More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0974 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0974  integrase family protein  100 
 
 		 430 aa  895    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0711773  normal  0.0223597 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0890  integrase family protein  60.97 
 
 		 436 aa  553  1e-156  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.304857  normal  0.483711 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0539  integrase family protein  60.05 
 
 		 436 aa  547  1e-154  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.19804 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0952  integrase family protein  30.95 
 
 		 412 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.571908  normal  0.0199815 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5219  integrase family protein  32.25 
 
 		 406 aa  210  4e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4202  integrase family protein  30.95 
 
 		 406 aa  208  2e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2366  integrase family protein  31.63 
 
 		 415 aa  206  7e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0145  integrase family protein  32.06 
 
 		 411 aa  201  9.999999999999999e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.468231  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4345  phage integrase family protein  30.88 
 
 		 435 aa  185  2.0000000000000003e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1113  integrase  29.51 
 
 		 407 aa  181  2.9999999999999997e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11843  putative transposase  29.67 
 
 		 416 aa  175  9.999999999999999e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.383494  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1435  integrase  30.19 
 
 		 408 aa  155  1e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.102507 
 
 
-
 
NC_002950  PG0819  integrase  27.74 
 
 		 409 aa  137  5e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1454  integrase  27.74 
 
 		 409 aa  137  5e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0820  integrase  26.79 
 
 		 400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1453  integrase  26.79 
 
 		 400 aa  131  2.0000000000000002e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3248  integrase family protein  23.54 
 
 		 437 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00445  tyrosine type site-specific recombinase  24.54 
 
 		 405 aa  88.2  3e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.459489  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5336  integrase family protein  26.21 
 
 		 378 aa  79.7  0.00000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.850487 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1600  phage integrase family protein  25.84 
 
 		 404 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0838  integrase  22.09 
 
 		 432 aa  77.8  0.0000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.116388 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0616  integrase family protein  25.07 
 
 		 394 aa  77.4  0.0000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0211  integrase family protein  24.3 
 
 		 384 aa  76.6  0.0000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000967186 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5173  integrase family protein  23.17 
 
 		 411 aa  76.6  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.54702 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2069  phage integrase family protein  28.11 
 
 		 419 aa  76.6  0.0000000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0530977  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4262  integrase family protein  24.07 
 
 		 379 aa  74.3  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.62 
 
 		 324 aa  70.1  0.00000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0676  integrase family protein  23.9 
 
 		 390 aa  69.7  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  25.89 
 
 		 300 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2090  integrase family protein  23.92 
 
 		 392 aa  67.8  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.30003  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4000  phage integrase family protein  26.25 
 
 		 389 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  26.2 
 
 		 297 aa  67.4  0.0000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3281  integrase family protein  29.75 
 
 		 372 aa  67  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.739809 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  23.73 
 
 		 321 aa  66.2  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1729  hypothetical protein  20.24 
 
 		 404 aa  65.5  0.000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000763037 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1173  phage integrase family site specific recombinase  25.93 
 
 		 354 aa  64.7  0.000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  23.59 
 
 		 309 aa  64.3  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  23.59 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0063  integrase family protein  23.67 
 
 		 409 aa  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  23.59 
 
 		 309 aa  63.2  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  29.41 
 
 		 325 aa  62.8  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  23.92 
 
 		 300 aa  62.4  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  23.88 
 
 		 300 aa  62  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3592  phage integrase family protein  26.88 
 
 		 419 aa  61.6  0.00000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0585  integrase family protein  30.88 
 
 		 251 aa  61.6  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0893  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 304 aa  61.2  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0105661 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  23.96 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  24.83 
 
 		 300 aa  61.2  0.00000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  23.4 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  23.61 
 
 		 300 aa  60.5  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.13 
 
 		 322 aa  59.7  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0569  integrase family protein  32 
 
 		 251 aa  59.7  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0286562 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  25.34 
 
 		 297 aa  59.3  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  24.01 
 
 		 302 aa  59.3  0.0000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  25.1 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  22.22 
 
 		 300 aa  58.9  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  29.75 
 
 		 312 aa  58.9  0.0000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0052  phage integrase  29.3 
 
 		 312 aa  58.9  0.0000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  25.1 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  27.71 
 
 		 291 aa  58.9  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  24.4 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3139  phage integrase family protein  27.22 
 
 		 344 aa  58.9  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.424721  normal  0.214127 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1174  tyrosine recombinase XerD  29.46 
 
 		 300 aa  58.9  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.784052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  22.59 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  31.25 
 
 		 338 aa  57.8  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2633  phage integrase family protein  27.09 
 
 		 419 aa  58.2  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1462  Tn5520-like integrase (transfer factor)  21.38 
 
 		 402 aa  58.2  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.174557  normal  0.0965208 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  24.8 
 
 		 307 aa  57.8  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  29.05 
 
 		 319 aa  57.4  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  23.93 
 
 		 305 aa  57.8  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  25.23 
 
 		 332 aa  57.4  0.0000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  27.22 
 
 		 295 aa  57  0.0000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2584  integrase family protein  26.9 
 
 		 608 aa  57  0.0000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.81 
 
 		 330 aa  57  0.0000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  23.51 
 
 		 290 aa  57  0.0000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2671  integrase family protein  26.9 
 
 		 608 aa  57  0.0000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4727  integrase family protein  26.9 
 
 		 608 aa  57  0.0000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.99 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3191  tyrosine recombinase XerD subunit  30.47 
 
 		 300 aa  56.6  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0057  tyrosine recombinase XerD  28.66 
 
 		 312 aa  56.6  0.0000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  25.08 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.96 
 
 		 311 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  23.73 
 
 		 308 aa  56.6  0.0000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0142  integrase family protein  25.96 
 
 		 292 aa  56.6  0.0000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2521  integrase family protein  27.4 
 
 		 617 aa  56.2  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000524212  hitchhiker  0.00558917 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  26.74 
 
 		 309 aa  56.2  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.61 
 
 		 299 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.61 
 
 		 299 aa  55.8  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.63 
 
 		 299 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0015  Phage integrase  38.81 
 
 		 310 aa  55.8  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.230922  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0687  Phage integrase  38.81 
 
 		 310 aa  55.8  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.004827  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  26.14 
 
 		 311 aa  56.2  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  26.95 
 
 		 295 aa  55.8  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  25.17 
 
 		 295 aa  56.2  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1238  integrase family protein  27.4 
 
 		 617 aa  56.2  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.375916 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.61 
 
 		 299 aa  55.5  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  24.48 
 
 		 301 aa  55.5  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  22.85 
 
 		 297 aa  55.5  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.61 
 
 		 299 aa  55.5  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  22.14 
 
 		 305 aa  55.8  0.000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>