174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0904 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_0904  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 271 aa  530  1e-149  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0022796 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  35.93 
 
 		 194 aa  125  7e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  48.51 
 
 		 184 aa  95.5  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  27.23 
 
 		 184 aa  94.7  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  32.84 
 
 		 187 aa  94.7  2e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  45.54 
 
 		 184 aa  91.7  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  49.53 
 
 		 195 aa  89.4  6e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  44.9 
 
 		 186 aa  89  7e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  35.58 
 
 		 189 aa  89  8e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1741  2'-5' RNA ligase  45.92 
 
 		 187 aa  88.6  9e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.000285675 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  29.63 
 
 		 193 aa  87.8  2e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  35.07 
 
 		 186 aa  87.8  2e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  48.08 
 
 		 179 aa  86.7  4e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  41.35 
 
 		 179 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  39.18 
 
 		 184 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  33.96 
 
 		 190 aa  83.6  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  31.74 
 
 		 189 aa  82.8  0.000000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  29.75 
 
 		 183 aa  82.4  0.000000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  28.66 
 
 		 193 aa  82  0.000000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  47.66 
 
 		 194 aa  80.9  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  47.66 
 
 		 194 aa  80.9  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 182 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  35.22 
 
 		 184 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  47.66 
 
 		 194 aa  80.1  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  25.48 
 
 		 182 aa  80.1  0.00000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  30.38 
 
 		 187 aa  79.7  0.00000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  27.85 
 
 		 188 aa  79.7  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  42.65 
 
 		 200 aa  79  0.00000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 187 aa  78.6  0.00000000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  26.8 
 
 		 193 aa  78.2  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  34.95 
 
 		 189 aa  78.6  0.0000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  34.82 
 
 		 194 aa  78.6  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  28.48 
 
 		 180 aa  77.8  0.0000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  34.43 
 
 		 190 aa  77  0.0000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  30.08 
 
 		 194 aa  76.6  0.0000000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  40.19 
 
 		 188 aa  76.6  0.0000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  29.94 
 
 		 181 aa  76.6  0.0000000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1580  2'-5' RNA ligase  38.32 
 
 		 181 aa  76.3  0.0000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  30.57 
 
 		 179 aa  75.9  0.0000000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  31.68 
 
 		 192 aa  75.1  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  42.72 
 
 		 177 aa  74.7  0.000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  32.02 
 
 		 201 aa  73.9  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  32.87 
 
 		 185 aa  72.8  0.000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  42.57 
 
 		 186 aa  72.8  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  34.19 
 
 		 185 aa  72  0.000000000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  35.22 
 
 		 179 aa  72  0.000000000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  37.27 
 
 		 190 aa  71.2  0.00000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  34.34 
 
 		 180 aa  71.6  0.00000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0370  hypothetical protein  36.54 
 
 		 154 aa  70.5  0.00000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  27.78 
 
 		 182 aa  70.9  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  32.71 
 
 		 184 aa  70.5  0.00000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  24.73 
 
 		 183 aa  70.1  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  40.19 
 
 		 195 aa  70.1  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  39.82 
 
 		 190 aa  69.7  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  41.27 
 
 		 180 aa  69.7  0.00000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  35.58 
 
 		 189 aa  68.9  0.00000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  41.82 
 
 		 196 aa  68.9  0.00000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1238  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 186 aa  68.9  0.00000000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  32.71 
 
 		 189 aa  68.6  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  25.94 
 
 		 193 aa  68.2  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  40.38 
 
 		 185 aa  68.2  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  37 
 
 		 199 aa  67  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  41.67 
 
 		 193 aa  66.2  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  22.29 
 
 		 183 aa  65.9  0.0000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  26.92 
 
 		 178 aa  65.9  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5904  2'-5' RNA ligase  37.9 
 
 		 298 aa  65.5  0.0000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.230551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  34.29 
 
 		 194 aa  65.5  0.0000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  41.12 
 
 		 182 aa  65.1  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  30.73 
 
 		 179 aa  65.1  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  33.98 
 
 		 197 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  33.98 
 
 		 197 aa  64.3  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  35.24 
 
 		 195 aa  64.3  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 187 aa  63.5  0.000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 187 aa  63.5  0.000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  32.61 
 
 		 199 aa  63.2  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8791  2'-5' RNA ligase  35.92 
 
 		 215 aa  63.2  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.825967 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  33.01 
 
 		 195 aa  62.8  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  30 
 
 		 181 aa  62.8  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  37.82 
 
 		 177 aa  62.8  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  35.92 
 
 		 183 aa  62  0.00000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0679  2'-5' RNA ligase  30.32 
 
 		 192 aa  61.6  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  29.56 
 
 		 177 aa  61.6  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0080  2'-5' RNA ligase  29.41 
 
 		 202 aa  61.6  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.91428  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  28.48 
 
 		 178 aa  60.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  34.95 
 
 		 186 aa  60.8  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  35.14 
 
 		 182 aa  60.8  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0821  2'-5' RNA ligase  41.51 
 
 		 188 aa  60.5  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  33.33 
 
 		 178 aa  60.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1157  2'-5' RNA ligase  31.07 
 
 		 189 aa  60.5  0.00000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  27.72 
 
 		 171 aa  60.1  0.00000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  21.02 
 
 		 174 aa  60.1  0.00000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  39.81 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  26.71 
 
 		 178 aa  59.7  0.00000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  19.11 
 
 		 171 aa  58.9  0.00000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1029  2'-5' RNA ligase  30.46 
 
 		 197 aa  58.9  0.00000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8886  2'-5' RNA ligase  33.75 
 
 		 190 aa  58.9  0.00000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.979447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1166  2'-5' RNA ligase  27.49 
 
 		 184 aa  58.5  0.0000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0869  2'-5' RNA ligase  27.49 
 
 		 184 aa  58.5  0.0000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4845  2'-5' RNA ligase  23.13 
 
 		 181 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  20.38 
 
 		 174 aa  57.4  0.0000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>