More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_1231 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 298 aa  615  1e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  57.81 
 
 		 339 aa  378  1e-104  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  56.86 
 
 		 306 aa  377  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 327 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 305 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 305 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  45.79 
 
 		 305 aa  269  5e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 300 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 300 aa  246  3e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 302 aa  185  9e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 325 aa  150  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 299 aa  149  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 361 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.01 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  29.01 
 
 		 320 aa  133  3e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 306 aa  133  5e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 345 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 348 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 342 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 342 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0788  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 334 aa  129  5.0000000000000004e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 349 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 314 aa  125  6e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  30.4 
 
 		 316 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 347 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 297 aa  122  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 316 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 293 aa  114  3e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 311 aa  113  5e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  27.33 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 315 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 311 aa  107  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 290 aa  106  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 295 aa  106  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 317 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  29.11 
 
 		 363 aa  105  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 310 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 310 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 310 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 324 aa  97.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  24.72 
 
 		 289 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 310 aa  94.7  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 313 aa  94  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 310 aa  92.4  7e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 310 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 		 292 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  27.06 
 
 		 296 aa  91.7  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  29.03 
 
 		 292 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 292 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 310 aa  90.1  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 303 aa  90.1  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 284 aa  89  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  25.69 
 
 		 303 aa  89  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  26 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  29.18 
 
 		 284 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3101  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.04033 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 292 aa  85.9  7e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4105  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 312 aa  85.9  8e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4978  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 309 aa  84.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1190  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0602294 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  28.65 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 322 aa  83.6  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0121  transcriptional regulator, LysR family  27.07 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  27.47 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0280  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 283 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>