More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3160 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013173  Dbac_3160  ribonuclease R  100 
 
 		 701 aa  1442    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0774  ribonuclease R  46.75 
 
 		 886 aa  642    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.223929 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2136  ribonuclease R  47.66 
 
 		 714 aa  655    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.101446  normal  0.136172 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2598  ribonuclease R  47.67 
 
 		 869 aa  633  1e-180  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000938061  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0925  ribonuclease R  46.86 
 
 		 1037 aa  635  1e-180  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0737  ribonuclease R  43.11 
 
 		 852 aa  504  1e-141  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.428134  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  36.26 
 
 		 763 aa  402  1e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  37.48 
 
 		 1055 aa  398  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  36.06 
 
 		 818 aa  392  1e-107  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  36.65 
 
 		 805 aa  389  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  35.56 
 
 		 763 aa  384  1e-105  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  36.6 
 
 		 777 aa  385  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  35 
 
 		 840 aa  385  1e-105  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  37.61 
 
 		 706 aa  384  1e-105  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1431  ribonuclease R  40.38 
 
 		 857 aa  382  1e-104  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.746592  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  37.2 
 
 		 842 aa  380  1e-104  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  37.04 
 
 		 737 aa  378  1e-103  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  36.57 
 
 		 720 aa  379  1e-103  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  34.37 
 
 		 759 aa  378  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  36.44 
 
 		 737 aa  378  1e-103  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  35.26 
 
 		 751 aa  377  1e-103  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  36.69 
 
 		 752 aa  377  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1447  ribonuclease R  40.03 
 
 		 910 aa  374  1e-102  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  40.44 
 
 		 858 aa  374  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  35.12 
 
 		 751 aa  375  1e-102  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  33.72 
 
 		 770 aa  370  1e-101  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  33.99 
 
 		 746 aa  370  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  33.99 
 
 		 746 aa  370  1e-101  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  36.47 
 
 		 819 aa  369  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  35.28 
 
 		 735 aa  366  1e-100  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  35.58 
 
 		 838 aa  369  1e-100  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1526  ribonuclease R  40.16 
 
 		 857 aa  367  1e-100  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.420237  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  35.44 
 
 		 836 aa  365  2e-99  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  34.39 
 
 		 788 aa  365  2e-99  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  34.61 
 
 		 806 aa  363  4e-99  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  34.02 
 
 		 801 aa  363  5.0000000000000005e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  34.88 
 
 		 792 aa  362  9e-99  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  34.33 
 
 		 806 aa  362  1e-98  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  34.33 
 
 		 806 aa  362  1e-98  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  34.33 
 
 		 808 aa  362  1e-98  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  34.33 
 
 		 808 aa  361  2e-98  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  34.33 
 
 		 804 aa  362  2e-98  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  34.33 
 
 		 810 aa  362  2e-98  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  34.33 
 
 		 808 aa  361  2e-98  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  33.92 
 
 		 870 aa  361  3e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  34.08 
 
 		 758 aa  361  3e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  33.99 
 
 		 722 aa  361  3e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  33.7 
 
 		 937 aa  361  3e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2420  ribonuclease R  33 
 
 		 770 aa  361  3e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.173356  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2101  RNAse R  33.82 
 
 		 771 aa  360  5e-98  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000122542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  34.21 
 
 		 814 aa  360  7e-98  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  34.04 
 
 		 812 aa  359  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  34.28 
 
 		 864 aa  358  1.9999999999999998e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  34.39 
 
 		 815 aa  358  2.9999999999999997e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  33.38 
 
 		 876 aa  357  3.9999999999999996e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  35.29 
 
 		 842 aa  357  5e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  34.52 
 
 		 848 aa  356  6.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  34.67 
 
 		 871 aa  356  8.999999999999999e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  33.43 
 
 		 726 aa  356  1e-96  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  34.68 
 
 		 762 aa  355  2e-96  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  33.14 
 
 		 726 aa  354  4e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2700  ribonuclease R  35.71 
 
 		 796 aa  353  4e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.749256  normal  0.419976 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  34.75 
 
 		 722 aa  354  4e-96  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  34.68 
 
 		 861 aa  353  8e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  34.8 
 
 		 758 aa  352  8.999999999999999e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  33.57 
 
 		 810 aa  352  1e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  33.47 
 
 		 857 aa  352  2e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  35.67 
 
 		 706 aa  350  4e-95  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  33.38 
 
 		 857 aa  350  5e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  32.89 
 
 		 828 aa  350  7e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  33.94 
 
 		 736 aa  350  7e-95  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  33.89 
 
 		 817 aa  349  8e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1976  ribonuclease R  35.38 
 
 		 746 aa  349  9e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00374672  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  33.65 
 
 		 817 aa  348  1e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  33.92 
 
 		 828 aa  348  1e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  35.08 
 
 		 906 aa  349  1e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  34.19 
 
 		 895 aa  349  1e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  33.94 
 
 		 749 aa  349  1e-94  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  34.19 
 
 		 827 aa  349  1e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  34.19 
 
 		 827 aa  349  1e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  34.19 
 
 		 827 aa  348  2e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4951  ribonuclease R  35.51 
 
 		 865 aa  348  2e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408138 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  33.24 
 
 		 857 aa  348  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  33.24 
 
 		 859 aa  348  2e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  34.45 
 
 		 808 aa  348  2e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  33.65 
 
 		 817 aa  348  2e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  34.94 
 
 		 907 aa  348  2e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  34.47 
 
 		 755 aa  348  3e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  34.45 
 
 		 808 aa  348  3e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  34.6 
 
 		 809 aa  347  3e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  34.14 
 
 		 838 aa  345  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  34.14 
 
 		 838 aa  345  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  34.14 
 
 		 812 aa  345  1e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  34.14 
 
 		 838 aa  345  1e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  34.14 
 
 		 886 aa  345  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  34.14 
 
 		 896 aa  345  2e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  34.76 
 
 		 757 aa  345  2e-93  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  34.14 
 
 		 896 aa  345  2e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  33.99 
 
 		 824 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  35.5 
 
 		 733 aa  343  4e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>