131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_2300 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_2300  DNA polymerase III subunit delta  100 
 
 		 348 aa  687    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0478534  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2015  DNA polymerase III subunit delta  99.14 
 
 		 348 aa  680    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1962  DNA polymerase III, delta subunit  25.14 
 
 		 325 aa  116  6.9999999999999995e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2091  DNA polymerase III, delta subunit  30.12 
 
 		 338 aa  105  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000184511  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1954  DNA polymerase III, delta subunit  25 
 
 		 339 aa  102  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1040  DNA polymerase III, delta subunit  25.8 
 
 		 342 aa  95.9  9e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000000902231  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4070  DNA polymerase III subunit delta  25.15 
 
 		 336 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.091796  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4222  DNA polymerase III subunit delta  25.15 
 
 		 336 aa  95.1  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00283981  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4548  DNA polymerase III subunit delta  25.15 
 
 		 336 aa  95.1  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4345  DNA polymerase III subunit delta  25.15 
 
 		 336 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000369985 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4174  DNA polymerase III subunit delta  24.56 
 
 		 336 aa  94.7  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0277234  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4456  DNA polymerase III subunit delta  24.85 
 
 		 336 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000585392  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4404  DNA polymerase III subunit delta  24.56 
 
 		 336 aa  93.6  5e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3050  DNA polymerase III subunit delta  23.98 
 
 		 336 aa  93.2  6e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.132953  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2068  DNA polymerase III, delta subunit  23.03 
 
 		 335 aa  92.8  7e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4060  DNA polymerase III subunit delta  25.77 
 
 		 336 aa  92.4  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0794  DNA polymerase III subunit delta  24.56 
 
 		 336 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.307001  hitchhiker  0.0000000000929908 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2973  DNA polymerase III, delta subunit  25.15 
 
 		 324 aa  91.3  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221359 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4442  DNA polymerase III subunit delta  24.56 
 
 		 336 aa  90.9  3e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000347151  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3075  DNA polymerase III, delta subunit  25.5 
 
 		 315 aa  89.4  8e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000036033  hitchhiker  0.00284668 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3132  DNA polymerase III, delta subunit  22.62 
 
 		 331 aa  88.2  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000219361  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3192  DNA polymerase III, delta subunit  24.83 
 
 		 354 aa  88.2  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000207223  normal  0.0841532 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1154  DNA polymerase III subunit delta  25.08 
 
 		 324 aa  87.4  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.740114  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2447  DNA polymerase III subunit delta  22.61 
 
 		 344 aa  87.8  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000860217  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1004  DNA polymerase III subunit delta  21.57 
 
 		 348 aa  87.4  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  22.67 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1588  DNA polymerase III delta subunit-like protein  24.24 
 
 		 325 aa  83.6  0.000000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0554592  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12890  DNA polymerase III, delta subunit  24.64 
 
 		 337 aa  83.2  0.000000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.02263e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2207  DNA polymerase III, delta subunit, putative  21.47 
 
 		 337 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3265  DNA polymerase III, delta subunit  23.56 
 
 		 378 aa  82  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1644  DNA polymerase III subunit delta  25.3 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.240012  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1679  DNA polymerase III subunit delta  25.3 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348184  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2086  DNA polymerase III, delta subunit  21.3 
 
 		 332 aa  80.1  0.00000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.11707  normal  0.37357 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1175  DNA polymerase III, delta subunit  24.32 
 
 		 334 aa  77.4  0.0000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.261121  hitchhiker  0.00030796 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1518  DNA polymerase III, delta subunit  27.27 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.215  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0576  DNA polymerase III, delta subunit  20.83 
 
 		 330 aa  75.5  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0203  DNA polymerase III, delta subunit  22.77 
 
 		 334 aa  73.6  0.000000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2110  DNA polymerase III, delta subunit  20.73 
 
 		 336 aa  73.2  0.000000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2506  DNA polymerase III, delta subunit  23.15 
 
 		 346 aa  72.4  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0770  DNA polymerase III, delta subunit  20.19 
 
 		 329 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0755  DNA polymerase III, delta subunit  19.88 
 
 		 329 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00516911  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0965  DNA polymerase III, delta subunit  24.81 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0901856  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2629  DNA polymerase III, delta subunit  18.64 
 
 		 350 aa  68.6  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000921184  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0179  DNA polymerase III, delta subunit  25.69 
 
 		 331 aa  68.6  0.0000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1733  DNA polymerase III, delta subunit  20.9 
 
 		 338 aa  66.6  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1105  DNA polymerase III, delta subunit  20.73 
 
 		 328 aa  66.2  0.0000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00460832  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1415  DNA polymerase III, delta subunit  22.44 
 
 		 330 aa  66.2  0.0000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.31648e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4260  DNA polymerase III, delta subunit  20.07 
 
 		 323 aa  64.3  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1587  DNA polymerase III, delta subunit  22.99 
 
 		 333 aa  63.9  0.000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0646  DNA polymerase III, delta subunit  21.08 
 
 		 343 aa  63.9  0.000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000921148  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0047  DNA polymerase III delta subunit-related protein  22.35 
 
 		 399 aa  63.5  0.000000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00913059  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_47  DNA polymerase III, delta subunit  22.35 
 
 		 419 aa  62.8  0.000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000202582  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3379  DNA polymerase III, delta subunit  21.71 
 
 		 346 aa  62.8  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126679  normal  0.707778 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1451  DNA polymerase III subunit delta  22.15 
 
 		 334 aa  61.6  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0184698  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1819  DNA polymerase III subunit delta  27.1 
 
 		 334 aa  61.6  0.00000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0075815  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0044  DNA polymerase III, delta subunit  21.13 
 
 		 342 aa  62  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000438472  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4316  DNA polymerase III, delta subunit  20.8 
 
 		 332 aa  61.6  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00186458  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0787  DNA polymerase III subunit delta  27.68 
 
 		 345 aa  60.5  0.00000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.186067  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0761  DNA polymerase III subunit delta  24.06 
 
 		 344 aa  60.5  0.00000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2328  DNA polymerase III, delta subunit  19.35 
 
 		 338 aa  60.1  0.00000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.101165  normal  0.188166 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1185  DNA polymerase III, delta subunit  22.83 
 
 		 337 aa  59.3  0.0000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  20.15 
 
 		 345 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2832  DNA polymerase III subunit delta  18.75 
 
 		 352 aa  58.5  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  20.15 
 
 		 345 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  20.15 
 
 		 351 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0760  DNA polymerase III subunit delta  22.88 
 
 		 354 aa  57.8  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6524  DNA polymerase III, delta subunit  21.27 
 
 		 331 aa  57.8  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164301 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1937  DNA polymerase III, delta subunit  22.12 
 
 		 344 aa  57.8  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.156014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1577  DNA polymerase III, delta subunit  23.21 
 
 		 336 aa  57.4  0.0000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.475992  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3264  DNA polymerase III subunit delta  21.45 
 
 		 348 aa  55.8  0.0000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2356  DNA polymerase III, delta subunit  19.71 
 
 		 374 aa  56.2  0.0000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3915  DNA polymerase III subunit delta  21.45 
 
 		 348 aa  56.2  0.0000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1537  hypothetical protein  23.53 
 
 		 344 aa  55.5  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.466776  normal  0.951584 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4546  DNA polymerase III subunit delta  21.45 
 
 		 348 aa  55.5  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0424  DNA polymerase III subunit delta  20.52 
 
 		 361 aa  55.5  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.813345  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2663  DNA polymerase III, delta subunit  18.73 
 
 		 344 aa  54.7  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.193878  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2971  DNA polymerase III subunit delta  19.38 
 
 		 356 aa  55.1  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  19.48 
 
 		 351 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3769  DNA polymerase III subunit delta  20.51 
 
 		 367 aa  53.9  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0964  DNA polymerase III subunit delta  20.36 
 
 		 351 aa  53.9  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0100805  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2742  DNA polymerase III subunit delta  18.23 
 
 		 358 aa  53.5  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0043  DNA polymerase III, delta subunit  22.09 
 
 		 323 aa  53.9  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0736782  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3591  DNA polymerase III, delta subunit  18.48 
 
 		 328 aa  53.1  0.000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.490351  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2571  DNA polymerase III subunit delta  18.69 
 
 		 358 aa  52.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.225423  normal  0.952873 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2981  DNA polymerase III subunit delta  18.99 
 
 		 358 aa  52  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4600  DNA polymerase III subunit delta  20.51 
 
 		 374 aa  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0216  DNA polymerase III subunit delta  20.31 
 
 		 363 aa  51.6  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.533896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10260  DNA polymerase III, delta subunit  19.24 
 
 		 327 aa  50.8  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00535946  hitchhiker  0.0000000366409 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2586  DNA polymerase III subunit delta  20.65 
 
 		 375 aa  50.8  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000748546 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  17.6 
 
 		 345 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0578  DNA polymerase III subunit delta  19.88 
 
 		 372 aa  50.1  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0212  DNA polymerase III subunit delta  23.97 
 
 		 316 aa  50.1  0.00006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.255815 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3310  DNA polymerase III subunit delta  20 
 
 		 348 aa  50.1  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0143934 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2918  DNA polymerase III, delta subunit  30.95 
 
 		 334 aa  48.9  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0946  DNA polymerase III, delta subunit  21.49 
 
 		 331 aa  48.1  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0803  DNA polymerase III, delta subunit  21.23 
 
 		 323 aa  48.5  0.0002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.549808  normal  0.681105 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0460  DNA polymerase III, delta subunit  22.38 
 
 		 338 aa  47.4  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0234  DNA polymerase III, delta subunit  20.07 
 
 		 353 aa  47.8  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6001  DNA polymerase III subunit delta  20 
 
 		 350 aa  47.8  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2746  DNA polymerase III, delta subunit  21.18 
 
 		 337 aa  47  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>