 
880 aa  60.5  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0397  PTSINtr with GAF domain, PtsP  26.28 
 
 
755 aa  58.9  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330427  normal  0.719594 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3576  GAF sensor signal transduction histidine kinase  26.11 
 
 
705 aa  58.9  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1217  metal dependent phosphohydrolase  25.24 
 
 
371 aa  58.9  0.00000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04410  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  24.71 
 
 
759 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.210581  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0430  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  24.71 
 
 
759 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.871457  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1941  metal dependent phosphohydrolase  27.01 
 
 
357 aa  58.2  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000817968  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0691  metal dependent phosphohydrolase  26.99 
 
 
392 aa  56.2  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.97 
 
 
677 aa  56.6  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2045  metal dependent phosphohydrolase  24.34 
 
 
373 aa  55.8  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.803605  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1133  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  25.79 
 
 
744 aa  55.5  0.0000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000186405  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  24 
 
 
553 aa  54.7  0.0000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2264  putative GAF sensor protein  25.49 
 
 
236 aa  54.7  0.0000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2478  hypothetical protein  29.87 
 
 
299 aa  54.3  0.000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  29.87 
 
 
565 aa  54.7  0.000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0348  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  24.35 
 
 
756 aa  53.9  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.130552 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1143  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  26.35 
 
 
744 aa  53.5  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0190957  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2228  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.13 
 
 
654 aa  53.9  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.728607  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6792  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  28.41 
 
 
585 aa  53.9  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.07 
 
 
1095 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3042  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  26.35 
 
 
744 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00619839  normal  0.738534 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2911  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.42 
 
 
642 aa  52.8  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1618  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.58 
 
 
711 aa  52.8  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.491163 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5580  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.93 
 
 
699 aa  53.1  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0190821  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3230  signal transduction histidine kinase  23.12 
 
 
636 aa  53.1  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00732898  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2864  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  26.35 
 
 
744 aa  52.8  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000439505  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2946  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  25.15 
 
 
744 aa  52.8  0.000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00960304  normal  0.595887 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6450  signal transduction histidine kinase  28.67 
 
 
635 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1919  Fis family transcriptional regulator  26.87 
 
 
545 aa  52.4  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1039  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  22.37 
 
 
743 aa  52.4  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00843837  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  28.49 
 
 
353 aa  52  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1332  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  26.35 
 
 
744 aa  51.6  0.000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0503  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  25.34 
 
 
760 aa  51.6  0.000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0356191 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3128  PTSINtr with GAF domain, PtsP  25.75 
 
 
744 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000159427  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1185  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  24.55 
 
 
744 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000619187  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1229  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  25.75 
 
 
744 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00679774  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3170  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.22 
 
 
911 aa  50.8  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.58 
 
 
719 aa  50.8  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.688425  normal  0.99318 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1262  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  25.75 
 
 
744 aa  51.2  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00847446  normal  0.0851964 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  29.21 
 
 
470 aa  50.4  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0485  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.01 
 
 
726 aa  50.4  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0662755 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1253  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  25 
 
 
1332 aa  49.7  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2232  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  23.6 
 
 
781 aa  49.7  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000474033  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0519  multi-sensor signal transduction histidine kinase  22.04 
 
 
1532 aa  49.7  0.00003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  27.84 
 
 
462 aa  49.7  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1228  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  24.1 
 
 
744 aa  48.9  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0147001  hitchhiker  0.0051402 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0954  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  25.14 
 
 
733 aa  48.9  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.85 
 
 
530 aa  48.5  0.00006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3573  GAF sensor signal transduction histidine kinase  21.62 
 
 
650 aa  48.5  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.287908 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  27.27 
 
 
462 aa  48.1  0.00008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4116  putative PAS/PAC sensor protein  36 
 
 
982 aa  48.1  0.00008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.147835  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1527  Fis family transcriptional regulator  26.4 
 
 
537 aa  47.8  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1991  GAF sensor signal transduction histidine kinase  27.94 
 
 
755 aa  47.8  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00423484  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2966  transcriptional regulator NifA  27.69 
 
 
515 aa  47.8  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2364  signal transduction histidine kinase  24.49 
 
 
633 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.932865  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  24.52 
 
 
447 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0508  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  22.22 
 
 
495 aa  47.8  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4768  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  22.66 
 
 
1480 aa  47.8  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1295  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor(s)  24.71 
 
 
584 aa  47  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1264  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor(s)  24.71 
 
 
584 aa  47  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3790  GAF sensor signal transduction histidine kinase  23.59 
 
 
689 aa  47  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.296529  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0428  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  21.54 
 
 
754 aa  47  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0884  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  20.25 
 
 
755 aa  46.6  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3089  metal dependent phosphohydrolase  26.44 
 
 
366 aa  46.6  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1396  diguanylate cyclase  31.17 
 
 
356 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.75781 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2414  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  23.27 
 
 
756 aa  47  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  25.15 
 
 
356 aa  46.6  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  25.15 
 
 
356 aa  47  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  27.2 
 
 
549 aa  46.6  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1594  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.13 
 
 
780 aa  46.2  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.111266  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0218  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
695 aa  46.2  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2329  sensor histidine kinase/GAF domain-containing protein  25.87 
 
 
760 aa  46.2  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.412678  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>