165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2955 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2955  hypothetical protein  100 
 
 		 488 aa  1013    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0703173  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1226  exonuclease V subunit alpha  38.3 
 
 		 924 aa  341  2e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688264 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3509  exonuclease V subunit alpha  38.3 
 
 		 924 aa  341  2e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.996983  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  34.22 
 
 		 475 aa  239  9e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  34.17 
 
 		 754 aa  234  2.0000000000000002e-60  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2665  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  34.44 
 
 		 474 aa  226  6e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1461  exonuclease V subunit alpha  32.68 
 
 		 496 aa  224  4e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00677876  normal  0.63958 
 
 
-
 
NC_002950  PG1303  helicase, putative  31.61 
 
 		 471 aa  221  1.9999999999999999e-56  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10593  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member  32.93 
 
 		 476 aa  215  9.999999999999999e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1469  exonuclease V subunit alpha  33 
 
 		 480 aa  207  2e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.232256 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  30.98 
 
 		 678 aa  207  5e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0521  ATP-dependent exodeoxyribonuclease  32.19 
 
 		 473 aa  196  9e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4515  exonuclease V subunit alpha  31.76 
 
 		 469 aa  195  2e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  23.97 
 
 		 373 aa  84.3  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  23.16 
 
 		 365 aa  83.2  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  23.63 
 
 		 375 aa  83.2  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  22.32 
 
 		 365 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  23.49 
 
 		 372 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  23 
 
 		 365 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  22.71 
 
 		 373 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  22.22 
 
 		 365 aa  77.4  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  24.18 
 
 		 376 aa  73.9  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  24.24 
 
 		 369 aa  73.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5834  DNA helicase, putative  25.77 
 
 		 462 aa  73.2  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  24.51 
 
 		 373 aa  73.2  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  24.51 
 
 		 373 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  24.95 
 
 		 372 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13950  hypothetical protein  22.14 
 
 		 957 aa  70.9  0.00000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  24.53 
 
 		 368 aa  70.5  0.00000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  24.18 
 
 		 375 aa  68.2  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  24.66 
 
 		 375 aa  67.8  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  23.84 
 
 		 659 aa  67.4  0.0000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0213  helicase, RecD/TraA family  24.36 
 
 		 740 aa  67  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.629499  normal  0.0445082 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3380  RecD/TraA family helicase  26.01 
 
 		 742 aa  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.586227 
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  24.09 
 
 		 373 aa  65.5  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  24.09 
 
 		 373 aa  65.1  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2403  helicase, RecD/TraA family  22.61 
 
 		 747 aa  63.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.934653 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1924  exodeoxyribonuclease V  28.43 
 
 		 483 aa  62.8  0.00000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0233572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0009  RecD/TraA family helicase  24.92 
 
 		 733 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0549724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0758  helicase, RecD/TraA family  24.27 
 
 		 719 aa  63.2  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0243  helicase RecD/TraA  25.07 
 
 		 749 aa  62.4  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0357399  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  29.56 
 
 		 726 aa  62.4  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3273  RecD/TraA family helicase  22.38 
 
 		 731 aa  62.4  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3541  RecD/TraA family helicase  22.54 
 
 		 731 aa  62.4  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  27.74 
 
 		 369 aa  62.4  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0008  helicase, RecD/TraA family  24.38 
 
 		 727 aa  61.2  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2841  helicase RecD/TraA  27.27 
 
 		 733 aa  61.2  0.00000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.344384  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0989  helicase, RecD/TraA family  30.37 
 
 		 738 aa  61.2  0.00000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  26.24 
 
 		 372 aa  61.2  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4895  exodeoxyribonuclease V  21.43 
 
 		 776 aa  60.8  0.00000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382382  normal  0.0563011 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0010  helicase, RecD/TraA family  25.08 
 
 		 733 aa  60.5  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381195  normal  0.357387 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8706  helicase, RecD/TraA family  23.75 
 
 		 740 aa  60.5  0.00000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.671857  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  33.33 
 
 		 363 aa  60.5  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  26.19 
 
 		 711 aa  60.1  0.00000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11171  exodeoxyribonuclease V  26.73 
 
 		 486 aa  59.7  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0885219  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0679  hypothetical protein  27.45 
 
 		 486 aa  58.5  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09351  exodeoxyribonuclease V  25.99 
 
 		 491 aa  58.5  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.199442 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5319  helicase, RecD/TraA family  24 
 
 		 750 aa  59.3  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.481799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4247  RecD/TraA family helicase  22.32 
 
 		 736 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.320311 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  26.15 
 
 		 363 aa  58.9  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_718  predicted protein  27.43 
 
 		 772 aa  57.8  0.0000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0625209  normal  0.543331 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1619  hypothetical protein  25.93 
 
 		 761 aa  57.4  0.0000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00216862  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0741  exodeoxyribonuclease V  26.21 
 
 		 481 aa  57.8  0.0000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.384305  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5543  RecD/TraA family helicase  24.29 
 
 		 744 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl322  exodeoxyribonuclease V  24.47 
 
 		 743 aa  57.4  0.0000006  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000862926  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  26.6 
 
 		 369 aa  57.4  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  26.24 
 
 		 397 aa  57  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0993  helicase, RecD/TraA family  24.93 
 
 		 728 aa  57  0.0000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0956  helicase, RecD/TraA family  24.33 
 
 		 786 aa  57  0.0000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3584  Exodeoxyribonuclease V  22.26 
 
 		 720 aa  56.6  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0250312  normal  0.68504 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  25.73 
 
 		 754 aa  56.6  0.0000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2495  helicase, RecD/TraA family  23.94 
 
 		 784 aa  56.6  0.0000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1922  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  30.11 
 
 		 698 aa  56.2  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0245308  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1405  Exodeoxyribonuclease V  28.57 
 
 		 1214 aa  56.2  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  23.36 
 
 		 369 aa  55.8  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1757  helicase, RecD/TraA family  27.98 
 
 		 746 aa  56.2  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1075  hypothetical protein  24.32 
 
 		 439 aa  56.6  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000929546  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3789  hypothetical protein  24.47 
 
 		 698 aa  55.8  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0516841  normal  0.691917 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0764  helicase, RecD/TraA family  26.94 
 
 		 728 aa  55.5  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0607896  normal  0.527893 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15131  exodeoxyribonuclease V  27.23 
 
 		 448 aa  55.5  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  25.61 
 
 		 367 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0847  helicase RecD/TraA  28 
 
 		 738 aa  53.5  0.000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1676  RecD/TraA family helicase  31.33 
 
 		 825 aa  53.5  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1710  RecD/TraA family helicase  31.33 
 
 		 825 aa  53.5  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  22.98 
 
 		 375 aa  53.5  0.000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0089  exonuclease V subunit alpha  28.21 
 
 		 813 aa  53.5  0.000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.930068  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  24.91 
 
 		 369 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2249  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  30.39 
 
 		 746 aa  53.1  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000721338  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  26.07 
 
 		 762 aa  52.8  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1183  RecD/TraA family helicase  29.34 
 
 		 810 aa  52  0.00002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1753  helicase RecD/TraA  28.36 
 
 		 736 aa  52.4  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.473009  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1864  RecD/TraA family helicase  23.61 
 
 		 728 aa  52.4  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0667  helicase, RecD/TraA family  28.95 
 
 		 728 aa  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0540027  normal  0.0105669 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  25.43 
 
 		 744 aa  52.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  27.98 
 
 		 742 aa  52  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6207  helicase, RecD/TraA family  28.08 
 
 		 725 aa  51.6  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5748  helicase, RecD/TraA family  35.29 
 
 		 768 aa  51.6  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  25.61 
 
 		 369 aa  51.6  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3106  RecD/TraA family helicase  26.44 
 
 		 772 aa  52  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0269  RecD/TraA family helicase  27.19 
 
 		 742 aa  52  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.130609 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>