More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_1490 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_1490  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
171 aa  344  3e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.4513 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  35.8 
 
 
175 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  35.58 
 
 
175 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  35.48 
 
 
178 aa  72  0.000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  29.45 
 
 
179 aa  67.4  0.00000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.77 
 
 
171 aa  67.4  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  32.39 
 
 
165 aa  65.9  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  31.41 
 
 
170 aa  64.7  0.0000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1893  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.83 
 
 
184 aa  62.4  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.327948  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.97 
 
 
187 aa  62  0.000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  32.89 
 
 
160 aa  62  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  32.88 
 
 
374 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1120  FecI-like sigma-24  30.12 
 
 
166 aa  61.2  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320147  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0176  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.55 
 
 
206 aa  61.2  0.000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.658272  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0243  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  32.61 
 
 
189 aa  60.1  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.26 
 
 
194 aa  60.1  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33800  RNA polymerase sigma factor  35.38 
 
 
159 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000282652  hitchhiker  0.00445082 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.47 
 
 
374 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.63 
 
 
195 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  31.47 
 
 
374 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2124  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.68 
 
 
162 aa  59.7  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.334185  normal  0.110092 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  31.01 
 
 
181 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5129  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.54 
 
 
166 aa  59.7  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0324934  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.24 
 
 
181 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44150  FecI-like iron uptake RNA polymerase sigma factor  32.24 
 
 
168 aa  58.9  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.155686  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34 
 
 
180 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  34 
 
 
180 aa  58.9  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.19 
 
 
190 aa  58.2  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.39 
 
 
165 aa  57  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.83 
 
 
169 aa  57  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04159  RNA polymerase, sigma 19 factor  28.75 
 
 
173 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.75 
 
 
173 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04122  hypothetical protein  28.75 
 
 
173 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.818626  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4870  RNA polymerase sigma factor FecI  28.75 
 
 
173 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  29.14 
 
 
173 aa  56.2  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1861  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.58 
 
 
197 aa  56.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.24154  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.17 
 
 
171 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4736  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.45 
 
 
161 aa  56.6  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  28.75 
 
 
173 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.61 
 
 
191 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30.92 
 
 
188 aa  55.8  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0925  RNA polymerase sigma factor  30.29 
 
 
164 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.61 
 
 
194 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4178  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.56 
 
 
193 aa  55.8  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.804313  normal  0.070484 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0858  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.56 
 
 
175 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  34 
 
 
159 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.03 
 
 
165 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4208  RNA polymerase sigma factor  29.53 
 
 
158 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.506383  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2805  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.79 
 
 
172 aa  55.1  0.0000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000762759  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.82 
 
 
166 aa  55.1  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1616  RNA polymerase sigma factor  27.59 
 
 
184 aa  55.1  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0618359  normal  0.0178191 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3720  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.32 
 
 
186 aa  54.7  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.344923  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4159  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.21 
 
 
168 aa  54.7  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4366  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.21 
 
 
168 aa  54.7  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.2 
 
 
165 aa  54.7  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1342  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.38 
 
 
198 aa  54.7  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.524179  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2529  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.03 
 
 
202 aa  54.7  0.0000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4231  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.21 
 
 
168 aa  54.7  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  31.41 
 
 
169 aa  54.3  0.0000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  27.78 
 
 
185 aa  53.5  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3268  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.8 
 
 
163 aa  53.9  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.191467  hitchhiker  0.00214014 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.68 
 
 
193 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1541  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.12 
 
 
164 aa  53.9  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0141  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.33 
 
 
148 aa  53.5  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239083  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  28.87 
 
 
183 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  30.52 
 
 
171 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.68 
 
 
193 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3271  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.38 
 
 
168 aa  53.1  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24577  normal  0.0205939 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30 
 
 
174 aa  53.1  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  30.94 
 
 
172 aa  53.1  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.58 
 
 
166 aa  53.1  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0340  RNA polymerase sigma factor RpoE  26.49 
 
 
195 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.847546  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.8 
 
 
169 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.56 
 
 
191 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.68 
 
 
193 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.15 
 
 
188 aa  52.4  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.68 
 
 
193 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.12 
 
 
171 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2279  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.33 
 
 
171 aa  52.4  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.965307  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.68 
 
 
193 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  28.68 
 
 
236 aa  52.8  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  33.56 
 
 
176 aa  52.4  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3780  RNA polymerase sigma factor  31.41 
 
 
158 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.11 
 
 
167 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1626  RNA polymerase sigma factor AlgU  30.34 
 
 
201 aa  52.4  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.909239  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4079  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.94 
 
 
193 aa  52.8  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681146  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.68 
 
 
193 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1134  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 
175 aa  52  0.000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  29.68 
 
 
193 aa  52  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3532  RNA polymerase sigma factor  31.79 
 
 
158 aa  52  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.997042 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  31.82 
 
 
193 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  31.82 
 
 
193 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.56 
 
 
171 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.615408 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0070  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.33 
 
 
149 aa  51.6  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.61 
 
 
169 aa  51.6  0.000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03904  putative RNA polymerase sigma-70 factor FecI  25.69 
 
 
196 aa  51.2  0.000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.1461  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  31.21 
 
 
171 aa  51.2  0.000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5187  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.22 
 
 
183 aa  50.8  0.000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.572123  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1645  RNA polymerase sigma factor  30.13 
 
 
158 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3476  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.38 
 
 
171 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>