294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_2891 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_2891  putative phytochrome sensor protein  100 
 
 
186 aa  376  1e-103  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0335936  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3737  hypothetical protein  55.38 
 
 
244 aa  207  5e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1439  putative phytochrome sensor protein  53.63 
 
 
187 aa  194  7e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0158  putative phytochrome sensor protein  48.33 
 
 
184 aa  179  1e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2385  putative GAF sensor protein  47.31 
 
 
185 aa  179  2e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0490708  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0339  putative phytochrome sensor protein  48.33 
 
 
189 aa  177  5.999999999999999e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.482314  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1467  putative GAF sensor protein  46.45 
 
 
186 aa  147  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0208193 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1857  putative GAF sensor protein  42.53 
 
 
194 aa  138  4.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3729  putative GAF sensor protein  39.88 
 
 
187 aa  125  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1669  putative GAF sensor protein  40.91 
 
 
202 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2479  putative phytochrome sensor protein  30.87 
 
 
189 aa  72  0.000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_655  hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase  30.87 
 
 
473 aa  70.5  0.00000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00597549  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1201  metal dependent phosphohydrolase  31.55 
 
 
719 aa  69.3  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2414  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.05 
 
 
545 aa  69.7  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 
2783 aa  69.7  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.296104 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3064  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.69 
 
 
544 aa  68.6  0.00000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.980645 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  32.75 
 
 
356 aa  68.2  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  32.75 
 
 
356 aa  67.8  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  30.36 
 
 
353 aa  67.8  0.00000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2404  phosphoenolpyruvate--protein phosphotransferase  33.33 
 
 
784 aa  66.6  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0011664  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  27.22 
 
 
342 aa  65.5  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0677  putative GAF sensor protein  30.25 
 
 
466 aa  64.7  0.0000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000194317  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1756  PTSINtr with GAF domain, PtsP  33.13 
 
 
781 aa  64.7  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0090097  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2045  metal dependent phosphohydrolase  31.33 
 
 
373 aa  64.7  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.803605  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2905  putative GAF sensor protein  33.33 
 
 
782 aa  63.2  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000121326  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4114  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.71 
 
 
3470 aa  62.4  0.000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0430  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  32.32 
 
 
759 aa  62  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.871457  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04410  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  32.32 
 
 
759 aa  62  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.210581  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2232  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  31.9 
 
 
781 aa  62  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000474033  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.86 
 
 
356 aa  61.6  0.000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2313  PTS system, enzyme I, transcriptional regulator PtsP  30.46 
 
 
782 aa  61.2  0.000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4451  signal transduction histidine kinase  32.12 
 
 
647 aa  60.8  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0783644  hitchhiker  0.000419686 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4217  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  32.32 
 
 
759 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0745  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  31.11 
 
 
755 aa  59.7  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0805  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.24 
 
 
2161 aa  59.7  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.354922 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48230  Phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  32.32 
 
 
759 aa  60.1  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.492707  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1253  protein serine phosphatase with GAF(s) sensor(s)  30.41 
 
 
1332 aa  59.3  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  29.23 
 
 
554 aa  59.3  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3230  signal transduction histidine kinase  27.17 
 
 
636 aa  59.7  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00732898  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1703  PTSINtr with GAF domain, PtsP  30.91 
 
 
780 aa  59.7  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.57578e-17 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2516  PTSINtr with GAF domain, PtsP  30.91 
 
 
780 aa  59.3  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000436421  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2814  putative PAS/PAC sensor protein  28.57 
 
 
1335 aa  58.9  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.988399 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4452  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.66 
 
 
2153 aa  58.5  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.758306 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1217  metal dependent phosphohydrolase  26.99 
 
 
371 aa  58.5  0.00000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4627  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 
662 aa  58.2  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.622134  hitchhiker  0.00510111 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1116  hypothetical protein  30 
 
 
245 aa  58.5  0.00000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0602606  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5145  PTSINtr with GAF domain, PtsP  31.1 
 
 
759 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.498029  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5052  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  31.1 
 
 
759 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5198  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  31.1 
 
 
759 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3631  signal transduction histidine kinase  27.11 
 
 
666 aa  57.8  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281267  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0320  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  31.1 
 
 
759 aa  57.8  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.874945  normal  0.406154 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0833  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.08 
 
 
722 aa  57.8  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.357142  unclonable  0.00000000104285 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.29 
 
 
1519 aa  57.4  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0865128  normal  0.147126 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0679  metal dependent phosphohydrolase  28.25 
 
 
571 aa  57  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5377  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  31.1 
 
 
759 aa  57  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.839628  normal  0.0308961 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0428  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  28.48 
 
 
754 aa  56.6  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1941  metal dependent phosphohydrolase  27.17 
 
 
357 aa  56.2  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000817968  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5284  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  31.1 
 
 
759 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4842  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  31.1 
 
 
759 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2503  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  27.91 
 
 
755 aa  55.8  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.118134 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5765  transcriptional regulator, CdaR  29.41 
 
 
553 aa  55.8  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.808305  normal  0.0531949 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2935  putative GAF sensor protein  27.56 
 
 
242 aa  56.2  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000271944  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3555  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  27.11 
 
 
325 aa  55.8  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00506261  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0884  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  30.19 
 
 
755 aa  55.8  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2264  putative GAF sensor protein  23.21 
 
 
236 aa  55.5  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0418  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.34 
 
 
1527 aa  55.1  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3068  serine phosphatase  28.65 
 
 
612 aa  55.5  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266208  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3089  metal dependent phosphohydrolase  25.43 
 
 
366 aa  55.1  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2295  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.09 
 
 
905 aa  55.5  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0027  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.68 
 
 
917 aa  55.1  0.0000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0446  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.34 
 
 
1527 aa  54.7  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1133  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  25.58 
 
 
744 aa  54.7  0.0000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000186405  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0447  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.34 
 
 
1527 aa  54.7  0.0000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1908  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor and FHA domain  29.88 
 
 
518 aa  54.3  0.0000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.136997  normal  0.266082 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.95 
 
 
677 aa  53.9  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.32 
 
 
353 aa  54.3  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4842  putative phytochrome sensor protein  39.02 
 
 
645 aa  53.9  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3218  Stage II sporulation E family protein  26.4 
 
 
630 aa  53.9  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.717708  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.24 
 
 
719 aa  54.3  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.688425  normal  0.99318 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3439  serine phosphatase  28.05 
 
 
584 aa  53.5  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3956  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase  27.33 
 
 
754 aa  53.1  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1228  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  27.88 
 
 
744 aa  52.4  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0147001  hitchhiker  0.0051402 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1039  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  26.42 
 
 
743 aa  52.4  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00843837  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.99 
 
 
544 aa  52.4  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1638  putative adenylate/guanylate cyclase  30.3 
 
 
515 aa  52  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.739692  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2453  serine phosphatase  33.53 
 
 
438 aa  52  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0863  phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase PtsP  30.53 
 
 
747 aa  52.4  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0258  two component sensor histidine kinase  27.98 
 
 
556 aa  52  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  28.49 
 
 
374 aa  52  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3155  adenylate/guanylate cyclase  20.91 
 
 
1172 aa  52  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.386213  hitchhiker  0.00095291 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.07 
 
 
362 aa  51.6  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2161  adenylate/guanylate cyclase with GAF sensor(s)  28.16 
 
 
1020 aa  51.6  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0428251  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4272  putative PAS/PAC sensor protein  25.57 
 
 
919 aa  51.6  0.000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.312579  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0719  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.22 
 
 
531 aa  51.6  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2680  putative GAF sensor protein  28 
 
 
245 aa  51.2  0.000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.181755  normal  0.469967 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2704  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.95 
 
 
494 aa  51.2  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0570321  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0186  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.94 
 
 
857 aa  51.2  0.000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.55 
 
 
958 aa  50.4  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0771  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.74 
 
 
880 aa  50.8  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2797  diguanylate cyclase  26.95 
 
 
494 aa  50.8  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129294  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>