More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Csal_1052 on replicon NC_007963
Organism: Chromohalobacter salexigens DSM 3043



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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  100 
 
 
178 aa  356  9.999999999999999e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.21 
 
 
171 aa  95.9  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45020  RNA polymerase sigma factor, ECF subfamily  41.61 
 
 
172 aa  91.7  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  36.42 
 
 
169 aa  90.9  8e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  37.11 
 
 
171 aa  89.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  37.11 
 
 
171 aa  88.6  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3812  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.04 
 
 
172 aa  87.8  8e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0938836  normal  0.91348 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  38.16 
 
 
374 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  38.51 
 
 
166 aa  86.3  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  38.16 
 
 
374 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  38.16 
 
 
374 aa  84.3  8e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  33.33 
 
 
165 aa  84  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4313  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.26 
 
 
162 aa  84  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.737925  normal  0.0110749 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  34.21 
 
 
158 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0895  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.03 
 
 
165 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.248298 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  35.1 
 
 
158 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0865  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.03 
 
 
161 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.622636  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0909  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.03 
 
 
165 aa  81.3  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0619138 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  40.12 
 
 
171 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  34.32 
 
 
214 aa  81.3  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  34.44 
 
 
158 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.62 
 
 
234 aa  80.9  0.000000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.71 
 
 
175 aa  80.9  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  38.71 
 
 
168 aa  80.5  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  34.44 
 
 
173 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  34.46 
 
 
175 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  34.23 
 
 
159 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3786  sigma-24 (FecI)  31.87 
 
 
166 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.682097 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.22 
 
 
162 aa  79  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.26 
 
 
188 aa  78.2  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  36.42 
 
 
168 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  31.37 
 
 
160 aa  77.4  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  35.86 
 
 
236 aa  77.4  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  37.04 
 
 
171 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  33.11 
 
 
158 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
163 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.07 
 
 
159 aa  75.5  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4074  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.9 
 
 
172 aa  74.3  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.240702  normal  0.858688 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.36 
 
 
165 aa  74.3  0.0000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5453  sigma-24 (FecI-like)  39.1 
 
 
172 aa  74.3  0.0000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2428  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.44 
 
 
203 aa  74.3  0.0000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0553683  normal  0.487095 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.4 
 
 
171 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  33.13 
 
 
170 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  36.25 
 
 
176 aa  73.2  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.62 
 
 
157 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.08 
 
 
187 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  36.54 
 
 
174 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.33 
 
 
176 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  34.36 
 
 
180 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  34.09 
 
 
187 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.87 
 
 
168 aa  72  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.87 
 
 
168 aa  72  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3315  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.73 
 
 
176 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  31.98 
 
 
179 aa  71.6  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1490  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.48 
 
 
171 aa  72  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.4513 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.87 
 
 
168 aa  72  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.33 
 
 
176 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.33 
 
 
176 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  33.33 
 
 
176 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4533  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.9 
 
 
170 aa  71.2  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.36335 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  33.57 
 
 
151 aa  70.9  0.000000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4299  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.54 
 
 
169 aa  70.9  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.031779 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.19 
 
 
171 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.77 
 
 
184 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1442  sigma-24 (FecI-like)  27.16 
 
 
168 aa  70.9  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.558792  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0160  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.49 
 
 
171 aa  70.5  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.329476  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  35.33 
 
 
159 aa  70.5  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  33.54 
 
 
172 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47170  RNA polymerase sigma factor, FecI family  35.67 
 
 
160 aa  69.7  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.236837  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  30.91 
 
 
170 aa  70.1  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
169 aa  69.7  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  27.01 
 
 
185 aa  69.7  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  34.73 
 
 
172 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.92 
 
 
168 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3796  sigma-24 (FecI)  36.18 
 
 
196 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0950269  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.38 
 
 
168 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0667  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  33.55 
 
 
178 aa  68.6  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.75 
 
 
165 aa  68.9  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0844  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.25 
 
 
175 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.498181  normal  0.882124 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  34.13 
 
 
172 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2580  sigma-70 region 2  34.62 
 
 
169 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.346499  normal  0.245048 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.72 
 
 
173 aa  68.6  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1522  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.16 
 
 
189 aa  68.2  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.76 
 
 
169 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
164 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.72 
 
 
180 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  28.26 
 
 
189 aa  67.4  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  32.92 
 
 
172 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  31.68 
 
 
172 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0858  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.5 
 
 
175 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  32.72 
 
 
180 aa  67.4  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  35.07 
 
 
178 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  35.07 
 
 
178 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  34.27 
 
 
182 aa  66.2  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21550  ECF sigma factor, FecI family  36.31 
 
 
175 aa  66.6  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.93 
 
 
260 aa  66.6  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2337  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.78 
 
 
170 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.76938  normal 
 
 
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NC_010338  Caul_2728  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.5 
 
 
165 aa  65.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.122387 
 
 
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NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.12 
 
 
171 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_007951  Bxe_A1388  sigma-24 (FecI)  33.12 
 
 
193 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.441206 
 
 
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