More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3373 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3373  histone deacetylase family protein  100 
 
 		 300 aa  622  1e-177  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0543734  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1162  histone deacetylase superfamily protein  69.67 
 
 		 306 aa  442  1e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02968  histone deacetylase family protein  69.2 
 
 		 224 aa  327  1.0000000000000001e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.510136  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2542  histone deacetylase superfamily protein  51.18 
 
 		 300 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205391 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2634  histone deacetylase superfamily protein  51.52 
 
 		 300 aa  309  4e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803062 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2634  histone deacetylase superfamily protein  52.19 
 
 		 307 aa  309  5e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2474  histone deacetylase superfamily protein  51.18 
 
 		 300 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188397 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1815  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  50.34 
 
 		 304 aa  307  2.0000000000000002e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3900  histone deacetylase superfamily protein  48.84 
 
 		 305 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0191811 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002921  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  48.67 
 
 		 307 aa  305  5.0000000000000004e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1614  histone deacetylase superfamily protein  50.68 
 
 		 302 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1648  histone deacetylase superfamily protein  50.68 
 
 		 302 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.265493 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03035  hypothetical protein  47 
 
 		 307 aa  302  5.000000000000001e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1625  histone deacetylase superfamily protein  50.68 
 
 		 302 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2660  histone deacetylase superfamily protein  50.34 
 
 		 304 aa  301  1e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2487  histone deacetylase superfamily protein  48.83 
 
 		 300 aa  300  2e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.60651  normal  0.017573 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2729  histone deacetylase superfamily  50.34 
 
 		 302 aa  300  2e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1245  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  47.64 
 
 		 305 aa  289  3e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000118499 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0998  hypothetical protein  47.46 
 
 		 300 aa  286  2e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1629  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  46.18 
 
 		 306 aa  285  9e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111374  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10030  histone deacetylase superfamily  44.48 
 
 		 316 aa  268  5.9999999999999995e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0971633  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1827  histone deacetylase superfamily protein  46.96 
 
 		 303 aa  267  2e-70  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2562  Histone deacetylase  46 
 
 		 305 aa  263  2e-69  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.432751 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4295  histone deacetylase superfamily protein  43.1 
 
 		 305 aa  263  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.331272  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4918  histone deacetylase superfamily protein  43.79 
 
 		 306 aa  263  3e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000273279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3551  histone deacetylase superfamily  46 
 
 		 305 aa  263  3e-69  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3722  histone deacetylase superfamily protein  44.14 
 
 		 306 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4777  histone deacetylase superfamily protein  43.1 
 
 		 304 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4764  histone deacetylase superfamily  42.76 
 
 		 304 aa  260  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000188722  decreased coverage  0.000868257 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4639  histone deacetylase superfamily protein  42.76 
 
 		 317 aa  260  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000315852  hitchhiker  0.00689363 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1601  histone deacetylase superfamily  43.2 
 
 		 299 aa  259  5.0000000000000005e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4662  histone deacetylase family protein  43.1 
 
 		 305 aa  257  1e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3192  histone deacetylase superfamily protein  45 
 
 		 305 aa  257  2e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00911775  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2706  histone deacetylase superfamily  46.46 
 
 		 305 aa  257  2e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000210159  unclonable  0.000000000120446 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0656  histone deacetylase superfamily protein  41.72 
 
 		 304 aa  254  9e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000855576  normal  0.416487 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1393  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein-like  45.36 
 
 		 304 aa  254  1.0000000000000001e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.194758  normal  0.700999 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1532  histone deacetylase superfamily  44.97 
 
 		 304 aa  253  2.0000000000000002e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1152  histone deacetylase superfamily protein  38.78 
 
 		 301 aa  251  1e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0905584  n/a   
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40681  predicted protein  42.42 
 
 		 323 aa  248  6e-65  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.000252385  normal  0.188986 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2905  histone deacetylase superfamily protein  40.8 
 
 		 308 aa  246  3e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.681424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6387  histone deacetylase superfamily protein  40.48 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.006244  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1459  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  41.95 
 
 		 305 aa  243  3e-63  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04120  Histone deacetylase superfamily protein  42.28 
 
 		 299 aa  241  1e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0413564  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2377  histone deacetylase superfamily protein  42.96 
 
 		 300 aa  239  4e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.018  normal  0.544894 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2066  deacetylase  41.16 
 
 		 299 aa  239  4e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.288592  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1201  histone deacetylase superfamily protein  39.38 
 
 		 323 aa  238  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000329608  normal  0.582651 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4892  histone deacetylase superfamily protein  42.18 
 
 		 305 aa  237  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0050  histone deacetylase superfamily protein  39.93 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0204903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0726  histone deacetylase superfamily  40.14 
 
 		 297 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0686  histone deacetylase superfamily  38.64 
 
 		 294 aa  230  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.611894 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0713  histone deacetylase superfamily protein  39.8 
 
 		 308 aa  229  3e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.50552  normal  0.260718 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3448  histone deacetylase superfamily protein  40.07 
 
 		 297 aa  228  7e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.509704 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1584  histone deacetylase superfamily protein  39.02 
 
 		 298 aa  228  7e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1529  histone deacetylase superfamily protein  40.56 
 
 		 299 aa  228  8e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.188503  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2162  histone deacetylase superfamily protein  41 
 
 		 302 aa  228  8e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1764  putative histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  40.68 
 
 		 316 aa  226  3e-58  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0823367 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2789  histone deacetylase superfamily protein  39.53 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2483  Histone deacetylase  41.08 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.557385  normal  0.140117 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1507  hypothetical protein  39.26 
 
 		 324 aa  224  1e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000688301  normal  0.246857 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6780  histone deacetylase superfamily  40.82 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3030  Histone deacetylase  40.21 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.894119  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1393  histone deacetylase superfamily  39.44 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1606  hypothetical protein  40.07 
 
 		 323 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000378797  normal  0.732235 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2116  histone deacetylase superfamily protein  38.67 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3915  histone deacetylase superfamily protein  38.44 
 
 		 315 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2043  Histone deacetylase  39.8 
 
 		 299 aa  219  5e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0169314  hitchhiker  0.0046378 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0323  deacetylase  37.5 
 
 		 300 aa  218  7e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1991  histone deacetylase superfamily protein  39.52 
 
 		 318 aa  217  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000158404 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1768  Histone deacetylase  38.68 
 
 		 311 aa  216  5e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.70732  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1941  histone deacetylase superfamily  39.02 
 
 		 334 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00172119  hitchhiker  0.00484876 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6866  histone deacetylase superfamily  39.86 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.859971  normal  0.144342 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2469  Histone deacetylase  39.73 
 
 		 305 aa  212  4.9999999999999996e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3500  Histone deacetylase  36.62 
 
 		 311 aa  212  7e-54  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1613  histone deacetylase superfamily  38.31 
 
 		 335 aa  212  7e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000964161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3087  histone deacetylase superfamily protein  37.5 
 
 		 337 aa  207  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000151146  normal  0.0282587 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1613  histone deacetylase superfamily protein  37.58 
 
 		 333 aa  206  5e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  unclonable  0.000000152208  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3902  histone deacetylase superfamily protein  35.19 
 
 		 357 aa  204  1e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000251706  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1420  histone deacetylase superfamily protein  34.86 
 
 		 306 aa  199  3e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0496164 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_4821  predicted protein  34.29 
 
 		 324 aa  198  9e-50  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2506  histone deacetylase superfamily  37.37 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009369  OSTLU_40492  predicted protein  33.11 
 
 		 350 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0423597 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_9278  predicted protein  34.58 
 
 		 294 aa  189  5.999999999999999e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2297  histone deacetylase superfamily protein  27 
 
 		 385 aa  99.4  6e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1012  Histone deacetylase  28.85 
 
 		 351 aa  98.6  1e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3565  Histone deacetylase  27.34 
 
 		 393 aa  98.2  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2206  Histone deacetylase  27.43 
 
 		 344 aa  98.2  1e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0611  histone deacetylase superfamily  29.34 
 
 		 394 aa  97.8  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.571257  normal  0.0511061 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0676  histone deacetylase superfamily protein  28.52 
 
 		 344 aa  97.8  2e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.401062  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1425  histone deacetylase superfamily protein  28.96 
 
 		 370 aa  97.4  3e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0697  histone deacetylase superfamily protein  26.05 
 
 		 357 aa  96.3  6e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.22424  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3345  histone deacetylase superfamily protein  32.37 
 
 		 407 aa  96.3  6e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0533  histone deacetylase superfamily protein  27.37 
 
 		 348 aa  95.5  9e-19  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.072372 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0963  Histone deacetylase  26.27 
 
 		 378 aa  95.1  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.469516  normal  0.273215 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0834  histone deacetylase superfamily  27.13 
 
 		 378 aa  94.7  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0653  Histone deacetylase  34.18 
 
 		 406 aa  94  3e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.625383  normal  0.171491 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0112  histone deacetylase superfamily  28.79 
 
 		 378 aa  93.2  4e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.833129  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5329  histone deacetylase superfamily  28.92 
 
 		 577 aa  92.8  6e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3143  histone deacetylase superfamily  30.92 
 
 		 403 aa  92.4  7e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.170732 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1222  histone deacetylase/AcuC/AphA family protein  26.48 
 
 		 385 aa  92.4  8e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0627011  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0517  histone deacetylase superfamily  26 
 
 		 383 aa  91.7  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>