More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4105 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_4105  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  611  9.999999999999999e-175  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2022  LysR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 293 aa  236  4e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.270738 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2420  LysR family transcriptional regulator  46.71 
 
 		 289 aa  222  6e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.133265  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4311  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 298 aa  205  9e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1802  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 278 aa  178  1e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  34.57 
 
 		 309 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 316 aa  129  6e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  34.57 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 311 aa  128  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 289 aa  127  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  34.57 
 
 		 316 aa  125  6e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0160  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 		 291 aa  123  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 298 aa  122  5e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 287 aa  122  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 317 aa  122  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  33.92 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  33.92 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 283 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 294 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2777  putative transcriptional regulator  32.18 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.214783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.6 
 
 		 291 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0991  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 302 aa  116  6e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  34.36 
 
 		 312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  34.36 
 
 		 312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  34.36 
 
 		 312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  34.36 
 
 		 312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  34.36 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  34.36 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  34.36 
 
 		 312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 287 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  35.8 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.04 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.42 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.04 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.04 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.04 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 287 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 285 aa  109  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1911  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0538  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 311 aa  109  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 295 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 293 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2517  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0282756 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1890  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 322 aa  107  3e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 323 aa  107  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 321 aa  107  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 283 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 322 aa  106  6e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1269  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 291 aa  105  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0299945  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 295 aa  105  7e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 283 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 283 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 290 aa  105  9e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 283 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2432  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 284 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  32.31 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  29.74 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 289 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 282 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 281 aa  104  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 292 aa  103  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  31 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0673  LysR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 310 aa  103  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.123933  decreased coverage  0.00380612 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 298 aa  103  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 284 aa  102  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 292 aa  102  7e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2994  LysR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 348 aa  102  8e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 290 aa  102  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2962  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 291 aa  102  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.710612 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3284  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 284 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4190  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 282 aa  102  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.417297 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>