More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3076 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_3076  radical SAM family protein  100 
 
 		 430 aa  891    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1782  Radical SAM domain protein  36.45 
 
 		 404 aa  299  7e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0350  radical SAM domain-containing protein  28.61 
 
 		 359 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.156548  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1236  radical SAM family Fe-S protein  28.49 
 
 		 397 aa  151  3e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0393  metallo cofactor biosynthesis protein  28.78 
 
 		 393 aa  146  6e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0573  radical SAM domain-containing protein  29.57 
 
 		 363 aa  144  2e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.119885  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1425  radical SAM family Fe-S protein  27.14 
 
 		 403 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1154  radical SAM domain-containing protein  27.16 
 
 		 377 aa  124  4e-27  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.812273  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0938  radical SAM family Fe-S protein  28.66 
 
 		 381 aa  119  7.999999999999999e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000426541  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1373  metallo cofactor biosynthesis protein  27.14 
 
 		 412 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1091  MoaA/NifB/PqqE family protein  25.8 
 
 		 379 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  26.01 
 
 		 381 aa  97.4  5e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  28.06 
 
 		 330 aa  97.1  5e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  26.77 
 
 		 356 aa  92  2e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  27.55 
 
 		 335 aa  88.6  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  24.1 
 
 		 330 aa  87.8  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  26.28 
 
 		 479 aa  85.5  0.000000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  23.7 
 
 		 380 aa  84.3  0.000000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  22.59 
 
 		 373 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  27.94 
 
 		 327 aa  83.6  0.000000000000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  26.76 
 
 		 349 aa  82.8  0.00000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  25 
 
 		 349 aa  81.6  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  25.48 
 
 		 377 aa  80.9  0.00000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  24.32 
 
 		 389 aa  80.9  0.00000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  25.45 
 
 		 332 aa  80.9  0.00000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  23.83 
 
 		 496 aa  80.5  0.00000000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  24.35 
 
 		 346 aa  80.5  0.00000000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  25.38 
 
 		 366 aa  78.6  0.0000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  26.18 
 
 		 418 aa  77.4  0.0000000000005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  23.08 
 
 		 359 aa  76.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  24 
 
 		 333 aa  76.3  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  24.45 
 
 		 501 aa  75.9  0.000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  27.05 
 
 		 330 aa  75.5  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5161  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.26 
 
 		 379 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.164353 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41640  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26 
 
 		 383 aa  74.3  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.177576  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  22.5 
 
 		 399 aa  73.9  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2249  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.09 
 
 		 371 aa  73.9  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0357225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  23.42 
 
 		 380 aa  73.9  0.000000000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  22.02 
 
 		 380 aa  73.6  0.000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2884  Radical SAM domain protein  28.05 
 
 		 370 aa  72.8  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0663943  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  22.56 
 
 		 405 aa  72.4  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0405  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.16 
 
 		 386 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  21.68 
 
 		 414 aa  71.2  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1970  Radical SAM domain protein  26.48 
 
 		 346 aa  71.2  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  26.75 
 
 		 407 aa  70.9  0.00000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  26.44 
 
 		 384 aa  71.2  0.00000000004  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0509  coenzyme PQQ synthesis protein E  23.15 
 
 		 389 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  24.14 
 
 		 358 aa  70.5  0.00000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  24.41 
 
 		 356 aa  70.5  0.00000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  22.3 
 
 		 363 aa  70.5  0.00000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  24.28 
 
 		 399 aa  70.5  0.00000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4827  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.56 
 
 		 382 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.900722 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  25.45 
 
 		 333 aa  70.1  0.00000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000100022 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  26.64 
 
 		 334 aa  69.7  0.00000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0292  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.7 
 
 		 386 aa  69.7  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.876947 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0376  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25 
 
 		 376 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0857  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.34 
 
 		 378 aa  69.7  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  22.5 
 
 		 397 aa  69.3  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1969  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.17 
 
 		 384 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.046264  normal  0.222604 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38780  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.41 
 
 		 381 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0734  Radical SAM domain protein  31.72 
 
 		 401 aa  68.9  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3305  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.41 
 
 		 370 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.829454  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  22.06 
 
 		 359 aa  68.2  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  22.59 
 
 		 398 aa  68.2  0.0000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0401  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.67 
 
 		 376 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2836  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  24.46 
 
 		 381 aa  67.8  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  25.35 
 
 		 378 aa  67  0.0000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2588  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  35.14 
 
 		 414 aa  66.6  0.0000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0973479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1767  radical SAM domain-containing protein  25.5 
 
 		 333 aa  66.6  0.0000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.186252  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  23.75 
 
 		 377 aa  66.2  0.0000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  24.41 
 
 		 358 aa  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  23.43 
 
 		 342 aa  65.9  0.000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  23.75 
 
 		 356 aa  65.1  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4674  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  21.96 
 
 		 389 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2081  Radical SAM domain protein  30.23 
 
 		 409 aa  65.1  0.000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.214481  normal  0.184464 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0729  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.86 
 
 		 380 aa  64.7  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.701014  normal  0.10573 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  24.36 
 
 		 347 aa  64.3  0.000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  23.22 
 
 		 391 aa  64.3  0.000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  24.08 
 
 		 358 aa  64.3  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1680  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  25.24 
 
 		 397 aa  63.5  0.000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.725852 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2470  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  31.09 
 
 		 407 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.616066 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  22.48 
 
 		 354 aa  62.8  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  21.52 
 
 		 358 aa  62.8  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  22.91 
 
 		 332 aa  62  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1545  Radical SAM domain protein  25.62 
 
 		 466 aa  62.4  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00659199  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  23.89 
 
 		 405 aa  62  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  23.6 
 
 		 389 aa  61.6  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5397  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  24.76 
 
 		 408 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0273592 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2456  coenzyme PQQ biosynthesis protein E  23.41 
 
 		 370 aa  61.2  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152479  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0919  radical SAM domain-containing protein  29.95 
 
 		 338 aa  61.6  0.00000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  26.94 
 
 		 393 aa  61.2  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  26.01 
 
 		 366 aa  61.6  0.00000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 		 394 aa  60.8  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04410  Radical SAM domain protein  23.01 
 
 		 450 aa  60.5  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0231  radical SAM family protein  23.25 
 
 		 445 aa  60.1  0.00000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0106929  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1449  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  26.24 
 
 		 373 aa  60.1  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0775464  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6965  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  22.51 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2492  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  32.73 
 
 		 400 aa  60.1  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.250234  normal  0.0827229 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  22.3 
 
 		 480 aa  60.1  0.00000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3864  Radical SAM domain protein  22.81 
 
 		 319 aa  59.7  0.00000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0170641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>